Ključna razlika med hierarhičnim sekvenciranjem in sekvenciranjem s puško celotnega genoma je, da je pri hierarhičnem sekvenciranju s puško genom pred sekvenciranjem razdeljen na večje fragmente, medtem ko je pri sekvenciranju s puško celotnega genoma celoten genom razdeljen na majhne fragmente za sekvenciranje.
Sekvenciranje je pomembna tehnika v molekularnih procesih, zlasti pri natančni identifikaciji vrst. Pravzaprav je to tehnika prepoznavanja natančnega vrstnega reda nukleotidov v genu ali genomu. Obstaja veliko tehnik za določanje zaporedja. Nekatere od teh vključujejo metodo Maxama Gilberta, metodo Sanger in avtomatizirano metodo Sanger.
Kaj je hierarhično zaporedje pušk?
Hierarchical Shotgun sekvenciranje je ena od metod zaporedja. Imenuje se tudi "sekvenciranje od zgoraj navzdol". Poleg tega je ta metoda sestavljena iz dveh korakov: prvi korak je pomnoževanje genoma, drugi korak pa je fragmentacija genoma. Pri tej metodi se genom najprej razreže na velike fragmente. Sledi kloniranje teh velikih fragmentov v različne gostitelje s pomočjo vektorjev ali umetnih kromosomov. Nato se ti rekombinantni vektorji uredijo v knjižnico. Med sekvenciranjem puške so kloni rekombinantnih vektorjev podvrženi sekvenciranju posamično. Fragmenti v klonih so podvrženi restrikcijski razgradnji, da se dodatno zmanjša velikost genoma, s čimer se podvrže sekvenciranju.
Slika 01: Hierarhično zaporedje pušk
Med hierarhičnim zaporedjem puške je treba velike kose fragmentov razporediti po vrstnem redu pred zaporedjem puške. Poteka s pomočjo molekularnih markerjev, ki se vgradijo med procesom kloniranja.
Hierarhično zaporedje šibrenic ustvari genski zemljevid nizke ločljivosti. Toda ustvari urejen zemljevid zaporedja. Zato traja dlje kot neposredno zaporedje. Celoten proces se zavleče zaradi ustvarjanja knjižnice rekombinantnih vektorjev. Je tudi delovno intenzivna tehnika. Vendar je trenutno tehnika avtomatizirana, da olajša delo.
Kaj je sekvenciranje celotnega genoma?
Sekvenciranje celotnega genoma je enostopenjski postopek sekvenciranja. V tem procesu najprej poteka striženje celotnega genoma. Po tem je vsak od teh majhnih fragmentov podvržen naključnemu zaporedju. Po zaključku sekvenciranja se izvede analiza sekvenc. Med analizo zaporedja se prekrivajoča zaporedja odstranijo in analiza ni urejen proces. Zato je sestavljanje zaporedij manj učinkovit postopek v primerjavi s hierarhičnim zaporedjem. Vendar pa je proces sekvenciranja celotnega genoma hitrejši in analiza celotnega genoma lahko poteka v enem samem primeru.
Kakšne so podobnosti med hierarhičnim in celim genomskim sekvenciranjem pušk?
- Hierarhično sekvenciranje in sekvenciranje celotnega genoma sta dva pristopa sekvenciranja.
- Oba sta podvržena Sangerjevemu sekvenciranju ali avtomatiziranim metodam Sangerjevega sekvenciranja.
- Vključeni so v sekvenciranje fragmentov DNA in RNA.
- Poleg tega sta obe metodi pomembni v molekularni diagnostiki in raziskovalne namene.
- Trenutno sta obe tehniki avtomatizirani ali računalniški.
- Obe tehniki temeljita na fragmentaciji genoma.
Kakšna je razlika med hierarhičnim in celotnim genomskim sekvenciranjem?
Hierarhično sekvenciranje šibrovke ustvari večje fragmente v primerjavi s sekvenciranjem šibrovke celotnega genoma, ki deluje z majhnimi fragmenti zaporedij. Torej, to je ključna razlika med hierarhičnim in celotnim genomskim sekvenciranjem. Poleg tega je hierarhično zaporedje puške sestavljeno iz dveh glavnih korakov, medtem ko zaporedje puške celotnega genoma temelji na enem glavnem koraku.
Poleg tega je druga razlika med hierarhičnim sekvenciranjem in sekvenciranjem s puško celotnega genoma ta, da je ločljivost višja pri zaporedju s puško s celotnim genomom v primerjavi s hierarhičnim sekvenciranjem s puško.
Spodnja infografika povzema razliko med hierarhičnim in celotnim zaporedjem genoma.
Povzetek – Hierarhično zaporedje v primerjavi s celotnim genomskim sekvenciranjem
Hierarhično sekvenciranje in sekvenciranje celotnega genoma sta dve tehniki za sekvenciranje velikih genomov. Hierarhično zaporedje puške je dvostopenjski proces zaporedja, kjer je genom razdeljen na večje fragmente. V nasprotju s tem je sekvenciranje celotnega genoma enostopenjsko sekvenciranje, kjer je genom razdeljen na majhne fragmente in neposredno sekvenciran. To je torej ključna razlika med hierarhičnim in celim genomskim zaporedjem pušk. Poleg tega se lahko tehnični vidiki med obema tehnikama razlikujejo.
