Ključna razlika – VNTR proti STR
Študije DNK imajo izjemno korist pri razumevanju in določanju filogenetskih odnosov, diagnosticiranju genetskih bolezni in kartiranju genomov organizmov. Za identifikacijo določenega gena ali zaporedja DNK v skupini neznane DNK se uporablja več tehnik, povezanih z analizo DNK. Znani so kot genetski markerji. Genetski markerji se uporabljajo v molekularni biologiji za identifikacijo genetskih variacij med posamezniki in vrstami. Tandemsko ponavljanje spremenljivega števila (VNTR) in kratko tandemsko ponavljanje (STR) sta dve vrsti genetskih markerjev, ki kažeta polimorfizem med posamezniki. Obe vrsti sta nekodirajoči ponavljajoči se DNK, ki sta tandemski ponovitvi. V kromosomih so razporejeni od glave do repa. VNTR je del genoma, kjer se kratko nukleotidno zaporedje večkrat ponovi. STR je še en del DNK v genomu, ki je organiziran kot ponavljajoče se enote, sestavljene iz dveh do trinajstih nukleotidov v stokrat. Ključna razlika med VNTR in STR je število nukleotidov v ponavljajočem se zaporedju. Ponavljajoče se enote VNTR sestavljajo od 10 do 100 nukleotidov, medtem ko je ponavljajoča se enota STR sestavljena iz 2 do 13 nukleotidov. VNTR in STR se pogosto uporabljata v forenzičnih študijah.
Kaj je VNTR?
Tandemsko ponavljanje je kratko zaporedje DNK, ki se ponavlja od glave do repa na določenem kromosomskem lokusu. V tandemski ponovitvi ni nobenega drugega zaporedja ali nukleotida. V genomu obstaja več vrst tandemskih ponovitev. VNTR je vrsta tandemske ponovitve med njimi, ki ima ponavljajoče se enote, sestavljene iz 10 do 100 nukleotidov. VNTR je vrsta mini satelita. Te tandemske ponovitve lahko najdemo v številnih kromosomih. Razpršeni so v človeškem genomu in se nahajajo pretežno v subtelomernih regijah kromosomov.
VNTR-ji kažejo tandemski ponavljajoči se polimorfizem med posamezniki. Dolžina VNTR na določeni lokaciji kromosoma je med posamezniki zelo različna zaradi variacije v številu ponavljajočih se enot, organiziranih v tem odseku DNK. Zato se lahko VNTR uporablja kot močno orodje pri identifikaciji posameznikov, analiza VNTR pa se uporablja na številnih področjih, vključno z genetiko, biološkimi raziskavami, forenziko in prstnim odtisom DNK. VNTR so bili prvi genetski označevalci, uporabljeni za kvantifikacijo presaditve presadka kostnega mozga. VNTR so bili tudi prvi polimorfni markerji, uporabljeni pri profiliranju DNK v forenziki.
Slika 01: Različice VNTR pri šestih posameznikih
Analiza VNTR je izvedena s polimorfizmom dolžine restrikcijskih fragmentov, ki mu sledi južna hibridizacija. Zato potrebuje sorazmerno velik vzorec DNK. Težavna je tudi interpretacija profila VNTR. Zaradi teh omejitev je bila uporaba VNTR v forenzični genetiki omejena in jo je nadomestila analiza STR.
Kaj je STR?
STR je zelo ponavljajoč se del DNK, ki je sestavljen iz dveh do trinajstih nukleotidnih ponavljajočih se enot, organiziranih v tandemu. STR je podoben VNTR. Vendar se od VNTR razlikuje glede na število nukleotidov v ponavljajočem se zaporedju in število ponovitev. STR je vrsta mikrosatelitov.
STR analiza, vključena v merjenje natančnega števila ponavljajočih se enot. STR se med posamezniki zelo razlikujejo, podobno kot VNT. Profili STR se razlikujejo od osebe do osebe. Zato se analiza STR uporablja v molekularni biologiji za primerjavo specifičnih lokusov na DNK iz dveh ali več vzorcev. Zato STR veljajo za močne genetske označevalce v molekularni biologiji. Zagotavlja odlično orodje za identifikacijo posameznikov zaradi njihove visoke stopnje polimorfizma in relativno kratke dolžine.
Trenutno so STR najpogosteje uporabljeno orodje za analizo genetskega polimorfizma v forenzični genetiki. Večina forenzičnih primerov vključuje STR polimorfno analizo. STR lokusi so razširjeni po celotnem genomu. V kromosomih je na tisoče STR, ki jih je mogoče uporabiti v forenzični analizi. Analiza STR ne vključuje polimorfizma dolžine omejitve, kot je analiza VNTR. Analiza STR ne reže DNK z restrikcijskimi encimi. S posebnimi sondami pritrdimo želene regije na DNK in s tehniko PCR določimo dolžine STR.
Slika 02: Variacija STR med vzorci
Kakšne so podobnosti med VNTR in STR?
- VNTR in STR sta nekodirajoča DNK.
- Obe sta tandemski ponovitvi.
- Oba kažeta polimorfizem med posamezniki zaradi razlike v dolžini odseka DNK.
- Oboje se uporablja kot močna genetska označevalca pri prstnih odtisih DNK in v forenzičnih študijah.
Kakšna je razlika med VNTR in STR?
VNTR proti STR |
|
| VNTR je nekodirajoča ponavljajoča se DNK, ki ima kratko nukleotidno zaporedje, ki se ponavlja v tandemu. | STR je zelo ponavljajoč se del DNK, ki je sestavljen iz dveh do trinajstih nukleotidnih ponavljajočih se enot, organiziranih v tandemu. |
| Velikost | |
| VNTR so večji od STR. | STR so manjši od VNTR. |
| Število nukleotidov v ponavljajočem se zaporedju | |
| Ponavljajoča se enota VNTR je sestavljena iz 10 do 100 nukleotidov. | Ponavljajoča se enota STR je sestavljena iz 2 do 13 nukleotidov. |
Povzetek – VNTR proti STR
VNTR in STR sta dva močna genetska označevalca, ki se uporabljata v molekularni biologiji, zlasti na področju forenzične genetike. VNTR je vrsta minisatelita, STR pa mikrosatelit. VNTR in STR sta nekodirajoča, zelo ponavljajoča se DNK. So tandemske ponovitve. Splošna struktura VNTR in STR je enaka. Vendar sta število nukleotidov v ponavljajočem se zaporedju in dolžina različni. VNTR ima ponavljajoče se sekvence, sestavljene iz 10 do 100 nukleotidov. STR ima ponavljajoče se sekvence, sestavljene iz 2 do 13 nukleotidov. To je razlika med VNTR in STR.
Prenesite PDF različico VNTR proti STR
Lahko prenesete različico PDF tega članka in jo uporabite za namene brez povezave v skladu z opombami o citatih. Prenesite PDF različico tukaj. Razlika med VNTR in STR.
