Ključna razlika med motivom in domeno je, da motiv ni neodvisno stabilen, medtem ko je domena neodvisno stabilna.
Beljakovine so pomembne biološke makromolekule, prisotne v našem telesu. Po drugi strani pa bo genetska koda gena določila aminokislinsko zaporedje beljakovine. Poleg tega imajo beljakovine primarno, sekundarno in terciarno strukturo. Primarna struktura je aminokislinsko zaporedje polipeptidne verige. Ko se polipeptidne verige med seboj zložijo, tvorijo sekundarno strukturo proteina. Med sekundarne strukture spadajo alfa vijačnice, beta plošče in super-sekundarne strukture. Določene skupine super-sekundarnih elementov so znane kot proteinski motivi. Terciarna struktura proteina se nanaša na njegovo tridimenzionalno strukturo, ki odloča o funkciji proteina. Domena je prepognjen odsek proteinske molekule, ki je kroglast in ima diskretno funkcijo. Je temeljna funkcionalna in tridimenzionalna struktura proteina.
Kaj je motiv?
Motiv je določena skupina super sekundarnih elementov proteinov, kot so alfa vijačnice in beta strukture. So neke vrste vzorci, prisotni v različnih beljakovinah. Motivi opisujejo vzorce zlaganja sekundarnih strukturnih elementov in njihove interakcije. Ti zgibni vzorci se stabilizirajo s podobnimi povezavami, ki so prisotne v terciarnih strukturah. Vendar pa niso tako zapletene kot terciarne strukture.
Slika 01: Motiv
So preproste kombinacije sekundarnih struktur beljakovin. Motiv sam po sebi ni stabilen. Poleg tega motivi pojasnjujejo strukturo proteina, vendar ne napovedujejo delovanja proteina. Primeri proteinskih motivov so motiv beta-alfa-beta, motiv grškega ključa, beta sod, motiv beta-meandra itd.
Kaj je domena?
Domena je osnovna, funkcionalna in tridimenzionalna enota proteina. Izvaja določeno funkcijo. En protein ima lahko več različnih domen. Vsaka domena je samostojna enota. Je kroglasta struktura. Odgovoren je za določeno funkcijo ali interakcijo. Domene lahko uporabimo za domnevo o funkciji neopredeljenega proteina. Pri analizi proteina je to bistveno upoštevati, saj so domene funkcionalne enote proteina.
Slika 02: Tri različne domene piruvat kinaze
Domene so zelo stabilne in kompaktne strukture. Z lahkoto jih je mogoče ločiti od drugih regij. Piruvat kinaza ima tri ločene domene, kot je prikazano na sliki 02. Dolžina domene se lahko spreminja in povprečna dolžina je 100 aminokislin. Vsaka domena vsebuje hidrofobno jedro, zgrajeno iz sekundarnih strukturnih enot. Več domen skupaj sestavlja terciarno strukturo proteina.
Kakšne so podobnosti med motivom in domeno?
- Motiv in domena sta enoti, ki sta prisotni v samih beljakovinskih molekulah.
- Uporabni so pri razvrščanju beljakovinskih družin.
Kakšna je razlika med motivom in domeno?
Motiv je določena skupina super sekundarnih elementov proteinov, kot so alfa spirale in beta strukture, medtem ko je domena funkcionalna enota proteina. Poleg tega je motiv sekundarna struktura, medtem ko je domena odgovorna za terciarno strukturo proteina. Poleg tega je domena za razliko od motiva samostojna enota. Prav tako domena prikazuje funkcijo proteina, medtem ko motiv ne prikazuje. To so glavne razlike med motivom in domeno. Spodnja infografika prikazuje razliko med motivom in domeno v obliki tabele.
Povzetek – Motiv proti domeni
Motiv je razporeditev sekundarnih struktur beljakovinske molekule. Za razliko od domene sam po sebi običajno ni stabilen. Domena je neodvisno stabilna struktura proteina. Zato je lahko del ali celotna beljakovinska molekula. Je tridimenzionalna temeljna funkcionalna enota proteina. Poleg tega ima funkcijo in je neodvisna enota. Motiv je lahko del domene. Domena pa ne more biti del motiva. To je razlika med motivom in domeno.
