Ključna razlika med sintenijo in kolinearnostjo je, da je sintenija fizična so-lokalizacija genetskih lokusov na istem kromosomu v vrstah, medtem ko je kolinearnost fizična so-lokalizacija genetskih lokusov na istem kromosomu pri različnih vrstah, ki ohranjajo isti vrstni red.
Sintenija in kolinearnost sta izraza, ki se v genomiki uporabljata izmenično. Oba izraza opisujeta vzorce lokalizacije genov na kromosomih pri različnih vrstah. Te povezane ureditve genov med taksoni so dragocene informacije pri sklepanju o skupnem poreklu genov. Sintenija se nanaša na fizično so-lokalizacijo genetskih lokusov na istem kromosomu v vrsti. Kolinearnost se nanaša na fizično so-lokalizacijo genetskih lokusov na istem kromosomu pri različnih vrstah, ki ohranjajo isti vrstni red. Zato je to oblika sintenije.
Kaj je Synteny?
Pri različnih vrstah obstaja niz genov, ki se nahajajo na istem kromosomu. In ta fizična lokalizacija genov na istem kromosomu pri različnih vrstah je znana kot sintenija. Poleg tega se ti geni nahajajo zelo blizu drug drugega na enem samem kromosomu. Vrstni red genov morda ni nujno enak. Vendar pa lokalizacija genov blizu drug drugega na istem kromosomu poteka v sinteniji. Zato sintenija v glavnem opisuje vzorec porazdelitve genov na kromosomu. Ti vzorci so-lokalizacije genov kažejo na odnose med različnimi vrstami in njihov razvoj. Vendar pa je sintenija lahko motena zaradi kromosomskih preureditev, kot so translokacije, inverzija in zlitje kromosomov itd. podvajanja, izgube in neenake homologne rekombinacije.
Slika 01: Synteny
Verjamemo, da so vsi povezani geni sintetični. Ni pa nujno, da so vsi sintetični geni povezani. Imajo skupna zaporedja kromosomov. Ljudje imamo veliko sintetičnih genov z drugimi sesalci. Poleg tega imajo številna žita sintetične gene.
Kaj je kolinearnost?
Kolinearnost je bolj specifična oblika sintenije, pri kateri se niz genov nahaja na istem kromosomu različnih vrst v istem vrstnem redu kot pri predniški vrsti. Če torej pride do odstopanja od kolinearnosti, bo to bolj zanesljiv filogenetski značaj, saj kolinearnost pojasnjuje skupno poreklo genov.
Slika 02: Kolinearnost
Večstranska analiza kolinearnosti zagotavlja veliko bolj zanesljive informacije o sorodnih vrstah in njihovi filogeniji.
Kakšne so podobnosti med sintenijo in kolinearnostjo?
- Tako pri sinteniji kot pri kolinearnosti se niz lokusov pri dveh različnih vrstah nahaja na istem kromosomu.
- Ti izrazi opisujejo fizično so-lokalizacijo genetskih lokusov na istem kromosomu.
- Kolinearnost je bolj specifična oblika sintenije.
- Včasih se oba izraza v genomiki uporabljata zamenljivo.
- Če imata dve regiji kolinearnost, sta očitno sitenični.
- Uporabni so pri sklepanju o filogeniji.
Kakšna je razlika med sintenijo in kolinearnostjo?
Sintenija in kolinearnost sta izraza, ki se v genomiki uporabljata izmenično. Sintenija se nanaša na fizično so-lokalizacijo niza genov v istem kromosomu pri različnih vrstah. Kolinearnost je oblika sintenije, pri kateri je niz genov lokaliziran v istem vrstnem redu med različnimi vrstami. Zato je to ključna razlika med sintenijo in kolinearnostjo.
Povzetek – Synteny vs kolinearnost
Izraza sintenija in kolinearnost se nanašata na niz genov, ki se nahajajo na istem kromosomu pri različnih vrstah. Pravzaprav so ti geni lokalizirani v istem kromosomu pri različnih vrstah. Sintenija opisuje fizično solokalizacijo nabora genov na istem kromosomu pri različnih vrstah, medtem ko je kolinearnost bolj specifična oblika sintenije, pri kateri je nabor genov solokaliziran v istem vrstnem redu. To torej povzema razliko med sintenijo in kolinearnostjo.
