Ključna razlika – Naprej in nazaj Primer
Verižna reakcija s polimerazo (PCR) je metoda pomnoževanja DNA, ki se uporablja v aplikacijah molekularne biologije. To je pogosto uporabljena tehnika, ki naredi milijone do milijarde kopij posebej zanimivega zaporedja DNK. Gre za in vitro metodo, ki se izvaja v laboratorijih. Tehnika PCR je popolnoma odvisna od komercialno proizvedene DNA polimeraze, imenovane Taq polimeraza. Prav tako zahteva več drugih komponent in ustrezno vzdrževanje temperature. Ena od pomembnih komponent so temeljni premazi. Primerji so kratka zaporedja DNA, posebej oblikovana za ciljno zaporedje DNA. Običajno so dolgi približno 20 nukleotidov. Taq polimeraza katalizira dodajanje nukleotidov v že obstoječe nukleotidno zaporedje. Primerji torej služijo kot izhodišča za sintezo novih pramenov. Polimeraza Taq deluje samo v smeri 5' do 3', zato se sinteza DNK odvija v isti smeri 5' do 3'. Ker je DNA dvoverižna, sta v PCR potrebni dve vrsti primerjev. Znani so kot prednji primer in povratni primer. Napredni in povratni primerji se imenujejo glede na smer raztezanja primerja v DNK, ko pride do sinteze DNK. Prednji primer se prižge s protismiselno verigo DNA in sproži sintezo +ve verige gena v smeri od 5' do 3'. Reverzni primer se žari s smiselno verigo in sproži sintezo komplementarne verige kodirne verige; ki je –ve veriga gena v smeri od 5' do 3'. To je ključna razlika med začetnimi začetniki naprej in nazaj.
Kaj je Forward Primer?
Naprej usmerjenost je sinteza kodirne verige ali zaznavne verige gena. Taq polimeraza katalizira sintezo nove verige v smeri od 5' do 3'. Sinteza kodirne verige se pojavi, ko se začetni spoj z nekodirajočo ali protismiselno verigo raztegne v smeri 5' proti 3'.
Slika 01: Naprej in nazaj Primeri
Primer, ki se spaja s protismiselno verigo ali nekodirajočo verigo ali vzorčno verigo, je znan kot prednji začetni primer, saj prednji začetni primer deluje kot izhodišče za sintezo kodirne ali pozitivne verige gena. Prednji primer ima kratko nukleotidno zaporedje, ki je komplementarno 3'-bočnemu koncu protismiselne verige. Hibridizira s protismiselno verigo in polimerazi Taq omogoči dodajanje nukleotidov, ki so komplementarni vzorčni verigi.
Kaj je Reverse Primer?
Reverzni primer je kratko zaporedje DNK, ki se prižge s 3' koncem zaznavne ali kodirne verige. Reverzni primer služi kot izhodišče za sintezo komplementarne verige kodirnega zaporedja ali nekodirajočega zaporedja. Obratni primer je zasnovan tako, da dopolnjuje 3' konec kodirne verige. Zato se žari z bočnim 3' koncem kodirne verige in omogoča polimerazi Taq, da sintetizira protismiselno verigo ali vzorčno verigo. Ker je njegova orientacija v obratni smeri, je ta primer označen kot obratni primer.
Tako povratni kot prednji primerji so pomembni za proizvodnjo milijonov do milijard kopij določenih regij DNK, ki so ciljne ali zainteresirane.
Kakšne so podobnosti med Forward in Reverse Primer?
- Tako začetni kot tudi povratni primerji so narejeni iz oligonukleotidov.
- Tako sprednji kot povratni primerji imajo kratko nukleotidno zaporedje, ki je komplementarno bočnim koncem dvojnih verig DNK.
- Tako začetni kot tudi povratni primerji so običajno sestavljeni iz 20 nukleotidov.
- V verižnih reakcijah s polimerazo se uporabljata tako sprednji kot povratni začetni primer.
- Tako naprej kot povratni primerji se sintetizirajo komercialno.
- Napredni in vzvratni primerji so temperaturno stabilni in imajo običajno podobno Tm.
- Tako prednji kot povratni primerji so žarjeni s ciljnimi zaporedji DNK.
- Posrednji in povratni primerji so oblikovani glede na reakcije PCR.
- Napredni in povratni primerji služijo kot izhodišča za pomnoževanje DNK.
- Tako povratni kot prednji primerji so pomembni za proizvodnjo milijonov kopij določenih regij ciljnih ali zainteresiranih zaporedij DNK.
Kakšna je razlika med začetnim začetnim korakom naprej in nazaj?
Naprej primer v primerjavi z obratnim primerom |
|
| Napredni primer je kratko zaporedje DNK, ki se hibridizira s 3' koncem nekodirajoče ali vzorčne verige gena in služi kot izhodišče za sintezo kodirajočega zaporedja. | Reverzni primer je kratko zaporedje DNA, ki hibridizira s 3' koncem kodirne ali nešablonske verige in služi kot izhodišče za sintezo nekodirajočega zaporedja. |
| Žarjenje pramena | |
| Naprej primerno žarjenje s pramenom predloge. | Reverzni primer žari s pramenom brez šablone. |
| Nastalo novo zaporedje | |
| Posrednji primer olajša sintezo kodirnega zaporedja. | Reverzni primer olajša sintezo nekodirajočega zaporedja. |
Povzetek – Naprej vs. Nazaj Primer
Pri tehniki PCR sta vključeni dve vrsti primerjev. So prednji in vzvratni primerki. Na podlagi raztezka začetnika pri sintezi nove verige DNK so ti primerji označeni ali poimenovani. Polimeraza Taq sintetizira novo DNK v orientaciji od 5' do 3'. Zato so primerji zasnovani kot komplementarni 3' koncem dvojnih pramenov. Napredni primer, ki se podaljša v smeri 5' do 3', se hibridizira s 3' koncem protismiselne ali predloge ali nekodirajočega zaporedja. Služi kot izhodišče za sintezo kodirnega zaporedja. Reverzni primer, ki se podaljša v smeri od 5' do 3', hibridizira s 3' koncem kodirnega ali nepredložnega ali zaznavalnega niza. Služi kot izhodišče za sintezo nekodirajočega zaporedja. To je razlika med začetnim začetnikom naprej in nazaj.
