Ključna razlika med VNTR in sondo je v tem, da je VNTR kratko nukleotidno zaporedje, ki se pojavi kot tandemska ponovitev v genomu, medtem ko je sonda umetno sintetizirano kratko zaporedje DNA ali RNA, ki bi ga lahko radioaktivno označili.
VNTR pomeni tandemsko ponavljanje spremenljivega števila. Je kratko nukleotidno zaporedje, organizirano v tandemskih ponovitvah v genomu. VNTR se naravno pojavljajo v našem genomu. Sonda je umetno sintetizirano kratko zaporedje DNA ali RNA. Tako sonda kot VNTR sta nukleinske kisline ali kratke nukleotidne sekvence. Imajo izjemno uporabo v različnih molekularno bioloških tehnikah, predvsem v forenzičnih študijah. VNTR in sonda imata nekaj podobnosti in tudi razlik. Zato poskuša članek poudariti razliko med VNTR in sondo.
Kaj je VNTR?
VNTR je kratko nukleotidno zaporedje, ki obstaja kot tandemska ponovitev v našem genomu. VNTR so prisotni v številnih kromosomih. Poleg tega se VNTR med različnimi posamezniki razlikujejo po dolžinah, saj je število ponovitev različno pri VNTR različnih ljudi. V bistvu je to posledica alelov, podedovanih od staršev. Zato VNTR uporabljamo predvsem za identifikacijo staršev (dedovanje) ali za osebne namene. Podobno jih je mogoče uporabiti tudi v genetiki, forenziki, bioloških raziskavah in odvzemu prstnih odtisov DNK. Zato je VNTR pomembno orodje v molekularni biologiji.
Slika 01: VNTR
Pri dedovanju analiziramo podatke VNTR z uporabo dveh osnovnih načel: ujemanje dedovanja in ujemanje identitete. Pri ujemanju dedovanja mora imeti posameznik ujemajoč se alel z alelom vsakega od staršev. Med ujemanjem identitet morata biti oba alela VNTR prisotna na določeni lokaciji genoma.
Kaj je sonda?
V kontekstu molekularne biologije je sonda umetno sintetiziran fragment DNA ali RNA z dolžino od 100 do 1000 baz. Te sonde lahko radioaktivno označimo. Zato jih uporabljamo pri odkrivanju ciljnih nukleotidnih zaporedij, ki so komplementarna zaporedju sonde. Ko vzorcu dodamo sonde, pride do hibridizacije s komplementarnimi ali ciljnimi sekvencami in nam olajša identifikacijo ciljnih sekvenc. Ker sonde prenašajo radioaktivnost, jih zlahka zaznamo.
Slika 02: Sonda
V forenzični znanosti običajno uporabljamo sonde v tehnikah profiliranja DNK, kot je odkrivanje kratkih tandemskih ponavljajočih se območij, polimorfizmov dolžin restrikcijskih fragmentov in prstnih odtisov DNK.
Kakšne so podobnosti med VNTR in sondo?
- Nukleinske kisline so gradniki VNTR in sonde.
- Uporabljamo jih v procesih identifikacije genov.
- Poleg tega sta obe dolžini spremenljivi.
- So pomembna orodja pri forenzičnih študijah, prstnih odtisih DNK, genetiki itd.
Kakšna je razlika med VNTR in sondo?
VNTR je regija genoma, organizirana kot tandemske ponovitve, medtem ko je sonda kratko zaporedje DNA ali RNA, sintetizirano umetno za odkrivanje ciljnih zaporedij v vzorcu. Torej, to je ključna razlika med VNTR in sondo. Poleg tega je pomembna razlika med VNTR in sondo ta, da lahko za razliko od VNTR sonde radioaktivno označimo.
Poleg tega VNTR večinoma izvajajo starševske identifikacije, medtem ko sonde pomagajo zaznati ciljna nukleotidna zaporedja v vzorcih DNK ali RNK, ki so komplementarna zaporedju sonde. Zato je tudi to pomembna razlika med VNTR in sondo.
Naslednja infografika predstavlja več informacij o razliki med VNTR in sondo.
Povzetek – VNTR proti sondi
Pogosta uporaba VNTR in sonde je v tehnikah molekularne analize, kot so forenzične študije in odvzem prstnih odtisov DNK. Oba sta sestavljena iz spremenljivih dolžin. Vendar je ključna razlika med VNTR in sondo v tem, da je VNTR regija genoma, urejena s tandemskimi ponovitvami, medtem ko je sonda fragment DNK ali RNK, ki bi ga lahko radioaktivno označili. Poleg tega so VNTR prisotni v genomu. Toda sonde so umetno sintetizirane in jih je mogoče radioaktivno označiti za odkrivanje ciljnih nukleotidnih sekvenc v vzorcih DNK ali RNK, ki so komplementarne sekvenci v sondi. To je torej povzetek razlike med VNTR in sondo.
