Ključna razlika med naključnimi primerji in oligo dT je, da je naključni primer mešanica vseh možnih heksamernih oligonukleotidnih zaporedij, medtem ko je oligo dT primer sestavljen iz enoverižnega odseka 12–18 deoksitimidinov.
Reverzna transkripcija je mehanizem, pri katerem se cDNA lahko sintetizira z uporabo mRNA ali katere koli vrste RNA. Za proizvodnjo cDNA je treba zagotoviti encim reverzne transkriptaze in druge potrebne komponente, zlasti šablono in primerje. Primerji so kratka zaporedja DNA, posebej oblikovana za pomnoževanje ciljnih zaporedij. Naključni primerji in oligo dT primerji sta dve pogosti vrsti začetnikov, ki se uporabljata pri reverzni transkripciji. Zato sta naključni primer ali oligo dT primer kratka oligonukleotidna zaporedja DNA, potrebna za reverzno transkriptazo, da sproži reverzno transkripcijo. Odvisno od predloge RNA lahko ustrezen primer izberemo izmed teh dveh tipov primerjev.
Kaj so naključni primerji?
Naključni primer je mešanica oligonukleotidov, ki predstavljajo vsa možna zaporedja heksamerov. Zaporedje primerjev naključnega primerja je 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T ali C. Zato lahko naključne primerje uporabimo za pomnoževanje enoverižne DNA ali RNA z DNA polimerazo ali reverzno transkriptazo, oz. Poleg tega je naključna mešanica primerjev sposobna pomnožiti vse regije RNA za generiranje cDNA. Tako proizvaja različne dolžine cDNA.
Slika 01: Naključni primerji
Najpomembneje je, da naključna mešanica primerjev ne kaže specifičnosti predloge. Ne more razlikovati mRNA in drugih vrst RNA. In se žari s katero koli vrsto RNA v vzorcu. Vendar pa je mešanica naključnih primerjev primerna za reverzno transkripcijo RNA brez poli(A) repov, kot so rRNA, tRNA, nekodirajoče RNA, majhne RNA, prokariontska mRNA itd., degradirana RNA in RNA z znanimi sekundarnimi strukturami.
Kaj je Oligo dT?
Oligo dT primer je odsek 12 – 18 deoksitimina (dT). Sekvenco primerja lahko predstavimo kot 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Uporablja se za proizvodnjo cDNA iz mRNA, ki vsebuje poli(A) rep. V bistvu deluje kot primer za reakcijo, ki jo katalizira reverzna transkriptaza. Med reverzno transkripcijo se oligo dT primer segreje s poliadeniliranim repom na 3´ koncu večine evkariontskih mRNA in začne postopek.
Slika 02: Reverzna transkripcija z uporabo Oligo dT primerja
Za razliko od naključnega primerja oligo dT primer ni primeren za degradirano RNA ali RNA brez poli(A) repov, vključno s prokariontsko RNA in mikroRNA.
Kakšne so podobnosti med naključnimi primerji in Oligo dT?
- Naključni primer in oligo dT primer sta dve vrsti primerjev, ki se uporabljata pri reverzni transkripciji in izdelavi cDNA.
- Skupna uporaba naključnega primerja in oligo dT primerja poveča občutljivost sinteze cDNA.
- So enoverižna kratka nukleotidna zaporedja.
Kakšna je razlika med naključnimi primerji in Oligo dT?
Naključni primer je kratko oligonukleotidno zaporedje, sestavljeno iz naključnega zaporedja. Medtem je oligo dT primer kratka nit, sestavljena iz 12 do 18 deoksitimidinov. Torej, to je ključna razlika med naključnimi primerji in oligo dT. Zaporedje naključnega primerja je 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T ali C. Medtem ko je zaporedje oligo dT primerja 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Zato lahko to obravnavamo kot še eno razliko med naključnimi primerji in oligo dT.
Poleg tega naključni primerji ne kažejo specifičnosti predloge in se žarijo s katero koli vrsto RNA, medtem ko oligo dT primerji kažejo specifičnost za poli(A) repe evkariontske mRNA.
Spodnja infografika povzema razliko med naključnimi primerji in oligo dT.
Povzetek – Naključni primerji proti Oligo dT
Naključni primer in oligo dT primer sta dve vrsti primerjev, ki se uporabljata pri sintezi cDNA. Naključni primer je sestavljen iz mešanice oligonukleotidov, ki predstavljajo vse možne heksamerne sekvence, medtem ko je oligo dT primer enoverižno zaporedje 12 do 18 deoksitimidinov. Torej, to je ključna razlika med naključnimi primerji in oligo dT. Poleg tega so oligo dT primerji uporabni za reverzno transkripcijo RNK v polni dolžini s poli(A) repom, medtem ko so naključni primerji uporabni za reverzno transkripcijo večine vrst RNK, vključno z degradirano RNK, RNK brez poli(A) repov in RNK, ki vsebuje sekundarne strukture. Zato naključni primer ne kaže specifičnosti šablone, medtem ko oligo dT primer kaže specifičnost za evkariontsko mRNA, ki vsebuje poli(A) rep.
