Ključna razlika med elektroforezo v agaroznem in poliakrilamidnem gelu je, da elektroforeza v agaroznem gelu uporablja vodoravno vlite agarozne gele za ločevanje sorazmerno večjih fragmentov DNK, medtem ko elektroforeza v poliakrilamidnem gelu uporablja navpično vlite poliakrilamidne gele za ločevanje krajših fragmentov nukleinske kisline.
Elektroforeza je vrsta tehnike, ki uporablja električno polje, uporabljeno čez matriko gela, za ločevanje biomolekul, kot so DNA, RNA in proteini. To ločevanje biomolekul, kot so DNA, RNA in proteini z elektroforezo, temelji na naboju in velikosti. Vzorce naložimo v jamice gela. Kasneje se električno polje uporabi čez gel. Polje povzroči, da se negativno nabite molekule premikajo proti pozitivni elektrodi. Matrica gela deluje kot molekularno sito, skozi katerega najmanjše molekule prehajajo ali potujejo hitro, medtem ko se večje molekule premikajo počasi. To omogoča ločevanje molekul glede na naboj in velikost. Zato sta elektroforeza v agaroznem in poliakrilamidnem gelu dve vrsti tehnik elektroforeze v gelu, ki v glavnem pomagata ločiti molekule glede na njihovo velikost in naboj.
Kaj je elektroforeza v agaroznem gelu?
Elektroforeza v agaroznem gelu je tehnika, ki uporablja agarozne gele za ločevanje biomolekul, kot sta DNA in RNA. To je tehnika, ki se uporablja za ločevanje nukleinskih kislin predvsem po velikosti. Glavna spojina, imenovana agaroza, ki se uporablja v tej tehniki, je polisaharid. Prihaja iz morskih alg. Agarozo lahko raztopite v vrelnem pufru in jo nato vlijete v pladenj, ki ga postavite vodoravno. V pladnju se strdi, ko se ohladi in oblikuje ploščo. Agarozne gele vlijemo z glavnikom, da naredimo jamice, v katere naložimo nukleinske kisline, kot sta DNK ali RNK, ko se gel strdi.
Slika 01: Elektroforeza v agaroznem gelu
Gel se kasneje potopi v ustrezen pufer in skozi gel teče tok. DNK ima enakomeren negativni naboj, ki je neodvisen od zaporedne sestave molekule. Zato bodo molekule DNK migrirale od katode (-) proti anodi (+). Hitrost migracije je neposredno odvisna od velikosti molekule. Največje makromolekule najtežje krmarijo skozi gel. Po drugi strani pa manjše makromolekule hitro in zlahka zdrsnejo skozi gel.
Kaj je elektroforeza s poliakrilamidnim gelom?
Poliakrilamidna gelska elektroforeza (PAGE) je tehnika, ki uporablja poliakrilamidne gele za ločevanje biomolekul. To je tehnika, ki se pogosto uporablja za ločevanje bioloških makromolekul, običajno proteinov in nukleinskih kislin, glede na njihovo elektroforetično mobilnost. Hidracija akrilonitrila povzroči tvorbo molekul akrilamida z nitril hidratazo. Akrilamid je topen v vodi, po dodatku iniciatorjev prostih radikalov pa polimerizira akrilamid, kar povzroči nastanek poliakrilamidnega gela. Običajno povečane koncentracije akrilamida povzročijo zmanjšano velikost por v gelu. Poliakrilamidne gele vlijemo navpično, za razliko od agaroznih gelov.
Slika 02: Elektroforeza v poliakrilamidnem gelu
Pri elektroforezi v poliakrilamidnem gelu lahko molekule tečejo v svojem naravnem stanju, pri čemer se ohrani struktura molekul višjega reda. Ta metoda se imenuje native PAGE. Alternativno lahko dodamo tudi kemični denaturant, da odstranimo strukturo višjega reda in spremenimo molekulo v nestrukturirano molekulo, katere mobilnost je odvisna le od njene dolžine. Ta vrsta se imenuje SDS-PAGE.
Kakšne so podobnosti med elektroforezo v agaroznem in poliakrilamidnem gelu?
- Elektroforeza v agaroznem in poliakrilamidnem gelu sta dve vrsti tehnik elektroforeze v gelu.
- Pravzaprav gre za molekularno biološke tehnike.
- Obe tehniki se uporabljata za odkrivanje bioloških makromolekul, kot so DNK in proteini.
- Te tehnike izvajajo usposobljeni tehniki ali raziskovalci.
- Pri obeh tehnikah ločevanje makromolekul temelji na naboju in velikosti.
- Obe tehniki omogočata ločevanje nukleinskih kislin, kot sta DNA in RNA.
Kakšna je razlika med elektroforezo v agaroznem in poliakrilamidnem gelu?
Elektroforeza v agaroznem gelu je tehnika, ki uporablja vodoravno vlite agarozne gele za ločevanje biomolekul, medtem ko je elektroforeza v poliakrilamidnem gelu tehnika, ki uporablja navpično vlite poliakrilamidne gele za ločevanje biomolekul. To je ključna razlika med elektroforezo v agaroznem in poliakrilamidnem gelu. Poleg tega se elektroforeza v agaroznem gelu uporablja za ločevanje DNA in RNA, medtem ko se elektroforeza v poliakrilamidnem gelu uporablja za ločevanje nukleinskih kislin, kot so DNA, RNA ali proteini.
Naslednja tabela povzema razlike med elektroforezo v agaroznem in poliakrilamidnem gelu.
Povzetek – elektroforeza v agaroznem gelu proti poliakrilamidnemu gelu
Agarozna in poliakrilamidna gelska elektroforeza sta dve vrsti tehnik gelske elektroforeze, ki se uporabljata v laboratorijih za molekularno biologijo. Elektroforeza v agaroznem gelu uporablja agarozni gel za ločevanje biomolekul. Agaroza na splošno ni strupena za ljudi, medtem ko je poliakrilamid strupen za ljudi. Poleg tega elektroforeza v agaroznem gelu kaže nizko ločljivost, medtem ko elektroforeza v poliakrilamidnem gelu kaže večjo ločljivost. Elektroforeza s poliakrilamidnim gelom uporablja poliakrilamidni gel za ločevanje biomolekul. To povzema razliko med elektroforezo v agaroznem in poliakrilamidnem gelu
