Ključna razlika med CDS in ORF je, da je CDS tisto dejansko nukleotidno zaporedje gena, ki se prevede v protein, medtem ko je ORF odsek zaporedja DNA, ki se začne z mestom iniciacije prevajanja (začetni kodon) in konča z mesto prekinitve prevoda (stop kodon).
Gen ima kodirno zaporedje (CDS). Sestavljen je iz vseh eksonov gena ter začetnega kodona in stop kodona. To je dejanski del gena, ki prevaja in proizvaja beljakovine. Odprti bralni okvir ali ORF je nukleotidno zaporedje, ki se nahaja med začetnim kodonom in stop kodonom. Znotraj ORF ni stop kodona, ki bi prekinil genetsko kodo, ki se prevede v beljakovino. Pri prokariontih sta CDS in ORF gena enaka.
Kaj je CDS?
CDS ali kodirno zaporedje je del gena, ki se dejansko prevede v beljakovino. Sestavljen je iz eksonov in dveh kodonov, znanih kot kodon AUG in stop kodon. CDS ne vsebuje dveh neprevedenih regij: 5' UTR in 3' UTR. Poleg tega introni niso vključeni v CDS.
Slika 01: Zaporedje kodiranja
V primerjavi s celotnim genomom posameznika so kodirne sekvence majhen delček. Kodirno zaporedje je sestavljeno iz potrebnega nukleotidnega zaporedja za izdelavo aminokislinskega zaporedja proteina. Zato so CDS koncentrirani eksoni, ki jih lahko razdelimo na nukleotidne trojčke ali kodone. Kodoni tvorijo aminokisline.
Kaj je ORF?
Odprti bralni okvir ali ORF je neprekinjen odsek nukleotidnega zaporedja, ki se začne z začetnim kodonom in konča s stop kodonom. Preprosto povedano, ORF se nanaša na regijo nukleotidnega zaporedja, ki se nahaja med začetnim in končnim kodonom. Vmes ni stop kodona, ki bi prekinil ORF. Nukleotidno zaporedje med začetnim in končnim kodonom kodira aminokisline. Na splošno je začetni kodon ATG, medtem ko so stop kodoni TAG, TAA in TGA. ORF daje funkcionalni protein, ko se prepisuje in prevaja. Zato ORF vključuje začetni kodon, več kodonov v srednji regiji in stop kodon. Zanimivo je, da ima ORF dolžino, ki jo lahko delimo s tri.
Slika 02: Odprti bralni okvir
Ker pri prokariontih ni intronov, je ORF kodirno zaporedje gena, ki se prepisuje neposredno v mRNA. Zato sta CDS in PRF enaka pri prokariontih. Pri iskanju genov v prokariontih je enostavno zaznati ORF in najti gen v prokariontih. Pri evkariontih, ker obstajajo introni, je ORF zaporedje kodona, ki nastane po obdelavi ali spajanju RNA. ORF je dokaz, ki pomaga pri napovedovanju genov, dokler je verjetno, da je ORF del gena.
Kakšne so podobnosti med CDS in ORF?
- Pri prokariontih sta CDS in ORF enaka.
- Oba imata začetni kodon in stop kodon.
- Imajo več nukleotidov, ki jih je mogoče deliti s tri.
- Ko se prevedejo, proizvedejo aminokislinska zaporedja.
Kakšna je razlika med CDS in ORF?
CDS je dejanski del gena, ki se prevede v protein, medtem ko je ORF odsek DNK med začetnim kodonom in končnim kodonom. Torej, to je ključna razlika med CDS in ORF. Poleg tega CDS ne vsebuje intronov, ORF pa lahko vsebuje introne. CDS se v celoti prepiše v celotno zaporedje mRNA, medtem ko je ORF lahko del zaporedja mRNA. To je torej še ena razlika med CDS in ORF.
Spodaj infografika vzporedno prikazuje razlike med CDS in ORF.
Povzetek – CDS proti ORF
CDS in ORF sta dva pomembna dela gena. CDS se nanaša na dejansko regijo DNK, ki se prevede v beljakovino. ORF je zaporedje DNK, ki se začne z začetnim kodonom "ATG" in konča s katerim koli od treh zaključnih kodonov (TAA, TAG ali TGA). ORF je lahko del celotne mRNA gena. Vendar pa se kodirno zaporedje gena prepiše v popolno zaporedje mRNA. Vsi CDS-ji so ORF-ji. Vendar niso vsi ORF-ji CDS-ji. To torej povzema razliko med CDS in ORF.
