Ključna razlika – stran SDS proti Western Blotu
Western blot je tehnika, ki zazna določeno beljakovino iz vzorca beljakovine. Ta tehnika se izvaja v več ključnih korakih: gelska elektroforeza, blotiranje in hibridizacija. Elektroforeza v poliakrilamidnem gelu z natrijevim dodecil sulfatom (Stran SDS) je neke vrste tehnika elektroforeze v gelu, ki se uporablja za ločevanje beljakovin glede na njihovo velikost (molekulsko maso). Western blot je posebna plast membrane za blotiranje, ki se uporablja za prenos istega vzorca proteinov na strani SDS. Ključna razlika med stranjo SDS in western blotom je v tem, da stran SDS omogoča ločevanje beljakovin v zmesi, medtem ko western blot omogoča odkrivanje in kvantifikacijo specifičnega proteina iz zmesi. Oba sta uporabna pri študijah analize beljakovin.
Kaj je stran SDS?
SDS Page je tehnika gelske elektroforeze, ki se uporablja za ločevanje beljakovin. Pogosto se uporablja v biokemiji, genetiki, forenziki in molekularni biologiji. Ko so proteini ekstrahirani iz vzorca, jih nanesejo na gel, sestavljen iz SDS in poliakrilamida. SDS je anionski detergent, ki se uporablja za linearizacijo beljakovin (denaturacijo beljakovin) in za dodajanje negativnega naboja lineariziranim beljakovinam, ki je sorazmeren z njihovo molekulsko maso. Poliakrilamid postane trdna podpora za gel. Denaturirani proteini, ki so negativno nabiti, migrirajo proti pozitivnemu koncu aparata skozi gel. Glede na velikost proteinov se hitrost selitve med proteini razlikuje in pride do ločitve. Zato je stran SDS uporabna za ločevanje posameznih proteinov glede na njihovo velikost.
Priprava poliakrilamidnega gela za frakcioniranje beljakovin je ključni korak na strani SDS. Pravilna koncentracija poliakrilamida in vrsta uporabljenega zamreževalnega sredstva močno vplivata na fizikalne lastnosti gela, zaradi česar je dejansko ločevanje različnih proteinov. Velikosti por gela je treba ustrezno upravljati za učinkovito ločevanje. Vendar se stran SDS šteje za tehniko ločevanja beljakovin z visoko ločljivostjo.
Tehnika SDS Page ima veliko omejitev pri analizi beljakovin. Ker SDS denaturira beljakovine pred ločevanjem, ne omogoča odkrivanja encimske aktivnosti, interakcij vezave na beljakovine, proteinskih kofaktorjev itd.
Slika 01: Stran SDS
Kaj je Western Blot?
Western blotting tehnika omogoča detekcijo specifičnega proteina iz beljakovinske mešanice ter merjenje količine in molekulske mase proteina. Western blot je membrana, ki se uporablja med postopkom blotiranja za pridobitev zrcalne slike vzorcev beljakovin v SDS-poliakrilamidnem gelu. Membrana, ki se uporablja za western blot, je večinoma sestavljena iz nitroceluloze ali poliviniliden difluorida (PVDF). Membrana s prenesenim proteinom se lahko uporabi za identifikacijo želenega proteina. Za detekcijo želenega proteina s hibridizacijo potrebuje visokokakovostno protitelo. Protitelo se veže na svoj specifični antigen in razkrije prisotnost želenega antigena, ki je protein.
Prenos proteinov iz SDS poliakrilamidnega gela v western blot se izvede z elektroblotom. Je učinkovita in hitra metoda, ki povzroči, da proteini z elektroforezo izstopijo iz gela in preidejo na nitrocelulozno membrano (western blot).
Slika 02: Western Blot
Kakšna je razlika med SDS Page in Western Blot?
Stran SDS proti Western Blotu |
|
| SDS Page je tehnika gelske elektroforeze. | Western blot je tehnika, ki se izvaja na membrani za odkrivanje specifičnega proteina iz mešanice. |
| Uporabi | |
| Stran SDS omogoča ločevanje beljakovin glede na njihovo velikost. | Western blot omogoča prenos proteinov na stranski gel SDS brez spreminjanja njegovega vzorca in omogoča hibridizacijo s specifičnimi protitelesi. |
| Slabosti | |
| Denaturacija beljakovin, visoki stroški in prisotnost nevrotoksinskih kemikalij so slabosti te tehnike. | Ta tehnika je dolgotrajna in zahteva dobre osebne izkušnje ter posebne nadzorovane pogoje. |
Povzetek – stran SDS proti Western Blotu
SDS stran in western blot sta dve metodi, vključeni v analizo beljakovin. SDS Page omogoča enostavno ločevanje proteinov na gelu glede na njihovo molekulsko maso. Western blot pomaga potrditi prisotnost in količino specifičnega proteina s hibridizacijo s specifičnimi protitelesi. To je razlika med stranjo SDS in western blotom.
