Ključna razlika med podobnostjo in identičnostjo pri poravnavi zaporedja je, da je podobnost podobnost (podobnost) med dvema zaporedjema v primerjavi, medtem ko je identičnost število znakov, ki se natančno ujemajo med dvema različnima zaporedjema.
Bioinformatika je interdisciplinarno področje znanosti, ki vključuje predvsem molekularno biologijo in genetiko, računalništvo, matematiko in statistiko. Usklajevanje zaporedij je pomemben izraz v bioinformatiki. To je postopek, pri katerem so zaporedja DNA, RNA ali proteina urejena tako, da identificirajo regije podobnosti, ki so posledica funkcionalnega, strukturnega ali evolucijskega razmerja med zaporedji. Na koncu poravnave bodo predstavljeni kot vrstice znotraj matrike. Za poravnavo enakih znakov v zaporednih barvah so med ostanki vstavljeni presledki.
Kaj je podobnost?
Podobnost pri poravnavi zaporedja je podobnost med dvema zaporedjema pri primerjavi. To dejstvo je odvisno od identitete sekvenc. Podobnost kaže, v kolikšni meri so ostanki poravnani. Zato imajo podobna zaporedja podobne lastnosti. V bioinformatiki je podobnost orodje za ocenjevanje podobnosti med dvema proteinoma.
Slika 01: Podobnost v poravnavi zaporedja
Obstajata dva glavna koraka postopka poravnave zaporedja. Začetni korak je poravnava po parih, ki pomaga najti optimalno poravnavo med dvema zaporedjema (vključno z vrzelmi) z uporabo algoritmov, kot so BLAST, FastA in LALIGN. Algoritem za ujemanje najde najmanjše število operacij urejanja; in-delov in substitucij, da bi eno zaporedje poravnali z drugim zaporedjem. Po poravnavi po parih je potrebno pridobiti dva kvantitativna parametra iz vsake primerjave po parih. So istovetnost in podobnost.
Kaj je identiteta?
Identiteta pri poravnavi zaporedja je število znakov, ki se natančno ujemajo med dvema različnima zaporedjema. Zato vrzeli pri ocenjevanju identitete ne štejejo. Šteje se, da je meritev povezana s krajšim zaporedjem med obema zaporedjema. Bistveno pomeni, da ima učinek tam, kjer identiteta zaporedja ni tranzitivna. Če je X=Y in Y=Z, potem X ni nujno enak Z. To je izpeljano v smislu mere identitetne razdalje.
Slika 02: Identiteta v poravnavi zaporedja
Na primer, X ima zaporedje AAGGCTT, Y ima zaporedje AAGGC in Z ima zaporedje AAGGCAT. Identiteta med X in Y je 100 % {5 identičnih nukleotidov / min[dolžina(X), dolžina(Y)]}. Identiteta med Y in Z je tudi 100 %. Vendar je istovetnost med X in Z samo 85 % {(6 enakih nukleotidov / 7)}.
Kakšne so podobnosti med podobnostjo in istovetnostjo pri poravnavi zaporedja?
- Podobnost in istovetnost sta izraza, ki ju uporabljamo pri poravnavi zaporedja.
- Prav tako se nanašajo na podobnost med obema zaporedjema.
- Poleg tega jih izražamo kot odstotno vrednost.
Kakšna je razlika med podobnostjo in istovetnostjo pri poravnavi zaporedja?
Podobnost v poravnavi pove podobnost med dvema zaporedjema pri primerjavi, medtem ko istovetnost v poravnavi zaporedja pove količino znakov, ki se natančno ujemajo med dvema različnima zaporedjema. Zato je to ključna razlika med podobnostjo in istovetnostjo pri poravnavi zaporedja.
Povzetek – Podobnost proti istovetnosti pri poravnavi zaporedja
Poravnava zaporedij pomaga identificirati regije podobnosti v DNK, RNK ali beljakovinah, ki so posledica funkcionalnega, strukturnega ali evolucijskega razmerja med zaporedji. Zato sta podobnost in identiteta dva ključna izraza v kontekstu poravnave zaporedja. Ključna razlika med tema izrazoma je, da je podobnost podobnost med dvema zaporedjema v primerjavi, medtem ko je identiteta število znakov, ki se natančno ujemajo med dvema različnima zaporedjema. To je torej povzetek razlike med podobnostjo in identičnostjo pri poravnavi zaporedja.
