Ključna razlika med CGH in array CGH je, da je CGH tradicionalna molekularna citogenetska metoda za analizo variacije števila kopij v DNK testnega vzorca, ki ima nižjo ločljivost, medtem ko je array CGH popolnoma avtomatizirana molekularna citogenetska metoda za analiziranje variacije števila kopij v DNK testnega vzorca z višjo ločljivostjo.
CGH in array CGH sta dve tehniki za odkrivanje variacij števila kopij pri posameznikih. Variacija števila kopij se nanaša na dele genoma, ki se ponavljajo. Število kopij se razlikuje med posamezniki. Spremembe števila kopij so na splošno razvrščene v dve skupini: kratke ponovitve in dolge ponovitve. Eden najbolj znanih primerov variacije števila kratkih kopij je ponovitev trinukleotida CAG v genu huntingtin. To povzroči nevrološko motnjo, imenovano huntingtin. Najboljši primer za spreminjanje števila kopij z dolgimi ponovitvami je gen alfa amilaze, ki povzroča odpornost proti insulinu. Variacijo števila kopij je mogoče zaznati s tehnikami, kot so FISH, CGH in array CGH.
Kaj je CGH?
CGH je tradicionalna molekularna citogenetska metoda za analizo variacije števila kopij v DNK testnega vzorca v primerjavi z referenčnim vzorcem. Ima nižjo ločljivost v primerjavi z avtomatiziranimi tehnikami. Cilj te tehnike je hitra in učinkovita primerjava dveh vzorcev genomske DNK, ki izhajata iz različnih virov.
Slika 01: CGH
Postopek vključuje izolacijo DNK iz dveh virov: testnega in referenčnega. Nato sledi neodvisno označevanje testnih in referenčnih vzorcev DNK s fluoroforji različnih barv. Kasneje sta bila oba vzorca DNK denaturirana, da bi dobili vzorce enoverižne DNK. Nazadnje je bila izvedena hibridizacija obeh nastalih vzorcev DNK v razmerju 1:1 do normalnega metafaznega širjenja kromosomov. Kromosomske razlike med obema viroma je mogoče prepoznati s fluorescenčnim mikroskopom in računalniško programsko opremo. Poleg tega lahko tehnika CGH odkrije samo neuravnotežene kromosomske nepravilnosti.
Kaj je Array CGH?
Array CGH je popolnoma avtomatizirana molekularna citogenetska metoda za analizo variacije števila kopij v DNK testnega vzorca v primerjavi z referenčnim vzorcem. Ima višjo ločljivost in je bil razvit, da bi čim bolj zmanjšal omejitve tradicionalnega CGH. Array CGH združuje načela CGH z uporabo mikromrež. Namesto uporabe metafaznega širjenja kromosomov ta metoda uporablja diapozitive, na katerih so majhni segmenti DNK kot tarče. Te mikromreže so bile narejene z odlaganjem in imobilizacijo majhne količine DNK (sonde) na trdnem steklenem nosilcu. Velikost sond se lahko razlikuje od oligonukleotida do bakterijskega umetnega kromosoma.
Slika 02: Niz CGH
Ne glede na sonde je osnovna metoda niza CGH podobna CGH. Ko so sonde, ki vsebujejo mikromrežo, pripravljene, se dva vzorca DNK (testni in referenčni), označena s fluoroforji različnih barv, zmešata in dodata mikromreži. Ker je DNK v vzorcih zaradi denaturacije enoverižna, se ta DNK hibridizira z nizanimi enoverižnimi sondami. Z uporabo digitalnega slikovnega sistema je mogoče prepoznati kromosomske razlike med obema viroma.
Kakšne so podobnosti med CGH in Array CGH?
- CGH in array CGH sta dve tehniki za odkrivanje variant števila kopij.
- So molekularne citogenetske metode.
- Obe metodi diagnosticirata neuravnotežene kromosomske nepravilnosti.
- Fluoroforji so vključeni v obe metodi.
- Obe metodi je mogoče uporabiti za odkrivanje genetskih motenj zaradi razlik v številu kopij.
- Široko se uporabljajo v primerjalni genomski analizi.
Kakšna je razlika med CGH in Array CGH?
CGH je tradicionalna molekularna citogenetska metoda za analizo variacije števila kopij v DNK testnega vzorca, ki ima nižjo ločljivost, medtem ko je array CGH popolnoma avtomatizirana molekularna citogenetska metoda za analizo variacije števila kopij v DNK testnega vzorca ki ima večjo ločljivost. Torej, to je ključna razlika med CGH in poljem CGH. Poleg tega se v CGH testni in referenčni vzorci DNK hibridizirajo z normalnim metafaznim širjenjem kromosomov, v matričnem CGH pa testni in referenčni vzorci DNK hibridizirajo z imobiliziranimi DNK sondami, ki vsebujejo mikromrež.
Spodnja infografika navaja razlike med CGH in poljem CGH v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – CGH vs Array CGH
CGH in array CGH sta dve molekularni citogenetski tehniki za odkrivanje neuravnoteženih kromosomskih nepravilnosti. Pogosto se uporabljajo v primerjalni genomski analizi. CGH je tradicionalna molekularna citogenetska metoda za analizo variacije števila kopij v DNK testnega vzorca, ki ima nižjo ločljivost. V nasprotju s tem je array CGH popolnoma avtomatizirana molekularna citogenetska metoda za analizo variacije števila kopij v DNK testnega vzorca, ki ima višjo ločljivost. To torej povzema razliko med CGH in poljem CGH.
