Ključna razlika – Exome v primerjavi s sekvenciranjem RNA
Sekvenciranje nukleinske kisline je tehnika, ki določa vrstni red nukleotidov v določenem fragmentu DNK ali RNK organizma. Sekvenciranje je pomembno pri prepoznavanju sestave celice DNA in RNA in razlikovanju nekaterih genov, ki kodirajo funkcionalne beljakovine; tako lahko sekvenciranje uporabimo za razumevanje mutacij teh genov in izražanja genov. Metoda sekvenciranja po Sangerju ali naprednejše metode sekvenciranja naslednje generacije so metode sekvenciranja, ki se običajno uporabljajo. Sekvenciranje eksomov je sekvenciranje celotnega nabora eksonov ali kodirnih regij DNA, ki so prisotne v organizmu, medtem ko je sekvenciranje RNA postopek sekvenciranja ribonukleinskih kislin (RNA). To je ključna razlika med sekvenciranjem exome in RNA.
Kaj je Exome Sequencing?
Exome je podmnožica genoma, ki je sestavljena iz kodirnih genov določenega organizma. Kodirni geni so poimenovani kot eksoni in se prepišejo v mRNA ter nato prevedejo v aminokislinska zaporedja. Med posttranskripcijskimi modifikacijami mehanizem spajanja RNA pri evkariontih odstrani introne (nekodirajoče regije), eksoni pa ostanejo. Obstajata dve glavni tehniki, s katerimi se izvaja sekvenciranje eksomov: na podlagi rešitve in na podlagi polja.
Pri sekvenciranju eksomov, ki temelji na raztopini, so vzorci DNK fragmentirani z uporabo restrikcijskih encimov ali mehanske metode in denaturirani s toploto. Pri tej tehniki se biotinilirane oligonukleotidne sonde (vabe) uporabljajo za selektivno hibridizacijo s ciljnimi regijami v genomu. Za fazo vezave se uporabljajo magnetne kroglice streptavidina. Vezavi sledi korak pranja, kjer se nevezana in neciljana zaporedja sperejo. Vezane tarče se nato pomnožijo z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) in nato sekvencirajo s tehnikami Sangerjevega sekvenciranja ali sekvenciranja naslednje generacije.
Slika 01: Zaporedje eksomov
Metoda, ki temelji na matriki, je prav tako podobna metodi, ki temelji na raztopini, le da se fragmenti DNK zajamejo v mikro matriko, nato pa sledijo koraki vezave in pranja pred sekvenciranjem.
Exome sekvenciranje se uporablja v številnih aplikacijah, kot je genetska diagnostika bolezni, v genski terapiji, pri prepoznavanju novih genetskih markerjev, v kmetijstvu za identifikacijo različnih koristnih agronomskih lastnosti in v postopkih žlahtnjenja rastlin.
Kaj je sekvenciranje RNA?
Sekvenciranje RNK temelji na transkriptomu, ki je popolni zapis celice. Ključni cilji sekvenciranja RNA so katalogizirati vse vrste transkripta, vključno z mRNA, nekodirajočo RNA in majhno RNA, določiti transkripcijsko strukturo genov in kvantificirati nivoje izražanja vsakega transkripta med razvojem. Med sekvenciranjem RNA so za sekvenciranje sprva uporabljali tehnologije hibridizacije (ki so bile komplementarne DNA, pridobljene iz zrelih zaporedij mRNA). Trenutno se za sekvenciranje RNA uporablja natančnejša in naprednejša pretočna tehnika.
Slika 02: Sekvenciranje RNA
Pri sekvenciranju RNA se vzorec RNA, ki je lahko celotna RNA ali frakcionirana RNA, pretvori v svojo komplementarno DNA (cDNA) z uporabo reverzne transkripcije in pripravi se knjižnica cDNA. Vsak fragment cDNA je pritrjen na adapterje na obeh straneh (sekvenciranje na koncu para) ali na eni strani (sekvenciranje na enem koncu). Ta označena zaporedja so sekvencirana z uporabo Sangerjevega sekvenciranja ali naslednje generacije, kot je sekvenciranje eksomov.
Kakšne so podobnosti med Exome in sekvenciranjem RNA?
- Kratke izbrane fragmente ali celoten nabor DNK/RNK lahko uporabite za sekvenciranje Exome ali RNK.
- Zaporedni fragmenti so shranjeni v knjižnicah.
- Uporabite lahko Sangerjevo zaporedje ali zaporedje naslednje generacije.
- Obe sta metodi sekvenciranja in vitro.
- Zaporedne fragmente je mogoče določiti s fluorescentnimi oznakami.
Kakšna je razlika med sekvenciranjem Exome in RNA?
Exome proti zaporedju RNA |
|
| Sekvenciranje eksoma je sekvenciranje celotnega niza eksonov ali kodirnih regij DNK, ki so prisotne v organizmu. | RNK sekvenciranje se nanaša na postopek sekvenciranja ribonukleinskih kislin (RNA); transkriptom. |
| Začetni vzorec | |
| Genomska DNK je začetni vzorec zaporedja eksomov. | RNA je začetni vzorec sekvenciranja RNA. |
| Kompozicija | |
| To vsebuje samo kodirne regije celotne DNK, znane kot eksoni | To vsebuje RNA-mRNA / transkriptom. |
| Sekvenciranje | |
| Obstajata dve glavni metodi zaporedja eksomov; tehnologije, ki temeljijo na rešitvah in nizih. | Sekvenciranje RNA poteka s pripravo knjižnice cDNA z ekstrakcijo celotne RNA ali fragmentirane RNA. |
Povzetek – Exome vs sekvenciranje RNA
Exome je celoten nabor kodirnih regij organizma in tehnike, vključene v določanje natančnega vrstnega reda nukleotidov Exome, so znane kot sekvenciranje eksomov. Sekvenciranje RNA je tehnika, ki je vključena v določanje nukleotidnega reda RNA organizma. To je razlika med sekvenciranjem exome in RNA.
Prenesite PDF različico Exome proti RNA Sequencing
Lahko prenesete PDF različico tega članka in jo uporabite za namene brez povezave v skladu z opombo o citiranju. Prosimo, prenesite PDF različico tukaj Razlika med Exome in RNA Sequencing
