Ključna razlika – Alpha Helix proti Beta Pleated Sheet
Alfa spirale in beta nagubane plošče sta najpogosteje najdeni sekundarni strukturi v polipeptidni verigi. Ti dve strukturni komponenti sta prva glavna koraka v procesu zvijanja polipeptidne verige. Ključna razlika med Alpha Helix in Beta Pleated Sheet je v njuni strukturi; imajo dve različni obliki za opravljanje določenega dela.
Kaj je Alpha Helix?
Alfa vijačnica je desnosučni zvit aminokislinskih ostankov na polipeptidni verigi. Razpon aminokislinskih ostankov se lahko spreminja od 4 do 40 ostankov. Vodikove vezi, ki nastanejo med kisikom skupine C=O na zgornji tuljavi in vodikom skupine N-H spodnje tuljave, pomagajo držati tuljavo skupaj. Vodikova vez se tvori na vsake štiri aminokislinske ostanke v verigi na zgornji način. Ta enoten vzorec mu daje določene značilnosti, kot je debelina tuljave, in narekuje dolžino vsakega celotnega obrata vzdolž osi vijačnice. Stabilnost strukture alfa vijačnice je odvisna od več dejavnikov.
Atomi O v rdeči barvi, atomi N v modri barvi in vodikove vezi kot zelene pikčaste črte
Kaj je beta nagubana rjuha?
Beta naguban list, znan tudi kot beta list, velja za drugo obliko sekundarne strukture v beljakovinah. Vsebuje beta niti, ki so bočno povezane z najmanj dvema ali tremi hrbteničnimi vodikovimi vezmi, da tvorijo zvit, naguban list, kot je prikazano na sliki. Beta veriga je odsek polipeptidne verige; njegova dolžina je običajno enaka 3 do 10 aminokislinam, vključno z ogrodjem v razširjeni potrditvi.
4-verižni antiparalelni fragment β lista iz kristalne strukture encima katalaze.
a), ki prikazuje antiparalelne vodikove vezi (črtkane) med peptidnimi skupinami NH in CO na sosednjih verigah. Puščice kažejo smer verige, konture elektronske gostote pa označujejo ne-H atome. Atomi O so rdeče kroglice, atomi N so modre, atomi H pa so zaradi poenostavitve izpuščeni; stranske verige so prikazane samo do prvega C atoma stranske verige (zeleno)
b) Pogled od roba osrednjih dveh β pramenov
V beta nagubanih ploščah potekajo polipeptidne verige druga ob drugi. Zaradi valovitega videza strukture dobi ime "nagubana plošča". Med seboj so povezani z vodikovimi vezmi. Ta struktura omogoča tvorbo več vodikovih vezi z raztezanjem polipeptidne verige.
Kakšna je razlika med Alpha Helix in Beta Pleated Sheet?
Struktura Alpha Helix in Beta nagubane pločevine
Alpha Helix:
V tej strukturi je polipeptidno ogrodje tesno povezano okoli namišljene osi kot spiralna struktura. Znana je tudi kot helikoidna razporeditev peptidne verige.
Tvorba strukture alfa vijačnice se zgodi, ko so polipeptidne verige zavite v spiralo. To omogoča, da vse aminokisline v verigi tvorijo vodikove vezi (vez med molekulo kisika in molekulo vodika) med seboj. Vodikove vezi omogočajo, da vijačnica zadrži spiralno obliko in daje tesno zvitje. Zaradi te spiralne oblike je alfa vijačnica zelo močna.
Vodikove vezi so označene z rumenimi pikami.
Beta nagubana rjuha:
Ko se dva ali več fragmentov polipeptidne verige prekrivata drug z drugim in med seboj tvorita vrsto vodikovih vezi, lahko najdemo naslednje strukture. Lahko se zgodi na dva načina; vzporedna razporeditev in protivzporedna razporeditev.
Primeri strukture:
Alfa vijačnica: Nohti na rokah ali nogah lahko vzamemo kot primer strukture alfa vijačnice.
Beta nagubana rjuha: Struktura perja je podobna strukturi beta nagubane rjuhe.
Značilnosti strukture:
Alfa vijačnica: V strukturi alfa vijačnice je 3,6 aminokislin na zavoj vijačnice. Vse peptidne vezi so trans in planarne, skupine N-H v peptidnih vezeh pa kažejo v isto smer, ki je približno vzporedna z osjo vijačnice. Skupine C=O vseh peptidnih vezi kažejo v nasprotni smeri in so vzporedne z osjo vijačnice. Skupina C=O vsake peptidne vezi je vezana na skupino N-H peptidne vezi in tvori vodikovo vez. Vse skupine R so usmerjene navzven od vijačnice.
Beta nagubana plošča: Vsaka peptidna vez v beta nagubani plošči je ravna in ima trans-konformacijo. Skupini C=O in N-H peptidnih vezi iz sosednjih verig sta v isti ravnini in usmerjeni druga proti drugi ter med seboj tvorita vodikovo vez. Vse skupine R v kateri koli verigi se lahko izmenično pojavljajo nad in pod ravnino lista.
Definicije:
Sekundarna struktura: je oblika zvitega proteina zaradi vodikove vezi med njegovimi amidnimi in karbonilnimi skupinami.
