Ključna razlika med ultracentrifugiranjem s saharoznim gradientom in ultracentrifugiranjem z blazino saharoze je, da se pri ultracentrifugiranju z gradientom saharoze uporablja zvezni gradient saharoze, medtem ko se pri ultracentrifugiranju z blazino saharoze uporablja diskontinuirani gradient saharoze.
Saharozni gradient in ultracentrifugiranje s saharozno blazino sta dve podobni vrsti tehnik, ki se uporabljata za ločevanje specifičnih vrst makromolekul. Pri obeh tehnikah se uporablja gradient gostote saharoze. Toda pri ultracentrifugiranju z gradientom saharoze se uporablja zvezni gradient gostote, medtem ko se pri ultracentrifugiranju z blazino saharoze uporablja diskontinuiran gradient gostote.
Kaj je ultracentrifugiranje z gradientom saharoze?
Ultracentrifugiranje z gradientom saharoze je tehnika, ki se lahko uporablja za frakcioniranje makromolekul, kot so DNA, RNA in proteini. V tej tehniki je več korakov. To so priprava gradienta saharoze, centrifugiranje, ločevanje in eluiranje. Priprava gradienta je ključni korak v tej tehniki. Pri tej tehniki se vzorec, ki vsebuje makromolekule različnih velikosti, nanese na površino stolpca z gradientom saharoze. Pri centrifugiranju se makromolekule različnih velikosti usedajo skozi stolpec gradienta saharoze z različnimi hitrostmi. Sedimentacija je odvisna od več dejavnikov, vključno s silo centrifugiranja, velikostjo oblike in gostoto makromolekul, gostoto in viskoznostjo gradienta. Na koncu centrifugiranja se makromolekule prostorsko ločijo po gostoti. Večje makromolekule (makromolekule visoke gostote) se usedajo proti dnu. Svetlejše (makromolekule z nizko gostoto) ostanejo na vrhu gradienta. Zato se molekule ločijo kot različni pasovi. Nato je treba pasove ločiti in opraviti čiščenje specifične makromolekule iz saharoze.
Slika 01: Ultracentrifugiranje z gradientom saharoze
Na strani uporabe se ta metoda v veliki meri uporablja za frakcioniranje molekul DNA. Ultracentrifugiranje z gradientom saharoze se običajno uporablja za karakterizacijo velikosti in sestave proteinskega kompleksa. Poleg tega se ta tehnika uporablja za delno čiščenje mRNA.
Kaj je ultracentrifugiranje s sukrozno blazino?
Ultracentrifugiranje s saharozno blazino je še ena tehnika, ki omogoča frakcioniranje makromolekul. Za razliko od ultracentrifugiranja z gradientom gostote saharoze ultracentrifugiranje z blazino saharoze uporablja diskontinuiran gradient gostote. Koncentracija saharoze narašča od zgoraj navzdol v diskretnih korakih. Pri tej tehniki se ločitev doseže tako, da se očiščeni ekstrakt namesti na majhen volumen raztopine saharoze v centrifugalni epruveti, tako imenovana saharozna blazina. To omogoča boljše ločevanje pri hitrem centrifugiranju. Ko se molekule ločijo kot trak med saharozno blazino, se lahko beli trak zbere in očisti. Poleg tega je mogoče nečistoče dodatno odstraniti z metodo blazine saharoze. Metoda saharozne blazine omogoča, da se 60-70 % epruvete napolni z vzorcem. Zato metoda saharozne blazine omogoča obdelavo večje količine vzorca.
Kakšne so podobnosti med saharoznim gradientom in ultracentrifugiranjem s saharozno blazino?
- Saharozni gradient in ultracentrifugiranje s saharozno blazino sta dve tehniki, ki se uporabljata za ločevanje mešanice makromolekul.
- Pri obeh metodah je uporabljen gradient saharoze.
- Centrifugiranje je korak v obeh metodah.
- Molekule se pri vsaki metodi usedajo kot pas ali cona.
Kakšna je razlika med ultracentrifugiranjem s saharoznim gradientom in saharozno blazino?
Ultracentrifugiranje z gradientom saharoze je tehnika, ki uporablja neprekinjen gradient saharoze v centrifugalni epruveti, medtem ko je ultracentrifugiranje z blazino saharoze tehnika, ki uporablja diskontinuiran gradient saharoze. To je torej ključna razlika med saharoznim gradientom in ultracentrifugiranjem s saharozno blazino.
Poleg tega ultracentrifugiranje z blazino saharoze omogoča obdelavo večje količine vzorca, medtem ko ultracentrifugiranje z gradientom saharoze omogoča obdelavo sorazmerno majhne količine vzorca.
Spodnja infografika prikazuje več razlik med saharoznim gradientom in ultracentrifugiranjem s saharozno blazino.
Povzetek – saharozni gradient proti ultracentrifugiranju z blazino saharoze
Ultracentrifugiranje z gradientom saharoze loči makromolekule z neprekinjenim gradientom saharoze. V nasprotju s tem ultracentrifugiranje z blazino saharoze uporablja diskontinuiran gradient saharoze za ločevanje določene vrste delcev v mešanici. To je torej ključna razlika med ultracentrifugiranjem s saharoznim gradientom in saharozno blazino. Metoda saharozne blazine omogoča zbiranje morfološko nedotaknjenih delcev, saj ne povzroča mehanske obremenitve, za razliko od ultracentrifugiranja z gradientom saharoze, ki zdrobi molekule na dno epruvete. Poleg tega ultracentrifugiranje z blazino saharoze omogoča obdelavo večje količine vzorca kot ultracentrifugiranje z gradientom saharoze.
