Ključna razlika med LINE in SINE je, da so LINE (dolgi vmesni jedrski elementi) vrsta daljših ne-LTR retrotranspozonov, medtem ko so SINE (kratki vmesni jedrski elementi) vrsta veliko krajših ne-LTR retrotranspozonov.
Retrotranspozoni, ki niso LTR, ne vsebujejo dolgih terminalnih ponovitev (LTR). Vendar pa vsebujejo gene za reverzno transkriptazo, RNK vezavni protein, nukleazo in ribonukleazo H domeno. Retrotranspozoni, ki niso LTR, imajo kratke ponovitve. Te ponovitve imajo obrnjen vrstni red baz ena poleg druge. Poleg tega imajo retrotranspozoni, ki niso LTR, tudi neposredne ponovitve, ki jih najdemo v transpozonih LRT. Retrotranspozoni, ki niso LTR, spadajo v dve kategoriji kot LINE in SINE.
Kaj so LINE?
LINE (dolgo razpršeni jedrski elementi) so daljši retrotranspozoni, ki niso LTR. Razširjeni so v genomih evkariontov. Običajno predstavljajo 21,1 % človeškega genoma. Vsaka LINIJA je dolga okoli 7000 baznih parov. LINE se lahko prepišejo v mRNA in prevedejo v protein, ki lahko deluje kot encim reverzne transkriptaze. Ta reverzna transkriptaza proizvaja kopije DNA LINEs RNA. Te kopije DNK je mogoče integrirati v genom na novem mestu.
Slika 01: ČRTICE in SINE
Človeški genom ima samo eno bogato LINE, imenovano LINE-1. Element LINE-1 je dolg okoli 6000 baznih parov. V človeškem genomu je približno 100.000 okrnjenih elementov LINE-1. V LINE-jih se lahko pojavi naključna mutacija. Zaradi naključnih mutacij se lahko LINE degenerirajo. Niso več transkribirane ali prevedene. Poleg tega so LINE združene v pet glavnih skupin, kot so L1, RTE, R2, I in jockey. Teh pet skupin se nadalje deli na dodatnih 28 klasov.
LINE se običajno razmnožujejo prek mehanizma, ki se imenuje mehanizem povratne transkripcije ciljne priprave (TPRT). Vstavljanje LINE povzroča bolezni pri ljudeh, kot so hemofilija A, rak, mendelske motnje itd. Hipometilacija LINE sproži tudi nekatere vrste raka.
Kaj so SINE?
SINE (kratki vmesni jedrski elementi) so vrsta veliko krajših ne-LTR retrotranspozonov. Dolgi so od 100 do 700 baznih parov. SINE so tudi elementi DNK, ki se pomnožijo v celotnem evkariontskem genomu prek intermediatov RNK. SINE predstavljajo približno 13 % genoma sesalcev. Notranje regije SINE izvirajo iz tRNA. Ostaja zelo ohranjen. Pogosto so prisotni pri številnih vrstah vretenčarjev in nevretenčarjev. Spremembe števila kopij in mutacije v SINE se lahko vključijo v sestavo klasifikacije vrst, ki temelji na filogeniji.
SINE lahko razvrstimo v tri glavne vrste: CORE-SINE, V-SINE in AmnSINE. Alu element je najpogostejši SINE pri primatih. Poleg tega obstaja več kot 50 človeških bolezni, povezanih z vstavitvijo SINE. Ko se vstavijo v eksone ali blizu njih, lahko povzročijo nepravilno spajanje ali spremenijo bralni okvir. To vodi do fenotipov bolezni, kot so rak dojke, rak debelega črevesa, levkemija, hemofilija, cistična fibroza, rak debelega črevesa, Dentova bolezen, nevrofibromatoza itd.
Kakšne so podobnosti med ČRTICAMI in SINUSI?
- LINE in SINE sta dve vrsti retrotranspozonov, ki niso LTR.
- Obe nimata dolgih končnih regij (LTR).
- Oboje pretežno najdemo le pri evkariontih.
- Oba sta neavtonomna.
Kakšna je razlika med črtami in sinusi?
LINE so daljši ne-LTR retrotranspozoni, medtem ko so SINE veliko krajši ne-LTR retrotranspozoni. Torej, to je ključna razlika med LINE in SINE. Poleg tega LINES kodira encim reverzne transkriptaze, medtem ko SINE ne kodira encima reverzne transkriptaze. To je torej še ena razlika med ČRTICAMI in SINESI.
Več razlik med LINE in SINE je navedenih spodaj v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – ČRTICE proti SINEM
Retrotranspozone najdemo predvsem pri vseh evkariontih, pri prokariontih pa jih ni. Približno 37 % človeškega genoma vsebuje retrotranspozone. Retrotranspozoni so večinoma dve vrsti: LTR in ne-LTR retrotranspozoni. Retrotranspozoni, ki niso LTR, ne vsebujejo dolgih terminalnih ponovitev (LTR), ki so prisotne v retrotranspozonih LTR. Retrotranspozoni, ki niso LTR, so nadalje razdeljeni v dve kategoriji: LINE in SINE. LINE so daljši ne-LTR retrotranspozoni, medtem ko so SINE veliko krajši ne-LTR retrotranspozoni. To je torej povzetek razlike med LINE in SINE.
