Ključna razlika med ohranjenim in konsenznim zaporedjem je, da se ohranjeno zaporedje nanaša na podobna zaporedja nukleinskih kislin ali aminokislin, ki se pojavljajo pri različnih ali istih vrstah skozi generacije, medtem ko je soglasno zaporedje pogosto najdeno zaporedje nukleotidov ali aminokislin v visoko ohranjeni regiji DNA ali RNA ali beljakovin.
Organizmi si delijo podobne in različne lastnosti. Pri proučevanju odnosov med organizmi in njihovem razvrščanju je zelo pomemben genom oziroma genetska zgradba organizmov. Obstaja nekaj nukleotidnih ali aminokislinskih zaporedij, ki so pogosta med različnimi organizmi. Ohranjeno zaporedje je zaporedje nukleinske kisline ali aminokisline, ki je skladno med vrstami. Zato so filogenetsko pomembni pri generiranju filogenetskih dreves. V ohranjenih zaporedjih obstajajo specifična nukleotidna zaporedja, ki jih najdemo pogosteje. Znani so kot konsenzna zaporedja.
Kaj je ohranjeno zaporedje?
Ohranjeno zaporedje je zaporedje nukleinske kisline ali zaporedje aminokislin, ki je med vrstami podobno. Zato je dosleden med vrstami skozi celotno evolucijo. Na splošno se ta zaporedja vzdržujejo z naravno selekcijo. Ostajajo nespremenjeni daleč nazaj v filogenetskem drevesu. Zato so ohranjena zaporedja pomembna pri konstruiranju filogenetskih dreves. Menijo, da imajo visoko ohranjene sekvence pogosto pomembno funkcionalno vrednost. Uporabni so tudi pri prepoznavanju genetskih bolezni. Vendar so lahko ohranjene sekvence kodirajoče ali nekodirajoče sekvence nukleinske kisline. Poleg tega ohranjene sekvence kažejo počasnejše stopnje mutacije. Zato kažejo zelo majhne spremembe v svoji sestavi; včasih ne pokažejo sprememb skozi vse generacije.
Slika 01: Ohranjeno zaporedje
Komponente RNA ribosomov so prisotne v vseh domenah življenja, zaporedja homeobox pri evkariontih in tmRNA pri bakterijah so več primerov visoko ohranjenih zaporedij. Identifikacija ohranjenih sekvenc je enostavna, če se uporabljajo bioinformatični pristopi, zlasti orodje za poravnavo sekvenc. Poleg tega večkratna poravnava zaporedij olajša vizualizacijo ohranjenih zaporedij.
Kaj je konsenzno zaporedje?
Soglasno zaporedje je zaporedje, ki ga običajno najdemo v dani ohranjeni regiji DNA ali RNA. Je zelo specifično nukleotidno zaporedje. Na primer, obstaja konsenzno zaporedje pri -10 kot TATAAT (Pribnow box) v promotorjih E. coli, ki so visoko ohranjena zaporedja. Podobno obstaja še eno konsenzno zaporedje: TTGACA tudi v promotorjih E. coli pri -35. Soglasna zaporedja so znana tudi kot "škatle".
Slika 02: Soglasno zaporedje
Poleg DNK in RNK imajo proteini tudi soglasna zaporedja aminokislin. Proteinska vezavna mesta so pogosto predstavljena s konsenznimi sekvencami. Restrikcijski encimi imajo tudi soglasna zaporedja. Poleg tega so mesta spajanja tudi konsenzna zaporedja. Podobno kot ohranjena zaporedja je mogoče soglasna zaporedja izračunati in vizualizirati z bioinformatičnimi orodji.
Kakšne so podobnosti med ohranjenim in konsenznim zaporedjem?
- Ohranjena in soglasna zaporedja so zaporedja nukleinskih kislin ali aminokislin, ki so skupna vsem vrstam.
- Tako ohranjena kot konsenzna zaporedja je mogoče vizualizirati z orodji za bioinformatiko.
- Široko se uporabljajo v molekularni biologiji.
Kakšna je razlika med ohranjenim in konsenznim zaporedjem?
Ohranjeno zaporedje je zaporedje nukleinske kisline ali aminokisline, ki je skladno med vrstami, medtem ko so soglasna zaporedja zelo specifična in pogosto najdemo baze ali aminokisline v dani ohranjeni regiji. Torej, to je ključna razlika med ohranjenim in konsenznim zaporedjem. Poleg tega je druga razlika med ohranjenim in soglasnim zaporedjem ta, da so ohranjena zaporedja filogenetsko pomembna, medtem ko so soglasna zaporedja pogosto vezavna mesta za beljakovine, mesta spajanja, mesta rezanja restrikcijskih encimov itd.
Povzetek – Ohranjeno proti soglasnemu zaporedju
Ohranjena zaporedja so zaporedja nukleinskih kislin ali proteinov, ki so si med živimi vrstami podobna. Promotor, mesto vezave ribosoma, izvor replikacije in aminokislinsko zaporedje histonskega proteina je nekaj primerov ohranjenih zaporedij. V nasprotju s tem so soglasna zaporedja specifične baze ali aminokisline, ki jih pogosteje najdemo v danem ohranjenem zaporedju. -10 box, -35 box promotorja E. coli, mesta vezave na beljakovine, mesta spajanja in mesta za prepoznavanje restrikcijskih encimov so številni primeri konsenznih zaporedij. To je torej povzetek razlike med ohranjenim in konsenznim zaporedjem.
