Ključna razlika med transpozoni DNK in retrotranspozoni je v tem, da so transpozoni DNK mobilni genetski elementi, ki se premikajo z enega mesta na drugo v genomu z uporabo mehanizma izreži in prilepi, medtem ko so retrotranspozoni mobilni genetski elementi, ki se premikajo z enega mesta drugemu v genomu z uporabo mehanizma kopiranja in lepljenja.
Mobilni genetski elementi (MGE) so segmenti DNK, ki kodirajo specifične encime in proteine, ki posredujejo pri njihovem gibanju znotraj genoma ali ki se lahko prenašajo iz ene vrste v drugo. Znani so tudi kot sebični genetski elementi. Prenosljivi elementi predstavljajo eno od več vrst mobilnih genetskih elementov. Obstajata dve glavni vrsti prenosljivih elementov: transpozoni DNA in retrotranspozoni. Zato so transpozoni DNA in retrotranspozoni mobilni genetski elementi, ki se lahko premikajo iz mesta v mesto v genomu.
Kaj so transpozoni DNK?
DNK transpozoni so mobilni genetski elementi, ki se premikajo z enega mesta na drugo v genomu z uporabo mehanizma izreži in prilepi. Spadajo v prenosljive elemente razreda II, ki se premikajo skozi vmesni DNA. To je v nasprotju s prenosljivimi elementi razreda I (retrotranspozoni), ki se premikajo skozi intermediat RNA. Običajno se transpozoni DNA premikajo po genomu z uporabo metode izreži in prilepi. Ta metoda zahteva encim transpozazo, ki katalizira premikanje DNK z njene trenutne lokacije v genomu in vstavljanje na novo lokacijo.
Slika 01: Transpozoni DNK
Ta transpozicija zahteva tri mesta DNK na transpozonu (dve na vsakem koncu transpozona, imenovane terminalne invertirane ponovitve, in eno na ciljnem mestu). Encim transpozaza se bo vezal na končne obrnjene ponovitve transpozona in posredoval sinapso koncev transpozona. Nato encim transpozaza odklopi element od bočne DNK prvotnega donorskega mesta in posreduje pri priključitvi transpozona na novo mesto vstavitve v genomu. Dodatek transpozona na novo lokacijo povzroči kratke vrzeli na obeh straneh vstavljenega segmenta. Gostiteljski sistemi popravijo te vrzeli, kar povzroči podvajanje ciljnega zaporedja (TSD), ki je značilno za transpozicijo.
Kaj so retrotranspozoni?
Retrotranspozoni so mobilni genetski elementi, ki se premikajo z enega mesta na drugo v genomu z uporabo mehanizma kopiranja in lepljenja. Spadajo v prenosljive elemente razreda I. Prenosljivi elementi razreda I (retrotranspozoni) se premikajo skozi intermediat RNA v genomu. So vrsta genetske komponente, ki se kopira in prilepi na različne genomske lokacije.
Slika 02: Retrotranspozoni
Najprej se prepišejo iz DNK v RNK. Nato se proizvedena RNA reverzno prepiše v DNA. Ta kopirana DNK se kasneje vstavi nazaj v genom na novi lokaciji. Reverzno transkripcijo katalizira reverzna transkriptaza. Reverzno transkriptazo pogosto kodira sam retrotranspozon. Integracijo izvaja encim, imenovan integraza. Poleg tega so običajno trije tipi: dolga terminalna ponavljanja (LTR), dolgi vmesni jedrski elementi (LINE) in kratki vmesni jedrski elementi (SINE).
Kakšne so podobnosti med DNA transpozoni in retrotranspozoni?
- DNA transpozoni in retrotranspozoni so mobilni genetski elementi.
- Oboje se uvršča med prenosljive elemente.
- Oba sta znana kot skakalni geni.
- Lahko se premikajo z mesta na mesto v genomu.
- So evolucijsko zelo pomembni.
Kakšna je razlika med transpozoni DNA in retrotranspozoni?
DNA transpozoni so mobilni genetski elementi, ki se premikajo z enega mesta na drugo v genomu z uporabo mehanizma izreži in prilepi, medtem ko so retrotranspozoni mobilni genetski elementi, ki se premikajo z enega mesta na drugo v genomu z uporabo kopije in mehanizem za lepljenje. To je torej ključna razlika med transpozoni DNA in retrotranspozoni. Poleg tega transpozoni DNA spadajo v prenosljive elemente razreda II, medtem ko retrotranspozoni spadajo v prenosljive elemente razreda I.
Spodnja infografika prikazuje razlike med transpozoni DNA in retrotranspozoni v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – transpozoni DNK proti retrotranspozonom
DNA transpozoni in retrotranspozoni so mobilni genetski elementi. Transpozoni DNA se premikajo z enega mesta na drugo v genomu z uporabo mehanizma cut paste. Retrotranspozoni se premikajo z enega mesta na drugo v genomu z uporabo mehanizma kopiranja in lepljenja. Torej, to povzema razliko med transpozoni DNA in retrotranspozoni.
