Ključna razlika med profiliranjem polisomov in profiliranjem ribosomov je v tem, da profiliranje polisomov analizira obnašanje ribosomov z uporabo tako ribosoma kot mRNA (polisoma) med prevajanjem, medtem ko profiliranje ribosomov analizira obnašanje ribosomov samo z uporabo zaporedja mRNA med prevajanjem.
Prevajanje je druga faza sinteze beljakovin, ki pretvori informacije v mRNA v zaporedje aminokislin. Translatomika je študija ORF (odprtih bralnih okvirjev), ki se aktivno prevajajo v celici organizma. Tehnike profiliranja polisomov in ribosomov sta dve vrsti tehnik na področju molekularne biologije za ocenjevanje in sklepanje različnih parametrov v kontekstu analize translatoma.
Kaj je profiliranje polisomov?
Profiliranje polisomov je tehnika, ki sklepa o statusu prevajanja specifične mRNA z analizo obnašanja tako ribosoma kot mRNA (polisoma). Z drugimi besedami, ta tehnika zagotavlja podatke in zaključke o povezavi mRNA z ribosomi. Polisom se nanaša na skupino ribosomov, vezanih na mRNA, ki je prisotna med elongacijsko fazo prevoda.
Slika 01: Polisomsko profiliranje
Profiliranje polisomov zahteva celični lizat, ki se nato centrifugira. Centrifugirani vzorec se nato loči na podlagi njihove gostote, da se opredelijo majhne in velike podenote ribosomov in ustrezna mRNA, ki sodeluje pri tvorbi polisoma. Poleg tega postopek vključuje tudi merjenje optične gostote. Za profiliranje polisomov so potrebni strokovnjaki.
Tehnika profiliranja polisomov je pomembno orodje za številne aplikacije. Znanstveniki uporabljajo to tehniko za preučevanje stopnje prevajanja v celicah. Natančneje, to je orodje za zagotavljanje natančnih informacij o preučevanju posameznih proteinov in njihovih specifičnih mRNA. V kontekstu preučevanja stopnje prevajanja določene mRNA je tehnika profiliranja polisomov bistvena. Tukaj je mogoče raziskati zaporedja 3' in 5' mRNA glede na njihove učinke na količino proizvedene mRNA in raven prevoda.
Kaj je profiliranje ribosomov?
Profiliranje ribosoma je tehnika, ki analizira obnašanje ribosoma glede na njegovo mRNA med prevajanjem. To tehniko sta našli in razvili Joan Steitz in Marilyn Kozak. Kasneje sta to tehnologijo nadalje razvila dva znanstvenika, Nicholas in Jonathan, v kombinaciji s sekvenciranjem naslednje generacije, kar je privedlo do razvoja različnih sorodnih tehnik, kot je metodologija prevajanja ribosomskega afinitetnega čiščenja (TRAP).
Slika 02: Sekvenciranje ribosomov
Postopek profiliranja ribosomov vključuje izolacijo mRNA, odstranitev RNA, ki ni vezana na ribosome, in ločevanje mRNA, vezane na ribosome. Po tem postopku se izolat mRNA reverzno prepiše in pride do sinteze cDNA. Končno je mogoče podatke o zaporedju uskladiti s translacijskim profilom, da sklepamo o značilnostih obnašanja ribosomov glede na mRNA.
Profiliranje ribosomov mnogim raziskovalcem pomaga prepoznati in sklepati o lokaciji začetnih mest prevajanja, dopolnitvi prevedenih odprtih bralnih okvirjev (ORF) v celici ali tkivu, porazdelitvi ribosomov na mRNA in hitrosti prevajanje ribosomov. Profiliranje ribosomov je znano tudi kot odtis ribosomov ali Ribo Seq.
Kakšne so podobnosti med profiliranjem polisomov in profiliranjem ribosomov?
- Profiliranje polisomov in ribosomov sta molekularno biološki tehniki, pomembni pri raziskavah.
- Zagotavljajo informacije o procesu prevajanja.
- Oba postopka profiliranja zagotavljata podatke z analizo translatoma.
- Za izvedbo obeh tehnik so za natančne rezultate potrebni profesionalni strokovnjaki.
- Bioinformatična orodja igrajo pomembno vlogo pri obeh tehnikah.
Kakšna je razlika med profiliranjem polisomov in profiliranjem ribosomov?
Profiliranje polisomov analizira obnašanje ribosomov z uporabo tako ribosoma kot mRNA (polisoma) med prevajanjem, medtem ko profiliranje ribosomov analizira obnašanje ribosomov samo z uporabo zaporedja mRNA med prevajanjem. To je torej ključna razlika med profiliranjem polisomov in profiliranjem ribosomov. Poleg tega profiliranje polisomov vključuje tehnike, kot so centrifugiranje z gradientom gostote in meritve optične gostote, medtem ko profiliranje ribosomov vključuje tehnike ekstrakcije mRNA in sekvenciranja. Poleg tega je profiliranje ribosomov natančnejše kot profiliranje polisomov.
Spodnja infografika predstavlja razlike med profiliranjem polisomov in ribosomov v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – profiliranje polisomov proti profiliranju ribosomov
Prevajanje je druga faza sinteze beljakovin, ki vključuje pretvorbo informacije o zaporedju mRNA v zaporedje aminokislin. Ta proces zahteva predlogo mRNA, ribosome, aminokisline, tRNA in druge dejavnike. Profiliranje polisomov in ribosomov sta dve molekularni tehniki. Profiliranje polisomov analizira obnašanje ribosomov z uporabo tako ribosoma kot mRNA (polisoma) med prevajanjem, medtem ko profiliranje ribosomov analizira obnašanje ribosomov samo z uporabo zaporedja mRNA med prevajanjem. Profiliranje polisomov vključuje tehnike, kot sta centrifugiranje z gradientom gostote in meritve optične gostote. Profiliranje ribosomov vključuje tehnike, kot so ekstrakcija mRNA, sinteza cDNA in sekvenciranje. To torej povzema razliko med profiliranjem polisomov in profiliranjem ribosomov.
