Ključna razlika med gvanidin tiocianatom in gvanidinijevim kloridom je v tem, da je gvanidin tiocianat močnejši proteinski denaturant, ki se pogosteje uporablja pri izolaciji RNK, medtem ko je gvanidin hidroklorid šibkejši proteinski denaturant, ki se manj pogosto uporablja pri izolaciji RNK.
Denaturacija je proces, v katerem proteini izgubijo svojo kvartarno strukturo, terciarno strukturo in sekundarno strukturo, ki je običajno prisotna v njihovem naravnem stanju. To lahko storimo z uporabo nekaterih zunanjih obremenitev ali spojin, kot je močna kislina ali baza, koncentrirana anorganska sol, organsko topilo (alkohol, kloroform), mešanjem, sevanjem ali toploto. Gvanidin tiocianat in gvanidin hidroklorid sta dve različni vrsti beljakovinskih denaturantov.
Kaj je gvanidin tiocianat?
Gvanidin tiocianat (GTC) je močnejše sredstvo za denaturacijo beljakovin, ki se pogosteje uporablja pri izolaciji RNK. Znan je tudi kot gvanidinijev izotiocianat (GITC). Ker je kaotropno sredstvo, je kemična spojina, ki se rutinsko uporablja kot splošno denaturant beljakovin. Kaotropno sredstvo je molekula v vodni raztopini, ki lahko prekine mrežo vodikovih vezi med molekulami vode. To vpliva na stabilnost naravnega stanja drugih molekul v raztopini, kot so makromolekule, kot so proteini in nukleinske kisline, tako da oslabi hidrofobni učinek. Kaotropna sredstva, kot je gvanidin tiocianat, zmanjšajo količino reda v strukturi beljakovin, ki jih tvorijo vodne molekule tako v razsutem stanju kot v hidratacijskih lupinah okoli hidrofobnih aminokislin. To lahko povzroči denaturacijo beljakovin.
Gvanidin tiocianat se lahko uporablja za deaktivacijo virusov, kot je gripa, ki povzroča bolezni, kot je španska gripa leta 1918. Zato se lahko uporablja v medicinskih ali bolnišničnih ustanovah. Poleg tega se gvanidin tiocianat uporablja tudi za lizo celic in virusnih delcev pri ekstrakcijah RNK in DNK. Tukaj je funkcija gvanidin tiocianata pomagati pri delovanju lizira in preprečiti aktivnost encimov RNaze in encimov DNaze z denaturacijo. Ti encimi bi drugače poškodovali izvleček (RNK ali DNK).
Kaj je gvanidin hidroklorid?
Gvanidin hidroklorid (GdnHCl) je šibkejši proteinski denaturant, ki se redkeje uporablja pri izolaciji RNK. Znan je tudi kot gvanidinijev klorid (GdmCl). Je hidrokloridna sol gvanidina. Gvanidinijev klorid je kaotropen in eden od denaturantov, ki se uporablja v fizikalno-kemijskih študijah zvijanja beljakovin.
Slika 01: Gvanidin hidroklorid
Gvanidinijev klorid ima tudi sposobnost zmanjšanja aktivnosti encimov in povečanja topnosti hidrofobnih molekul. Običajno pri višjih koncentracijah gvanidinijevega klorida beljakovine izgubijo svojo urejeno strukturo. Proteini se pri tej koncentraciji gvanidinijevega klorida nagibajo k naključnemu zvijanju. V medicinskih ali bolnišničnih ustanovah je gvanidinijev klorid indiciran za zmanjšanje simptomov mišične oslabelosti in lahke utrujenosti, povezanih z boleznijo Eaton-Lambertov sindrom. Poleg tega lahko stranski učinki uporabe gvanidinijevega klorida vključujejo perist altiko, drisko in usodno zatiranje kostnega mozga.
Kakšne so podobnosti med gvanidin tiocianatom in gvanidinijevim kloridom?
- Gvanidin tiocianat in gvanidin hidroklorid sta dve različni vrsti beljakovinskih denaturantov.
- Oba denaturanta imata v svoji strukturi gvanidin.
- So kaotropni agenti.
- Oba denaturanta se lahko uporabita za izolacijo RNA.
- Oboje se uporablja v medicinskih ali bolnišničnih okoljih.
Kakšna je razlika med gvanidin tiocianatom in gvanidinijevim kloridom?
Gvanidin tiocianat je močnejši proteinski denaturant, ki se pogosteje uporablja pri izolaciji RNA, medtem ko je gvanidin hidroklorid šibkejši proteinski denaturant, ki se manj pogosto uporablja pri izolaciji RNA. To je torej ključna razlika med gvanidin tiocianatom in gvanidinijevim kloridom. Poleg tega je kemijska formula gvanidin tiocianata C2H6N4S, medtem ko je kemijska formula gvanidinijevega klorida je CH5N3HCl.
Spodnja infografika predstavlja razlike med gvanidin tiocianatom in gvanidinijevim kloridom v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – gvanidin tiocianat proti gvanidin hidrokloridu
Gvanidin tiocianat in gvanidin hidroklorid sta dve različni vrsti beljakovinskih denaturantov. Oba denaturanta sta kaotropa. Gvanidinijev tiocianat je močnejši proteinski denaturant, ki se pogosteje uporablja pri izolaciji RNK, medtem ko je gvanidin hidroklorid šibkejši proteinski denaturant, ki se manj pogosto uporablja pri izolaciji RNK. Torej, to povzema razliko med gvanidin tiocianatom in gvanidinijevim kloridom.
