Ključna razlika – gelska elektroforeza v primerjavi s stranjo SDS
Gel elektroforeza je tehnika, ki ločuje makromolekule v električnem polju. V molekularni biologiji je običajna metoda za ločevanje DNK, RNK in proteinov iz mešanic glede na njihove molekulske velikosti. SDS Page je vrsta gelske elektroforeze, ki se uporablja za ločevanje beljakovin iz mešanice beljakovin glede na njihovo velikost. Gelska elektroforeza je izraz, ki se uporablja za običajno tehniko, ki se uporablja za ločevanje DNA, RNA in beljakovin, medtem ko je SDS Page ena vrsta gelske elektroforeze. To je ključna razlika med gelsko elektroforezo in SDS Page.
Kaj je gelska elektroforeza?
Gel elektroforeza je pogosta tehnika, ki se uporablja v laboratorijih za ločevanje nabitih molekul, kot so DNA, RNA, proteini itd., iz njihovih mešanic. Pri gelski elektroforezi se uporablja gel. Deluje kot molekularno sito. Pri gelski elektroforezi se uporabljata dve vrsti gelov, in sicer agarozni in poliakrilamidni. Izbira gela in priprave gela sta pomembna dejavnika, ki ju je treba upoštevati pri gelski elektroforezi, saj je treba za dobro ločevanje molekul z gelsko elektroforezo skrbno manipulirati z velikostjo por gela. Pri gelski elektroforezi je električno polje povezano z dvema koncema gela. En konec gela kaže pozitiven naboj, medtem ko je drugi konec negativno nabit.
DNA in RNA sta negativno nabiti molekuli. Ko se naložijo v gel z negativnega konca gela in nanesejo na električno polje, migrirajo skozi pore gela proti pozitivno nabitemu koncu gela. Hitrost migracije je odvisna od naboja in velikosti molekule. Manjše molekule zlahka migrirajo skozi pore gela kot večje molekule. Zato manjše molekule potujejo na dolge razdalje skozi gel, večje molekule pa na kratke razdalje. Za opazovanje potovanja molekul po gelu se uporabljajo posebne vrste barvil. Električno polje se uporablja za določeno časovno obdobje in se ustavi, da se prepreči izguba molekul in ohranijo molekule na njihovih prevoženih položajih. V gelu lahko opazimo različne trakove. Ti trakovi predstavljajo molekule različnih velikosti. Zato je gelska elektroforeza uporabna za razlikovanje molekul glede na njihovo velikost.
Gel elektroforeza je vključena v različne tehnike kot preparativna tehnika v molekularni biologiji, kot so PCR, RFLP, kloniranje, sekvenciranje DNA, Southern blotting, kartiranje genoma itd.
Slika 01: Elektroforeza v agaroznem gelu
Kaj je stran SDS?
Poliakrilamidna gelska elektroforeza z natrijevim dodecil sulfatom (Stran SDS) je vrsta gelske elektroforeze, ki se uporablja za ločevanje beljakovin. Kadar se za ločevanje beljakovin uporablja elektroforeza v gelu, so potrebne posebne obdelave, saj beljakovine niso negativno nabite kot DNA in RNA in ne migrirajo proti pozitivnemu ali negativnemu koncu. Zato so proteini denaturirani in prevlečeni z negativnim nabojem pred elektroforezo v gelu. Izvaja se z detergentom, imenovanim natrijev dodecil sulfat (SDS). Gelska elektroforeza, ki uporablja SDS in poliakrilamidni gel za nosilni medij, je znana kot SDS Page. Ta tehnika se pogosto uporablja v biokemiji, genetiki, forenziki in molekularni biologiji.
Med stranjo SDS se beljakovine mešajo s SDS. SDS razvije beljakovine v linearno obliko in jih prekrije z negativnim nabojem, sorazmernim z njihovo molekulsko maso. Zaradi negativnega naboja se proteinske molekule selijo proti koncu gela s pozitivnim nabojem in se ločijo glede na njihove molekulske mase. Na strani SDS je poliakrilamid uporabljen kot trdna podlaga za gel. Dejansko ločevanje proteinov je odvisno predvsem od lastnosti gela. Zato je treba pripravo poliakrilamidnega gela opraviti previdno in uporabiti pravilne koncentracije poliakrilamida. Poliakrilamidni geli kažejo visoko ločljivost kot agarozni geli. Zato se stran SDS šteje za tehniko visoke ločljivosti za ločevanje beljakovin.
SDS Page je vrsta denaturacijske gelske elektroforeze. Ima veliko omejitev pri analizi beljakovin. Ker SDS denaturira beljakovine pred ločevanjem, ne omogoča odkrivanja encimske aktivnosti, interakcij vezave na beljakovine, proteinskih kofaktorjev itd.
Slika 02: stran SDS
Kakšna je razlika med gelsko elektroforezo in stranjo SDS?
Gel elektroforeza proti SDS stran |
|
| Gel elektroforeza je metoda, ki se izvaja za ločevanje makromolekul z uporabo električnega polja. | Stran SDS je tehnika gelske elektroforeze z visoko ločljivostjo, ki se uporablja za ločevanje beljakovin na podlagi njihove mase. |
| Gel Run | |
| Izvaja se lahko vodoravno ali navpično. | Stran SDS vedno poteka navpično. |
| Ločitvena podlaga | |
| Ločitev poteka glede na polnjenje in velikost. | Ločevanje beljakovin poteka glede na maso in naboj. |
| Ločljivost | |
| Elektroforeza v agaroznem gelu ima nizko ločljivost, elektroforeza v poliakrilamidnem gelu pa višjo ločljivost | Stran SDS ima boljšo ločljivost. |
| Denaturacija | |
| Gel elektroforeza vključuje denaturacijske in nedenaturacijske tehnike. | Stran SDS denaturira beljakovine pred ločevanjem. |
Povzetek – gelska elektroforeza proti SDS stran
Gel elektroforeza je pogosta tehnika, ki se uporablja za ločevanje in analizo DNA, RNA in proteinov glede na njihovo velikost in naboj. Obstajata dve glavni vrsti elektroforeze v gelu, in sicer elektroforeza v agaroznem gelu in elektroforeza v poliakrilamidnem gelu. Agarozni geli se uporabljajo predvsem za ločevanje nukleinskih kislin; kadar je potrebna večja ločljivost, se uporabljajo poliakrilamidni geli. SDS Page je vrsta gelske elektroforeze, ki se običajno uporablja za ločevanje kompleksnih mešanic beljakovin. Velja za tehniko ločevanja beljakovin z visoko ločljivostjo. To je razlika med gelsko elektroforezo in stranjo SDS.
