Ključna razlika med QTL in GWAS je odvisna od vrste zaporedij, uporabljenih v analizi. QTL uporablja lokuse genov povezav za analizo fenotipskih lastnosti, povezanih s poligenskim dedovanjem, medtem ko GWAS uporablja zaporedja celotnega genoma za analizo polimorfizmov posameznega nukleotida določenega stanja.
QTL zemljevidi in GWAS igrajo pomembno vlogo pri genetskih analizah za različne lastnosti. Poleg tega so pomembni pri analizi različnih bolezni z neznano etiologijo. Poleg tega ima sekvenciranje ključno vlogo pri obeh tehnikah. Te tehnike je mogoče nadalje povezati z drugimi tehnikami z visoko zmogljivostjo za večjo točnost in natančnost.
Kaj je QTL?
QTL pomeni kvantitativni lokus lastnosti. To je regija DNK, povezana s fenotipsko lastnostjo. Na splošno QTL povzroči poligenske učinke. Porazdelitev QTL-jev se spreminja in število QTL-jev kaže na stopnjo variacije določene fenotipske lastnosti. Poleg tega običajno kodirajo temeljne neprekinjene lastnosti in ne diskretnih lastnosti.
Pri identifikaciji regij QTL je pomembno določiti zaporedje določenega področja QTL. Poleg tega, da bi bile preiskave in raziskave enostavne, sekvenciranje in shranjevanje podatkov o zaporedju skupnih regij QTL poteka z vključevanjem bioinformatike. To tehniko imenujemo preslikava QTL. Kasneje se baza podatkov zgradi z zaporedji regij QTL.
Slika 01: QTL Scan
Poleg tega se aplikacije zaporedij QTL opirajo predvsem na orodje BLAST, kjer je mogoče določiti podobnost zaporedja. Pomemben je pri ugotavljanju odnosov med organizmi. Poleg tega je pomembno pri določanju kompleksnosti določenega poligenega fenotipa. Določa tudi razvoj določene lastnosti.
Trenutno se analiza QTL kombinira z drugimi tehnikami z visoko zmogljivostjo, kot so mikromreže DNK. To je pomembno pri analizi izražanja fenotipa. Znanstveniki so trenutno zelo zainteresirani za razvoj baze podatkov QTL, saj so regije QTL odgovorne za številne pomembne lastnosti različnih vrst.
Kaj je GWAS?
GWAS je kratica za Genome Wide Association Study. Nanaša se tudi na študije povezav celotnega genoma. Te študije se osredotočajo predvsem na opazovalne študije. Analizira genetske različice različnih posameznikov, ki so običajno povezane z določeno lastnostjo. Poleg tega je za analizo GWAS pomemben celoten genom.
Slika 02: GWAS
GWAS je pomembno orodje pri analizi polimorfizmov enega nukleotida, povezanih z različnimi boleznimi. To je tudi primerjalna študija različnih polimorfizmov enega nukleotida v široki populaciji. Poleg tega je študijski vzorec GWAS zelo visok; zato ima tudi obliko presečne kohortne študije.
Poleg tega je potekala prva študija GWAS v zvezi z miokardnim infarktom in analizo genov, povezanih z miokardnim infarktom. GWAS ima trenutno pomembno vlogo pri določanju genetskega ozadja zapletenih bolezni z neznano etiologijo.
Kakšne so podobnosti med QTL in GWAS?
- Za analizo se zanašajo na podatke o zaporedjih DNK.
- Oboje je povezano z genetskim ozadjem različnih znakov.
- Poleg tega potrebujejo bioinformatična orodja za sklepanje in interpretacijo rezultatov.
- Izvajajo se na velikih populacijah.
Kakšna je razlika med QTL in GWAS?
QTL analizira fenotipske lastnosti, povezane s poligenskim dedovanjem z uporabo povezanih genskih lokusov, medtem ko GWAS analizira polimorfizme posameznega nukleotida določenega stanja z uporabo zaporedij celotnega genoma. To je torej ključna razlika med QTL in GWAS. Kartiranje QTL je sorazmerno manj zapletena tehnika kot GWAS, saj zahteva sekvenciranje celotnega genoma.
Spodnja infografika povzema razliko med QTL in GWAS v obliki tabele.
Povzetek – QTL proti GWAS
QTL kartiranje in GWAS imata pomembno vlogo pri določanju genetskega ozadja različnih fenotipskih lastnosti. Pomagajo tudi pri analizi genetskega ozadja različnih bolezni. Preslikava QTL preslika povezovalne gene, ki so odgovorni za neprekinjene lastnosti, in vključuje tudi preslikavo genov poligenskega dedovanja. Po drugi strani pa GWAS poteka z analizo celotnega genoma za polimorfizme enega nukleotida. Poleg tega se to dogaja v večji populaciji. To je torej povzetek razlike med QTL in GWAS.
