Ključna razlika med konsenznim PCR in pan PCR je v tem, da konsenzni PCR vedno cilja na ohranjene regije, medtem ko Pan PCR cilja na variabilne regije za prepoznavanje različnih sevov skupine
Verižna reakcija s polimerazo (PCR) je tehnika pomnoževanja genov, ki je sestavljena iz treh glavnih korakov, kot so denaturacija, žarjenje in podaljšanje. To se pogosto uporablja v diagnostiki in molekularni identifikaciji. Tehniki konsenzne PCR in Pan PCR temeljita na osnovnih tarčah, ki jih uporablja vsaka vrsta PCR.
Kaj je Consensus PCR?
Consensus PCR je tehnika PCR, ki cilja na ohranjeno regijo za določeno vrsto ali rod. Zato so za pomnoževanje izbrane zelo ohranjene regije. S to metodo je mogoče organizme identificirati in razlikovati na podlagi njihovega soglasja. Ta metoda identificira ohranjeno regijo za določeno vrsto. Na primer, regija 16s rRNA bakterij ostaja ohranjena regija med bakterijami. Zato je za pomnoževanje potreben samo en komplet primerjev. V večini primerov se lahko za ohranjeno regijo uporabi specifičen univerzalni primer.
Slika 01: Tehnika PCR
Z upoštevanjem konsenzne metode PCR je mogoče sklepati o karakterizaciji vrst in evolucijskih odnosih. Na podlagi učinkovitosti pomnoževanja določenega vzorčnega organizma je mogoče sklepati tudi na konsenz organizma do skupine. Poleg tega je izvajanje soglasne PCR bistvenega pomena v filogenetskih študijah. Omogoča identifikacijo vrste in interpretira odstopanje določenega organizma glede na skupnega prednika.
Kaj je Pan PCR?
Pan PCR je način multipleksiranja PCR. Pri tej tehniki se različni sevi pomnožijo z uporabo različnih tarč primerjev. Tarče pa so lahko običajne tarče za skupine sevov. Tako je pri Pan PCR mogoče uporabiti več kot dva kompleta primerjev naenkrat. Poteka lahko v enocevni reakcijski metodi ali kot večcevna reakcijska metoda. Pan PCR je zamudnejši in bolj zapleten v primerjavi s konsenzno PCR. Zaradi tega razloga je lahko interpretacija rezultatov PCR bolj zapletena pri Pan PCR.
Glavna uporaba Pan PCR je v molekularni diagnostiki. Omogoča razlikovanje med različnimi sevi vrste s ciljnim pomnoževanjem. Pan PCR je idealna tehnika za identifikacijo različnih sevov posamezne vrste, ki povzročajo bolezen. V večini primerov je avtomatizacija tehnik Pan PCR za različna zdravstvena stanja zelo pomembna ter je zanesljiva in zelo učinkovita tehnika.
Kakšne so podobnosti med Consensus PCR in Pan PCR?
- Consensus PCR in Pan PCR sta dve vrsti tehnik PCR.
- Oba postopka sledita splošnemu postopku v treh korakih – denaturacija, žarjenje in podaljšanje.
- Uporabljajo primerke, ki so specifični za cilj.
- Obe reakciji potekata v termociklerju.
- Te reakcije so lahko avtomatizirane.
- Oboje je mogoče uporabiti v molekularni diagnostiki in identifikaciji; vendar se natančnost razlikuje.
- Ti postopki zahtevajo preverjanje.
Kakšna je razlika med Consensus PCR in Pan PCR?
Tako Consensus kot Pan PCR sledita istemu rutinskemu postopku. Vendar ključna razlika med soglasno PCR in Pan PCR temelji na začetnih ciljih, ki jih uporablja vsak postopek. Medtem ko konsenzni PCR vedno cilja na ohranjene regije, Pan PCR cilja na variabilne regije za identifikacijo različnih sevov skupine. Zaradi te razlike se razlikujejo protokoli za načrtovanje primerjev, število uporabljenih nizov primerjev in specifične aplikacije.
Spodnja infografika povzema razliko med Consensus PCR in Pan PCR.
Povzetek – Consensus PCR vs Pan PCR
PCR, ki ga je predstavil Mulli, igra pomembno revolucionarno vlogo v aplikacijah molekularne biologije. Consensus in Pan PCR sta dve vrsti PCR, ki temeljita na njihovih primarnih ciljnih regijah. Medtem ko soglasni PCR cilja na ohranjene regije, Pan PCR cilja na variabilne regije in ima pomembno vlogo pri identifikaciji seva. Zaradi te osnovne razlike med konsenzno PCR in Pan PCR se specifične funkcije vsake vrste PCR razlikujejo tudi od filogenetske analize do molekularne karakterizacije do molekularne diagnostike.
