Ključna razlika – Sonda vs. Primer
Molekularna sonda je majhen fragment DNK ali RNK, ki prepozna komplementarna zaporedja v DNK ali RNK in omogoča identifikacijo ciljnega zaporedja. Primer je majhen odsek DNK ali RNK, ki služi kot izhodišče za sintezo DNK. Primerji in sonde se hibridizirajo s komplementarnimi nukleotidi vzorčne DNA ali ciljne DNA. Vendar pa je ključna razlika med sondo in primerjem ta, da so primerji potrebni za replikacijo DNK, medtem ko so sonde potrebne za odkrivanje specifičnih zaporedij v vzorcu DNK.
Kaj je sonda?
Sonda je majhen fragment DNK ali RNK, ki se uporablja za odkrivanje ciljne DNK ali RNK v vzorcu z molekularno hibridizacijo. Znani so tudi kot molekularni markerji. Dolžina sonde je lahko različna (100 do 1000 baz), nukleotidi sonde pa so komplementarni delu tarčnega zaporedja. Za lažjo detekcijo so sonde označene z radioaktivnimi izotopi ali s fluorescenčnimi barvili ali protitelesi. Sonde se vežejo s komplementarnimi bazami ciljnega zaporedja in razkrijejo prisotnost ciljne DNK ali RNK v vzorcu. Obstajata dve glavni metodi označevanja sond: končno označevanje in prevajanje vzdevkov. Sonde so razvrščene v različne tipe, vključno s sondami DNA, sondami RNA, cDNa sondami in sintetičnimi oligonukleotidnimi sondami, pripravljene pa so z različnimi tehnikami.
Sonde so pomembna orodja na mnogih mikrobnih in molekularnih področjih, kot so virologija, forenzična patologija, testiranje očetovstva, prstni odtisi DNK, odkrivanje genetskih bolezni, RFLP, molekularna citogenetika, in situ hibridizacija itd.
Slika 01: Fluorescentno označena sonda, uporabljena v FISH za odkrivanje patogenov
Kaj je Primer?
Primer je kratek fragment DNA ali RNA, ki služi kot iniciator za sintezo DNA. Encim DNA polimeraza doda nukleotide 3' OH skupini zaporedja primerjev in sintetizira novo verigo, ki je komplementarna vzorčni DNA. Primerji so zelo kratki fragmenti z dolžino od 18 do 20 nukleotidov. Kemično jih sintetizirajo v laboratoriju za in vitro pomnoževanje DNA (PCR). Primerji imajo lahko poljubno zaporedje nukleotidov, saj jih oblikuje uporabnik. Sintetizirajo se tako, da se ujemajo s komplementarnimi bazami vzorčne DNK. Zato ima lahko poljubno zaporedje nukleotidov. Primerji so izrednega pomena za replikacijo DNK, saj DNK polimeraza ne more sintetizirati nove DNK brez že obstoječega dela DNK. Pri načrtovanju primerjev za PCR je treba upoštevati naslednje:
- Primerji morajo vsebovati komplementarne nukleotide na bočnem koncu DNK, ki se želi pomnožiti.
- Glavni premazi morajo imeti temperaturo taljenja med 55 – 65 0C
- Vsebnost G in C mora biti med 50 in 60%.
Dva primerja se uporabljata v PCR kot naprej in nazaj za replikacijo obeh verig vzorčne DNK. Primerji se običajno uporabljajo za izvajanje PCR in sekvenciranja DNA.
Slika 02: Žarjenje primerja v PCR
Kakšna je razlika med Probe in Primerom?
Sonda vs Primer |
|
| Sonda je majhen fragment DNA/RNA, ki se uporablja za odkrivanje prisotnosti ciljnega zaporedja v vzorcu z molekularno hibridizacijo. | Primer je majhen odsek DNK ali RNK, ki služi kot izhodišče za replikacijo DNK. |
| Funkcija | |
| To zazna prisotnost določenega zaporedja v vzorcu DNK ali RNK. | To deluje kot izhodišče za sintezo DNK. |
| Dolžina | |
| Dolžina je lahko v razponu od 100 do 1000 baz | Dolžina je običajno približno 18 – 20 baz |
| Veza s komplementarnim zaporedjem | |
| Sonda hibridizira s komplementarnimi bazami ciljnega zaporedja | Primer se žari s komplementarnimi bazami verig DNK. |
| Označevanje | |
| Sonde so označene za lažje odkrivanje | Primeri na splošno niso označeni |
| Uporaba v PCR | |
| Sonde se ne uporabljajo v PCR | Primerji se uporabljajo v PCR |
Povzetek – Sonda vs Primer
Sonda je majhen fragment zaporedja DNA ali RNA, ki ga je mogoče hibridizirati s komplementarnimi nukleotidi za odkrivanje ciljnega zaporedja v vzorcu. Sonde so označene radioaktivno, imunološko ali fluorescentno, da se vidi prisotnost ciljnega zaporedja. Primer je zelo majhen fragment DNK ali RNK, ki deluje kot izhodišče za pomnoževanje DNK in vitro. DNA polimeraza identificira začetni primer 3' OH skupine in sproži gradnjo nove verige, ki je komplementarna predlogi. Sonde in primerji delujejo podobno s hibridizacijo s komplementarnimi nukleotidi. Tako je ključna razlika med sondo in primerjem njuna glavna funkcija.
