Ključna razlika med sondami DNA in RNA je, da so sonde DNA fragmenti DNA, ki so komplementarni ciljnim nukleotidnim zaporedjem, medtem ko so sonde RNA odseki enoverižne RNA, ki so komplementarna zaporedja nukleinskih kislin ciljnih zaporedij.
Sonda je umetno sintetizirano kratko zaporedje DNK ali RNK, ki bi jo lahko označili radioaktivno ali z neradioaktivnimi molekulami. Lahko ima dolžino od 100 do 1000 baz. Sonde so uporabne pri odkrivanju ciljnih nukleotidnih sekvenc, ki so komplementarne sekvenci sonde. Ko so sonde dodane, se hibridizirajo s komplementarnimi sekvencami ali ciljnimi sekvencami in postanejo vidne za identifikacijo ciljnih sekvenc, saj prenašajo radioaktivnost. Sonde so pomembna molekularna orodja za številna mikrobna in molekularna področja, kot so odkrivanje genetskih bolezni, v virologiji, forenzični patologiji, pri testiranju očetovstva, pri odvzemu prstnih odtisov DNK, RFLP, molekularni citogenetiki, in situ hibridizaciji itd.
Kaj so DNK sonde?
DNK sonde so enoverižni odseki DNK. Uporabljajo se lahko za odkrivanje prisotnosti komplementarnih zaporedij nukleinskih kislin (tarčnih zaporedij) s hibridizacijo. Ko se sonda DNA hibridizira s svojim komplementarnim zaporedjem, tvori dvoverižni hibrid. Da bi jih odkrili, so sonde DNK običajno označene z radioizotopi, biotinom, epitopi ali fluoroforji. Sonde DNA, označene z biotinom, je mogoče zaznati z alkalno fosfatazo, označeno s streptavidinom, s številnimi encimskimi in kemičnimi metodami.
Slika 01: DNK sonda
Nukleotidno zaporedje sonde DNA je znano. So kratka zaporedja z dolžino od 100 do 1000 baznih parov. Dolge DNK sonde je mogoče ustvariti s tehnologijo rekombinantne DNK. Lahko jih ustvarimo tudi s PCR in kloniranjem. V kliničnih mikrobioloških laboratorijih so sonde DNK na voljo za hitro diagnosticiranje nalezljivih bolezni.
Kaj so sonde RNA?
RNK sonde so enoverižni odseki RNK. So komplementarne sekvence ciljnim sekvencam v vzorcu. Običajno se sintetizirajo z RNA polimerazami iz bakteriofagov SP6, T7 ali T3 z in vitro transkripcijo DNA. Dolge RNA sonde lahko ustvarimo s transkripcijo in vitro iz linearizirane plazmidne DNA. Na splošno se sonde RNA vežejo močno in tesneje na svoje komplementarne sekvence kot sonde DNA. Podobno kot sonde DNA lahko tudi sonde RNA med prepisovanjem označimo.
Kakšne so podobnosti med DNA in RNA sondami?
- Tako sonde DNA kot RNA so enoverižne nukleotidne sekvence.
- Oboje je umetno oblikovano in sintetizirano.
- Poleg tega jih je mogoče označiti z radioizotopi, epitopi, biotinom ali fluoroforji.
- Imajo močno afiniteto do specifične ciljne sekvence DNA ali RNA.
- Uporabljajo se v različnih tehnikah blotinga in in situ hibridizacije za odkrivanje ciljnih zaporedij nukleinskih kislin.
- Obe vrsti sond je mogoče hibridizirati s svojimi komplementarnimi sekvencami.
- Uporabljajo se tudi pri identifikaciji mikroorganizmov in diagnostiki nalezljivih, dednih in drugih bolezni.
Kakšna je razlika med DNA in RNA sondami?
DNK sonda je kratek odsek DNK, ki je komplementaren ciljnemu zaporedju. Po drugi strani pa je sonda RNA kratek enoverižni odsek RNA, ki je komplementaren ciljnemu zaporedju. To je torej ključna razlika med sondami DNA in RNA. Poleg tega sonde DNA vsebujejo A, T, C in G, medtem ko sonde RNA vsebujejo A, U, C in G.
Poleg tega je nadaljnja razlika med DNA in RNA sondami njihova termodinamična stabilnost. RNA sonde kažejo večjo termodinamično stabilnost v primerjavi z DNA sondami.
Spodnja infografika prikazuje pomembne razlike med DNA in RNA sondami.
Povzetek – sonde DNA proti RNA
Sonda je majhen fragment DNK ali RNK, ki se uporablja za odkrivanje prisotnosti specifičnega zaporedja v vzorcu DNK ali RNK z molekularno hibridizacijo. DNA sonde so kratki enoverižni fragmenti DNA, medtem ko so RNA sonde kratka enoverižna zaporedja RNA. So znana zaporedja. Termodinamična stabilnost je večja pri RNA sondah kot pri DNA sondah. RNK sonde se tesno vežejo na svoje komplementarne sekvence kot DNK sonde. To torej povzema razliko med DNA in RNA sondami.
