Ključna razlika med proteinsko podenoto in domeno je, da je proteinska podenota ločena polipeptidna veriga proteina, ki se združuje z drugimi polipeptidnimi verigami, da tvori proteinski kompleks, medtem ko je proteinska domena sosednja regija polipeptidne verige. proteina, ki se pogosto neodvisno zvije v kompaktno, lokalno in pol neodvisno enoto.
Proteinska podenota in domena sta zelo pomembna dela multimernega proteina. Beljakovine so polimeri, narejeni iz polipeptidov. Vsaka polipeptidna veriga je zgrajena iz monomera, znanega kot aminokislina. Kompleksen protein vsebuje različne strukturne enote, kot so podenote, domene, motiv in guba. Te strukturne enote kompleksnega proteina so izjemno pomembne za njegovo strukturo in navsezadnje za njegovo funkcijo.
Kaj je beljakovinska podenota?
Proteinska podenota je ločena polipeptidna veriga proteina, ki se združuje z drugimi polipeptidnimi verigami in tvori proteinski kompleks. V strukturni biologiji je beljakovinska podenota ena sama proteinska molekula, ki se skupaj z drugimi beljakovinskimi molekulami sestavi v proteinski kompleks. Naravno prisotne beljakovine imajo razmeroma majhno število podenot, kot sta hemoglobin in DNA polimeraza. Zato se imenujejo oligomerni. Druge beljakovine so sestavljene iz velikega števila podenot, zato jih opisujemo kot multimerne. Na primer, mikrotubuli in drugi proteini citoskeleta so multimerni. Podenote multimernega proteina so lahko enake (homologne) ali popolnoma različne (heterologne).
Slika 01: Proteinska podenota
V nekaterih multimernih proteinih je lahko ena podenota katalitična podenota. Po drugi strani pa je druga regulatorna podenota. Funkcija katalitične podenote je kataliziranje encimske reakcije, medtem ko je funkcija regulatorne podenote olajšanje ali zaviranje njene aktivnosti. Encim, ki je sestavljen iz katalitičnih in regulatornih podenot, se običajno imenuje holoencim. Na primer, fosfoinozitid 3-kinaza encima I. razreda ima katalitično podenoto p110 in regulatorno podenoto p85. Poleg tega mora imeti beljakovina en gen za vsako podenoto. To je zato, ker je podenota sestavljena iz ločene polipeptidne verige, ki ima en kodirni gen.
Kaj je proteinska domena?
Proteinska domena je sosednja regija polipeptidne verige beljakovine, ki se pogosto neodvisno zvije v kompaktne, lokalne in pol-neodvisne enote. Domena proteina je znana tudi kot regija polipeptidne verige beljakovin, ki se samostabilizira in zvija neodvisno od ostalih. So posebna strukturna in funkcionalna enota v beljakovini. Običajno so domene odgovorne za specifično funkcijo ali interakcijo, ki prispeva k splošni vlogi proteina. Na primer, domena SH3 je okoli 50 aminokislinskih ostankov. Pojavljajo se v različnih vrstah proteinov, vključno z adapterskimi proteini, fosfatidilinozitol3-kinazami, fosfolipazami in miozini. Te domene SH3 so vključene v interakcije protein-protein.
Slika 02: Proteinske domene
Domene so različno dolge od 50 aminokislin do 250 aminokislin. Najkrajše domene, kot je cinkov prst, so stabilizirane s kovinskimi ioni in disulfidnimi mostovi. Domena pogosto proizvaja funkcionalne enote, kot je EF-ročna domena kalmodulina, ki veže kalcij. Poleg tega je mogoče z genskim inženiringom zamenjati domene med enim proteinom za drugim, da nastanejo himerni proteini.
Kakšne so podobnosti med beljakovinsko podenoto in domeno?
- Proteinska podenota in domena sta strukturni enoti multimernega proteina.
- Obe sta sestavljeni iz aminokislin.
- Povezani so s pojmom “polipeptidna veriga”.
- Poleg tega sta oba izjemno pomembna za celotno delovanje beljakovin.
Kakšna je razlika med proteinsko podenoto in domeno?
Proteinska podenota je ločena polipeptidna veriga proteina, ki se združuje z drugimi polipeptidnimi verigami in tvori proteinski kompleks. Po drugi strani pa je proteinska domena sosednja regija polipeptidne verige beljakovine, ki se pogosto neodvisno zvije v kompaktne, lokalne in pol-neodvisne enote. Torej, to je ključna razlika med beljakovinsko podenoto in domeno. Poleg tega je beljakovinska podenota večja od beljakovinske domene.
Naslednja tabela povzema razlike med proteinsko podenoto in domeno v obliki tabele.
Povzetek – Proteinska podenota proti domeni
Gradniki beljakovin so aminokisline. Beljakovine nastanejo s kondenzacijo aminokislin. Beljakovinske strukture so velike od deset do več tisoč aminokislin. Proteinsko strukturo stabilizirajo nekovalentne interakcije, kot so vodikove vezi, ionske vezi, Van der Waalsove sile, hidrofobne vezi in kovalentne interakcije, kot so disulfidne vezi. Kompleksen protein vsebuje različne strukturne enote, kot so podenote, domene, motiv in guba. Proteinska podenota je ločena polipeptidna veriga proteina, ki se združuje z drugimi polipeptidnimi verigami in tvori proteinski kompleks. Po drugi strani pa je proteinska domena regija polipeptidne verige beljakovin, ki se samostabilizira in zvija neodvisno od ostalih. To je torej povzetek razlike med proteinsko podenoto in domeno.
