Ključna razlika med DNK in beljakovinsko mikromrežo je v tem, da je DNK mikromreža zbirka mikroskopskih madežev DNK, pritrjenih na trdno površino, kot je predmetno steklo, medtem ko je proteinska mikromreža razporeditev prečiščenih beljakovin na trdni površini, kot je steklo diapozitiv.
Microarray je laboratorij na napravi s čipom (LOC). Je miniaturna, multipleksna naprava za vzporedno obdelavo in zaznavanje. Je tudi dvodimenzionalni niz na trdni površini, kot je stekelce ali silicijeva tankoslojna celica. Mikromreža analizira veliko količino biološkega materiala z uporabo visoko zmogljivega presejanja. Prva mikromreža je bil protitelesni čip, ki ga je predstavil Tse Wen Chang leta 1983. Prvi genski čip sta leta 1995 predstavila Ron Davis in Pat Brown na univerzi Stanford. Zato sta DNK in proteinska mikromreža dve vrsti naprav z mikromrežo.
Kaj je DNA Microarray?
Mikromreža DNK je zbirka mikroskopskih madežev DNK, pritrjenih na trdno površino, kot je predmetno stekelce. Znanstveniki uporabljajo mikromreže DNK za merjenje izražanja velikega števila genov hkrati. Uporablja se tudi za genotipizacijo več regij genoma. Mikromreža DNK je pripravljena z uporabo robotskih strojev. Ti stroji uredijo na stotine ali tisoče genskih zaporedij (sond) na enem samem mikroskopskem preparatu.
Slika 01: Mikromreža DNK
V mikromreži DNK vsaka točka DNK vsebuje pikomole (10−12 molov) določenega zaporedja DNK. Ta zaporedja DNK so znana tudi kot sonde ali reporterji. Te sonde so kratek segment DNK gena ali drugega elementa DNK. Lahko hibridizirajo s cDNA ali CRNA v vzorcu pod zelo strogimi pogoji. Fluorescentno označene sekvence vzorcev, ki se vežejo na sonde, ustvarjajo signale, ki so odvisni od pogojev hibridizacije, kot je temperatura. Zato lahko to metodo uporabimo za določanje relativne številčnosti zaporedij nukleinskih kislin v vzorcu. Poleg tega se tehnika mikromrež DNK pogosto uporablja v študijah izražanja genov, primerjalnih genomskih študijah, preverjanju kontaminacije hrane ali celičnih kultur s patogeni, ocenjevanju genskih mutacij, prepoznavanju kandidatov za zdravila, analizi genetskih povezav itd.
Kaj je proteinski mikromrež?
Proteinska mikromreža je razporeditev prečiščenih beljakovin na trdni površini, kot je predmetno stekelce. Je metoda, ki se uporablja za odkrivanje interakcij in aktivnosti beljakovin. Uporablja se tudi za določanje funkcij beljakovin v velikem obsegu. Glavna prednost proteinske mikromreže je, da je mogoče vzporedno slediti velikemu številu beljakovin. Proteinska mikromreža je čip, ki je sestavljen iz podporne površine, kot je predmetno stekelce, nitrocelulozna membrana, kroglica ali mikrotitrska plošča. Zajemalni proteini (protitelesa, antigeni) so vezani na to trdno površino. Molekule sonde, običajno označene s fluorescentnim barvilom, se nizu dodajo pozneje. Hibridizacija med sondo in imobiliziranimi proteini oddaja fluorescentni signal, ki ga lahko zazna laserski skener.
Slika 02: Proteinski mikromrež
Prvi proteinski niz je mikromrež protiteles (protitelesna matrika), ki je bil predstavljen leta 1983. Proteinski mikromreži so hitri, avtomatizirani, zelo občutljivi in ekonomični. Prav tako porabijo le majhno količino vzorcev in reagentov. Poleg tega se proteinske mikromreže široko uporabljajo za diagnozo bolezni, funkcionalno analizo beljakovin, karakterizacijo protiteles in razvoj zdravljenja.
Kakšne so podobnosti med DNK in proteinsko mikromrežo?
- DNA in proteinski mikromrež sta dve vrsti naprav z mikromrežami.
- Obe napravi temeljita na principu hibridizacije.
- Obe napravi uporabljata sonde.
- Uporabljajo tudi fluorescenčne signale za odkrivanje hibridizacije.
- Oba sta v veliko pomoč pri diagnosticiranju bolezni v medicini.
Kakšna je razlika med DNK in proteinskim mikromrežom?
Mikromreža DNK je zbirka mikroskopskih madežev DNK, pritrjenih na trdno površino, kot je predmetno stekelce. V nasprotju s tem je proteinska mikromreža razporeditev prečiščenih beljakovin na trdni površini, kot je predmetno stekelce. Torej, to je ključna razlika med DNK in proteinskim mikromrežom. Poleg tega sta v mikromreži DNK vzorec in sonda zaporedji DNK. Po drugi strani pa sta v proteinskem mikromrežu vzorec in sonda proteina.
Naslednja infografika predstavlja razlike med DNK in proteinskimi mikromrežami v obliki tabele.
Povzetek – DNK v primerjavi s proteinsko mikromrežo
Mikromreža je visoko zmogljiv in multipleksni laboratorij na čipu. Izdelan je po principu hibridizacije. DNK in proteinski mikromrež sta dve vrsti mikromrežnih naprav. Mikromreža DNK je zbirka mikroskopskih madežev DNK, pritrjenih na trdno površino, kot je predmetno stekelce. Po drugi strani pa je proteinska mikromreža razporeditev prečiščenih beljakovin na trdni površini, kot je predmetno stekelce. To je torej povzetek razlike med DNK in beljakovinskimi mikromrežami.
