Ključna razlika med T4 DNA ligazo in E. coli DNA ligazo je, da je T4 DNA ligaza encim, ki je izoliran iz bakteriofaga T4, medtem ko je E. coli DNA ligaza encim, ki je izoliran iz bakterije E. coli.
DNA ligaza je specifična vrsta encima, ki olajša spajanje verig DNA s tvorbo fosfodiesterske vezi. Ima pomembno vlogo pri popravljanju enoverižnih in dvoverižnih prelomov v DNK živih organizmov. Poleg tega se DNK ligaza uporablja pri popravljanju DNK in replikaciji DNK. Poleg zgornjih uporab ima DNA ligaza tudi široko uporabo v poskusih molekularne biologije, kot je tehnologija rekombinantne DNA. T4 DNA ligaza in E. coli DNA ligaza sta dve vrsti encimov DNA ligaze.
Kaj je T4 DNA ligaza?
T4 ligaza je encim, ki povezuje DNA in je izoliran iz bakteriofaga T4. Bakteriofag T4 je virus, ki okuži Escherichia coli. Encim ligaza T4 je najpogosteje uporabljena ligaza DNA v molekularno bioloških laboratorijskih raziskavah. Običajno ligaza T4 katalizira spajanje dveh kohezivnih ali topih koncev dvoverižne DNA med 5' fosfatno in 3' hidroksilno skupino sosednjih nukleotidov. Prav tako lahko katalizira spajanje RNK z verigo DNK ali RNK v dupleksni molekuli. Vendar ta encim ne bo povezal enoverižnih nukleinskih kislin. Poleg tega lahko poveže DNA s topimi konci z veliko večjo učinkovitostjo kot ligaza DNA E. coli.
Slika 01: DNA ligaza T4
Ta encim potrebuje ATP kot kofaktor. Nekateri raziskovalni poskusi genskega inženiringa so že proizvedli bolj aktivne encime DNA ligaze kot divji tip T4 DNA ligaze. V enem od pristopov so ustvarili molekulo fuzijskega encima s česanjem ligaze T4 DNA na molekulo p50 ali NF-kB. Ta novi encim ligaza T4 je bil 160 % bolj aktiven pri vezavah s topim koncem za namene kloniranja kot ligaza DNA divjega tipa T4. Poleg tega je optimalna temperatura za T4 DNA ligazo za natančnejšo katalizacijo ligacijske reakcije 16 °C.
Kaj je DNA ligaza E Coli?
E. coli DNA ligaza je encim, ki je izoliran iz bakterije E. coli. Gen, odgovoren za tvorbo ligaze DNA E. coli, je gen lig. DNK E. coli, ligaza, kot tudi večina prokariontskih DNK ligaz, uporabljajo energijo, ki jo pridobi NAD (nikotinamid adenin dinukleotid), da ustvarijo fosfodiestrsko vez.
Slika 02: Ligaza DNA E. Coli
E. coli DNA ligaza je ligacijski encim, ki lahko spoji fragmente DNA tako, da katalizira tvorbo fosfodiestrskih vezi med dvoverižnimi fragmenti DNA, ki vsebujejo 5' fosfatne konce in 3' hidroksilne konce. Poleg tega ne veže DNK s topimi konci, razen pod posebnimi pogoji, kot je molekularna gneča s polietilen glikolom. Prav tako ne more učinkovito povezati RNA z DNK. Poleg tega se lahko aktivnost DNA ligaze E. coli poveča s prisotnostjo DNA polimeraze 1 v pravi koncentraciji. Če pa je koncentracija encima DNA polimeraze 1 višja, ima škodljive učinke na aktivnost ligaze DNA E. coli.
Kakšne so podobnosti med T4 DNA ligazo in E Coli DNA ligazo?
- T4 DNA ligaza in E-coli DNA ligaza sta dve vrsti encimov DNA ligaze.
- Obe sta beljakovini, sestavljeni iz aminokislin.
- Ti encimi katalizirajo tvorbo fosfodiesterske vezi med 5' fosfatnimi in 3' hidroksilnimi konci v dupleksni DNA.
- Široko se uporabljajo v poskusih molekularne biologije, kot je tehnologija rekombinantne DNK.
Kakšna je razlika med T4 DNA ligazo in E Coli DNA ligazo?
T4 DNA ligaza je encim, ki je izoliran iz bakteriofaga T4, medtem ko je DNA ligaza E. coli encim, ki je izoliran iz bakterije E. coli. To je torej ključna razlika med ligazo DNA T4 in ligazo DNA E. coli. Poleg tega je vir energije za T4 DNA ligazo ATP. Po drugi strani pa je vir energije za DNA ligazo E. coli NAD.
Spodnja infografika predstavlja razlike med T4 DNA ligazo in E coli DNA ligazo v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – T4 DNA ligaza proti E Coli DNA ligaza
T4 DNA ligaza in E. coli DNA ligaza sta dva encima, ki katalizirata tvorbo fosfodiesterske vezi med 5' fosfatnimi in 3' hidroksilnimi konci v dupleksni DNA. Ligaza T4 je encim, ki je izoliran iz bakteriofaga T4, medtem ko je ligaza DNA E. coli encim, ki je izoliran iz bakterije E. coli. Torej, to je ključna razlika med T4 DNA ligazo in E coli DNA ligazo.
