Ključna razlika med molekularnim združevanjem in točkovanjem je, da je združevanje tehnika, ki se uporablja za določanje vezavne afinitete med dvema molekulama, medtem ko je točkovanje postopek vrednotenja določene poze s štetjem števila ugodnih medmolekularnih interakcij.
Izraza molekularni docking in točkovanje se uporabljata na področju molekularnega modeliranja. Molekularno modeliranje je tehnika, ki se uporablja za določanje možnih razporeditev različnih molekul v dani snovi. Ta tehnika je pomembna pri ustvarjanju novih stabilnih spojin.
Kaj je molekularno združevanje?
Molekularno spajanje je računalniška simulacija vezave kandidatnega liganda na receptor. Ta metoda napove prednostno orientacijo ene molekule na drugo molekulo, ko sta medsebojno povezani in tvorita stabilen kompleks. Rezultate, dobljene s to tehniko, je mogoče uporabiti za napovedovanje moči asociacije ali vezavne afinitete med dvema molekulama. Tu je pomembna tudi funkcija molekularnega točkovanja.
Slika 01: Preprost diagram, ki prikazuje proces molekularnih interakcij v bioloških sistemih
Na splošno ta tehnika upošteva biološko pomembne molekule, kot so beljakovine, peptidi, nukleinske kisline, ogljikovi hidrati in lipidi. Te molekule so zelo pomembne in igrajo pomembno vlogo pri mehanizmih prenosa signala v našem telesu. Zato usmerjenost dveh molekul, ki se bosta vezali za ta proces transdukcije signala, vpliva na vrsto signala, ki se tukaj proizvaja. To pomeni; molekularno spajanje je pomembno pri določanju moči in vrste signala, ki nastane med transdukcijo signala v bioloških sistemih.
Poleg tega so tehnike molekularnega priklopa pomembne pri načrtovanju zdravil na osnovi strukture. To je posledica njegove predvidljivosti konformacije vezave majhnih molekul, kot so ligandi, na primerno vezavno mesto.
Kaj je molekularno točkovanje?
Molekularno točkovanje je vrsta matematične funkcije, ki je uporabna pri ocenjevanju napredka molekularnega spajanja. Na področju računalniške kemije se točkovalne funkcije uporabljajo za napovedovanje vezavne afinitete med dvema molekulama po procesu spajanja. Na primer, če imamo majhno molekulo zdravila v obliki delcev in obstaja biološka tarča, kot je protein, lahko ocenimo afiniteto zdravila do mesta vezave. Poleg tega se lahko molekularno točkovanje uporabi za napovedovanje medmolekularnih interakcij med dvema proteinoma ali med proteinom in molekulami DNA.
Slika 02: Funkcija točkovanja na kratko
Glavna uporaba molekularnega točkovanja je v procesih načrtovanja zdravil - na primer virtualni pregled, de novo načrtovanje, optimizacija vodil itd.
Kakšna je razlika med molekularnim spajanjem in točkovanjem?
Molekularno spajanje in točkovanje sta pomembna pri molekularnem modeliranju. Ključna razlika med molekularnim združevanjem in točkovanjem je, da je združevanje tehnika, ki se uporablja za določanje vezavne afinitete med dvema molekulama, medtem ko je točkovanje postopek ocenjevanja določene poze s štetjem števila ugodnih medmolekularnih interakcij.
Naslednja infografika povzema razliko med molekularnim spajanjem in točkovanjem.
Povzetek – Molekularno združevanje proti točkovanju
Molekularno spajanje in točkovanje sta pomembna pri molekularnem modeliranju. Ključna razlika med molekularnim združevanjem in točkovanjem je, da je združevanje tehnika, ki se uporablja za določanje vezavne afinitete med dvema molekulama, medtem ko je točkovanje postopek ocenjevanja določene poze s štetjem števila ugodnih medmolekularnih interakcij.
