Ključna razlika med FISH in CGH je v tem, da je FISH molekularna tehnika, ki zazna specifično zaporedje DNA na kromosomu z uporabo fluorescentno označenih sond, medtem ko je CGH druga molekularna citogenetska tehnika, ki zaznava spremembe v genomski DNA.
Citogenetska analiza igra pomembno vlogo v medicini pri odkrivanju kromosomskih nepravilnosti, kot so anevploidije, delecije, podvojitve in preureditve itd. Kromosomske nepravilnosti sčasoma vodijo do genetskih bolezni, kot so rak, neplodnost, Downov sindrom, Klinefelterjev sindrom, Turnerjev sindrom, levkemija itd. Za odkrivanje zgoraj omenjenih okvar in bolezni obstajajo različne molekularne citogenetske metode. Med njimi sta FISH (fluorescentna in situ hibridizacija) in CGH (primerjalna genomska hibridizacija) dve močni tehniki hibridizacije. Vendar imata obe metodi prednosti in slabosti.
Kaj je RIBA?
FISH je tehnika hibridizacije nukleinske kisline, ki se izvaja na delu ali odseku tkiva, v celotnem tkivu ali celicah. Je metoda, ki temelji na sondi. Tehnika je odvisna od teorije komplementarnega združevanja baz Watson Crick, kar ima za posledico bodisi hibride DNA-DNA ali hibride DNA-RNA, ki tako lahko zaznajo mutirane gene ali identificirajo gen, ki nas zanima. Poleg tega ta tehnika uporablja zaporedja enoverižne DNA, zaporedja dvoverižne DNA, zaporedja enoverižne RNA ali sintetične oligonukleotide, pripravljene z uporabo nick translacije, kot sonde, ki so komplementarne zaporedjem genov, ki nas zanimajo. Poleg tega je najpomembnejša lastnost te tehnike označevanje sond s fluorescenčnimi barvili. Tako se sonde vežejo na komplementarne dele kromosoma in olajšajo odkrivanje.
Poleg tega je FISH zelo občutljiva in specifična metoda. Zato je to pogosta tehnika pri raziskavah in diagnostiki hematoloških malignomov in solidnih tumorjev. Toda FISH prikazuje nizko ločljivost. Za načrtovanje zaporedij sond je potrebno tudi predhodno poznavanje ciljne nenormalnosti.
Slika 01: RIBE
Obstaja veliko aplikacij FISH, predvsem v molekularni diagnostiki nalezljivih bolezni za prepoznavanje prisotnosti patogenov in potrditev patogena z molekularno diagnostiko. Poleg tega je FISH pogosto uporabljena tehnika na področju razvojne biologije, kariotipizacije in filogenetske analize ter fizičnega kartiranja kromosomov.
Kaj je CGH?
Primerjalna genomska hibridizacija (CGH) je še ena molekularna citogenetska tehnika, ki temelji na DNK in lahko zazna spremembe zaporedij genomske DNK. Metoda je napredna metoda, ki lahko analizira kromosomske in genske modifikacije za odkrivanje sprememb ali sprememb v zaporedjih genomske DNK. Poleg tega CGH zahteva izolacijo in fragmentacijo DNK iz poskusnega in referenčnega vzorca. Nato je treba vzorce označiti z dvema različnima fluorescenčnima barvilima (običajno rdečim in zelenim). Kasneje se oba vzorca zmešata in omogočita konkurenčno hibridizacijo. Zadnji korak je analiza vzorcev za spremembe v DNK, kot so podvajanje genov, izguba genov itd. Zlasti meri razlike v številu kopij DNK med testnim in kontrolnim vzorcem.
Slika 02: CGH
Zdaj je na voljo še ena različica CGH; je naprednejša metoda od običajnega CGH. To je tehnika, imenovana CGH na osnovi nizov ali aCGH. aCGH omogoča natančno identifikacijo izbrisov genov ali sekvenc v več tisoč sekvencah v enem samem poskusu.
Kakšne so podobnosti med FISH in CGH?
- FISH in CGH sta dve molekularni tehniki.
- Tako FISH kot CGH temeljita na hibridizaciji nukleinske kisline.
- Poleg tega obe tehniki potrebujeta oblikovane sonde za odkrivanje specifičnih tarč DNK.
- Uporabljamo jih za prenatalno in poporodno diagnostiko genetskih bolezni.
- Poleg tega sta FISH in CGH zelo zmogljivi orodji za preučevanje genomskih sprememb.
- Za označevanje sond uporabljajo fluorescentna barvila.
Kakšna je razlika med FISH in CGH?
FISH je hibridizacijski postopek in situ, ki uporablja fluorescentne sonde za odkrivanje specifičnih zaporedij DNK, medtem ko je CGH tehnika molekularne hibridizacije, ki zaznava spremembe zaporedij genomske DNK. Torej, to je ključna razlika med FISH in CGH.
Poleg tega FISH zahteva predhodno znanje o ciljni nenormalnosti za načrtovanje zaporedij sonde, medtem ko CGH ne zahteva predznanja. Poleg tega je nadaljnja razlika med FISH in CGH ta, da FISH prikazuje omejeno ločljivost, medtem ko aCGH prikazuje visoko ločljivost.
Spodnja infografika povzema razliko med FISH in CGH.
Povzetek – FISH proti CGH
FISH in CGH sta dve molekularni citogenetski tehniki, ki olajšata odkrivanje zaporedij genov, ki nas zanimajo. FISH olajša odkrivanje specifičnega zaporedja DNK na kromosomu z uporabo fluorescentno označenih sond, medtem ko CGH olajša odkrivanje sprememb v genomski DNK. Torej, to je ključna razlika med FISH in CGH.
