Ključna razlika med primerjem in promotorjem je, da je primer komercialno sintetizirano kratko zaporedje DNA, ki se uporablja v PCR za pomnoževanje ciljnega zaporedja DNA, medtem ko je promotor specifično zaporedje DNA, ki zagotavlja varno začetno vezavno mesto za RNA polimeraza in transkripcijski faktorji za sprožitev transkripcije.
Primer in promotor sta dve vrsti zaporedja DNK. Primer je majhen fragment DNK, potreben za verižno reakcijo s polimerazo (PCR). Ima kratke nukleotidne sekvence, ki so komplementarne bočnemu koncu verige DNA. Obstajata dve vrsti primerjev in delujeta kot izhodišča za sintezo novih verig DNK. Nasprotno pa je promotor specifično zaporedje DNA, ki se nahaja navzgor od mesta iniciacije transkripcije gena. Neposredno sodeluje s komponentami transkripcijskega mehanizma, kot so RNA polimeraza in transkripcijski faktorji, da nadzoruje transkripcijo DNA. Zato se RNA polimeraza in drugi transkripcijski faktorji vežejo na promotorsko sekvenco in sprožijo transkripcijo.
Kaj je Primer?
Primerji so kratka zaporedja DNA, oblikovana za pomnoževanje ciljnih zaporedij DNA. Strukturno imajo kratke nukleotidne sekvence, ki so komplementarne bočnim koncem dvojnih verig DNK. Običajno so dolgi približno 20 nukleotidov. Med PCR polimeraza Taq katalizira dodajanje nukleotidov v že obstoječe nukleotidno zaporedje. Zato služijo primerji kot izhodišča za sintezo novih pramenov. Polimeraza Taq deluje le v smeri od 5' do 3'. Zato tudi sinteza DNK poteka v isti smeri 5' do 3'. Ker je DNA dvoverižna, sta v PCR potrebni dve vrsti primerjev. Znana sta kot prednji začetni in povratni začetni primer, ki temeljita na smeri raztezanja začetnih začetnikov med sintezo DNA.
Slika 01: Primerji
Napredni primer se segreje s protismiselno verigo DNK in sproži sintezo + verige gena v smeri 5' do 3'. Ima kratko nukleotidno zaporedje, ki je komplementarno 3'-bočnemu koncu protismiselne verige. Reverzni primer se prižge s smiselno verigo in sproži sintezo komplementarne verige kodirne verige, ki je – veriga gena v smeri 5' proti 3'. Tako je reverzni temeljni premaz zasnovan komplementarno 3' koncu kodirne verige. Tako povratni kot naprej primerji so pomembni za proizvodnjo milijonov do milijard kopij določenih regij DNK, ki so ciljne ali zainteresirane.
Kaj je promotor?
Promotor je zaporedje DNA, ki se nahaja navzgor ali na 5' koncu mesta iniciacije transkripcije gena. Zagotavlja vezavno mesto za RNA polimerazo in nekatere regulatorne elemente, da se sproži prepis gena. To je regulativno zaporedje, potrebno za vklop ali izklop gena. V promotorju je določeno nukleotidno zaporedje. Lahko ima 100–1000 baznih parov. Promotor prikazuje smer transkripcije. Poleg tega označuje smiselno verigo, ki jo je treba prepisati.
Slika 02: Promotor gena
Obstajajo tri vrste promotorskih elementov kot jedrni promotor, proksimalni promotor in distalni promotor. Jedrni promotor je minimalni del promotorja, ki je potreben za začetek transkripcije. Nahaja se najbolj proksimalno od začetnega kodona. TATA box je ohranjena regija, ki jo najdemo v številnih promotorjih evkariontskega jedra. Najdemo ga 25 do 35 baznih parov navzgor od mesta začetka transkripcije. Proksimalni promotor se nahaja višje od jedrnega promotorja. Na splošno se nahaja 250 baznih parov navzgor od začetnega kodona in vsebuje primarne regulatorne elemente. Distalni promotor se nahaja pred proksimalnim promotorjem in vsebuje dodatne regulatorne elemente. Bakterijski promotorji imajo v svojih promotorjih dva elementa kratkega zaporedja. TATAAT je konsenzno zaporedje, ki se nahaja pri -10 bakterijskega promotorja, medtem ko je TTGACA konsenzno zaporedje pri -35. Znani so kot element -10 in element -35.
Kakšne so podobnosti med Primerom in Promotorjem?
- Primer in promotor sta dve vrsti zaporedij DNK.
- Sestavljeni so iz nukleotidnih zaporedij.
- Tako primer kot promotor sta pomembna za izražanje genov.
Kakšna je razlika med Primerom in Promoterjem?
Primer je kratko nukleotidno zaporedje, zasnovano za pomnoževanje ciljne DNA. Nasprotno pa je promotor specifično regulatorno zaporedje DNA, ki ga najdemo pred mestom iniciacije transkripcije gena. Torej, to je ključna razlika med primerjem in promotorjem. Primerji so dolgi približno 20 baznih parov, medtem ko ima lahko promotor 100-1000 baznih parov. Funkcionalno služijo primerji kot začetne sekvence za sintezo nove verige, medtem ko promotorji nadzorujejo transkripcijo genov z zagotavljanjem vezavnih mest za RNA polimerazo in druge transkripcijske faktorje.
Poleg tega je promotor definiran kot smer transkripcije in označuje smiselno verigo gena. Strukturno je primer kratko, enoverižno zaporedje DNA, medtem ko je promotor dolgo dvoverižno zaporedje DNA.
Spodnja info-grafika prikazuje več primerjav, povezanih z razliko med osnovnim premazom in promotorjem.
Povzetek – začetnik proti promotorju
Primerji so kratka nukleotidna zaporedja, ki so komplementarna bočnim koncem ciljne dvojne verige DNA. Pri PCR se uporabljata dve vrsti primerjev. Služijo kot začetne sekvence za sintezo novih pramenov. Primerji so komercialno zasnovani in so temperaturno stabilna zaporedja. Po drugi strani pa je promotor regulatorno zaporedje gena, ki se nahaja navzgor do mesta iniciacije transkripcije. Promotorji nadzorujejo transkripcijo genov. Zagotavljajo vezavna mesta za RNA polimerazo in transkripcijske faktorje za začetek transkripcije. To je torej povzetek razlike med primerjem in promotorjem.
