Ključna razlika med restrikcijskima encimama EcoRI in HindIII je, da je EcoRI restrikcijski encim tipa II, ki je izoliran iz E. coli, medtem ko je HindIII restrikcijski encim tipa II, ki je izoliran iz Haemophilus influenza.
Restrikcijski encim ali restrikcijska endonukleaza je encim, ki cepi DNA na fragmente na specifičnih prepoznavnih mestih (restrikcijskih mestih) znotraj molekule DNA. Te restrikcijske encime najdemo v bakterijah in arhejah. Zagotavljajo obrambni mehanizem pred vsiljivimi virusi. Restrikcijski encimi so na splošno razvrščeni v pet različnih tipov: tip I, tip II, tip III, IV in tip V. EcoRI in HindIII sta dva restrikcijska encima, ki spadata v skupino restrikcijskih encimov tipa II.
Kaj so restrikcijski encimi EcoRI?
EcoRI je restrikcijski encim tipa II, ki je izoliran iz vrste E.coli. To je restrikcijski encim, ki cepi dvojne vijačnice DNK na fragmente na določenih mestih. EcoRI je tudi del sistema za omejevanje in spreminjanje. EcoRI je bil prvi encim, ki je bil prvotno izoliran iz seva RY13 vrste E. coli. Uporablja se kot restrikcijski encim v molekularni biologiji. EcoRI ustvari 4 nukleotidne lepljive konce s 5' končnimi previsi AATT. EcoRI reže DNK pri specifičnem prepoznavnem zaporedju G↓AATTC. Ima palindromsko komplementarno zaporedje CTTAA↓G. Poleg tega ta restrikcijski encim spada v podrazred tipa II P (palindromska specifičnost). V svoji primarni strukturi EcoRI vsebuje motiv PD. D/EXK znotraj svojega aktivnega mesta, kot mnogi drugi restrikcijski encimi.
Slika 01: EcoRI
Restrikcijski encim EcoRI je homodimer 31 kDa. Vsebuje eno globularno domeno arhitekture α/β. Vsaka podenota vsebuje zanko, ki štrli iz globularne domene in se ob vezavi ovije okoli DNK. Ta encim se lahko kokristalizira z zaporedjem, ki ga običajno reže. Poleg tega se restrikcijski encim EcoRI uporablja v najrazličnejših molekularno-genetskih tehnikah, vključno s kloniranjem, presejanjem DNK in delicijskimi deli DNK v pogojih in vitro.
Kaj so restrikcijski encimi HindIII?
HindIII je restrikcijski encim tipa II, ki je izoliran iz vrste Haemophilus influenza. S hidrolizo cepi palindromsko zaporedje DNA AACCTT v prisotnosti kofaktorja Mg2+. Cepitev tega posebnega zaporedja med AA’S (5’A↓ACCTT3’ in 3’TTCGA↓A5’) ima za posledico 5’ previse na molekuli DNA, imenovane lepljivi konci. Ta encim najdemo v prokariontskih organizmih, kot so bakterije. Bakterije uporabljajo ta encim kot obrambni mehanizem pred virusi, kot so bakteriofagi.
Slika 02: HindIII
Strukturno je HindIII homodimer. Vsebuje skupno strukturno jedro, ki obsega štiri β liste in eno samo α vijačnico, tako kot druge vrste restrikcijskih encimov II. Molekulska masa tega encima je 34,9 kDa. Poleg tega je HindIII zelo uporaben v sodobnih molekularno-bioloških znanstvenih poskusih, kot sta sekvenciranje DNK in kartiranje.
Kakšne so podobnosti med restrikcijskima encimoma EcoRI in HindIII?
- EcoRI in HindIII sta dva restrikcijska encima, ki spadata v skupino restrikcijskih encimov tipa II.
- EcoRI in HindIII sta bila najdena v zgodnjih 1970-ih.
- EcoRI in HindIII oba vsebujeta motiv zaporedja aminokislin PD.. D/EXK.
- Oba restrikcijska encima izvajata zelo specifično cepitev DNA.
- Ti restrikcijski encimi potrebujejo Mg2+ kot kofaktor za svojo specifično aktivnost.
- Proizvajajo lepljive konce po rezanju DNK.
- So zelo uporabne komponente v sodobnih molekularno bioloških raziskavah.
Kakšna je razlika med restrikcijskima encimoma EcoRI in HindIII?
EcoRI je restrikcijski encim tipa II, ki je izoliran iz vrste E.coli, medtem ko je HindIII restrikcijski encim tipa II, ki je izoliran iz vrste Haemophilus influenza. To je torej ključna razlika med EcoRI in HindIII. Poleg tega EcoRI reže DNK pri specifičnem prepoznavnem zaporedju G↓AATTC, medtem ko HindIII odreže DNK pri specifičnem prepoznavnem zaporedju A↓ACCTT.
Spodnja infografika predstavlja razlike med EcoRI in HindIII v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – EcoRI proti HindIII restrikcijskim encimom
EcoRI in HindIII sta dva restrikcijska encima, ki spadata v podrazred tipa II p. Izvajajo zelo specifično cepitev DNK. EcoRI je restrikcijski encim tipa II, ki je izoliran iz vrste E.coli, medtem ko je HindIII restrikcijski encim tipa II, ki je izoliran iz vrste Haemophilus influenza. Torej, to povzema razliko med EcoRI in HindIII.
