Ključna razlika med izoshizomeri in izokavdomeri je, da izoshizomeri prepoznajo in cepijo isto restrikcijsko ali prepoznavno mesto, medtem ko izokavdomeri prepoznajo nekoliko drugačna restrikcijska mesta in se cepijo na istem mestu.
Restrikcijski encimi ali restrikcijske endonukleaze so vrsta nukleaz, ki cepijo dvoverižno DNA. Sposobni so prepoznati posebna zaporedja, imenovana restrikcijska mesta, ki so po izvoru palindromna. Bakterije proizvajajo restrikcijske encime proti tujim patogenom, zlasti proti virusom. Je oblika obrambnega mehanizma, ki ga kažejo bakterije. Glede na strukturo encima in naravo rezov obstajajo tri vrste restrikcijskih encimov, kot so restrikcijski encimi tipa I, restrikcijski encimi tipa II in restrikcijski encimi tipa II. Poleg tega obstajajo tri vrste restrikcijskih encimov, odvisno od biokemijske aktivnosti in vira izolacije, kot so izoshizomeri, neoshizomeri in izokavdomeri.
Kaj so izoshizomeri?
Izoshizomeri so vrsta restrikcijskih encimov, ki prihajajo iz različnih virov, vendar prepoznajo in cepijo isto restrikcijsko mesto v DNK. Zato imata dva izoshizomera isto prepoznavno mesto. Cepijo se na istem mestu, zato so specifični za isto zaporedje prepoznavanja. Na primer, restrikcijska encima SphI in BbuI sta dva izoshizomera, ki prepoznata in cepita pri CGTAC/G.
Slika 01: Restrikcijski encim
Drug par izoshizomerov sta HpaII in MspI. Oba prepoznata zaporedje 5'-CCGG-3' in cepita DNA. Poleg tega sta Bsp EI in Acc III tudi izoshizomera, ki sta iz vrste Bacillus oziroma Acinetobacter calcoaceticus. Izolacijo izoshizomerov lahko izvedemo iz različnih bakterij. Ker prihajajo iz različnih bakterij, se lahko njihovi omejitveni pogoji med seboj razlikujejo.
Kaj so izokavdomeri?
Izokavdomerji so vrsta restrikcijskih encimov, ki prepoznajo nekoliko drugačna zaporedja, vendar se cepijo na istem mestu, da ustvarijo enake konce. Izokavdomeri prihajajo tudi iz različnih bakterij. Sau3a in BamHI sta par izokavdomerov. Proizvedejo 5'-GATC-3' lepljivi konec po cepitvi istega mesta. Drugi par izokavdomerov je NcoI iz Nocardia corallina in PagI iz Pseudomonas alcaligenes. Ta dva encima se prav tako vežeta na različnih zaporedjih prepoznavanja, vendar režeta na istem mestu in proizvajata enake lepljive konce. Zato so izdelani rezalni konci med seboj združljivi in jih je mogoče povezovati drug z drugim. XhoI, PspXI in SalI so tudi izokavdomeri.
Kakšne so podobnosti med izoshizomeri in izokavdomeri?
- Izoshizomeri in izokavdomeri sta dve vrsti restrikcijskih encimov.
- Dva izoshizomera imata isto prebavno mesto, podobno kot dva izokavdomera, ki imata isto prebavno mesto.
- Po izvoru so prokariontski.
- Obe imata mesto za prepoznavanje omejitev in mesto za prebavo.
- Proizvajajo konce, ki so združljivi drug z drugim.
- Poleg tega so ti encimi uporabna orodja v tehnologiji rekombinantne DNK.
Kakšna je razlika med izoshizomeri in izokavdomeri?
Izoshizomeri so restrikcijski encimi, ki prepoznajo isto zaporedje DNK in se cepijo na istem restrikcijskem mestu, medtem ko so izokavdomeri restrikcijski encimi, ki prepoznajo nekoliko drugačna zaporedja DNK, vendar proizvajajo enake lepljive konce z rezanjem na istem mestu. To je torej ključna razlika med izoshizomeri in izokavdomeri.
Spodnja infografika prikazuje razlike med izoshizomeri in izokavdomeri.
Povzetek – izoshizomeri proti izokavdomerjem
Izoshizomeri so restrikcijski encimi, ki prepoznajo isto zaporedje DNK in se cepijo na istem mestu. Po drugi strani pa so izokavdomeri restrikcijski encimi, ki prepoznajo nekoliko drugačna zaporedja in se cepijo na istem mestu, kar povzroči enake konce. To je torej ključna razlika med izoshizomeri in izokavdomeri. SphI, BbuI, HpaII in MspI je več primerov izoshizomerov, medtem ko sta Sau3a in BamHI dva primera izokavdomerov. Tako izoshizomere kot izokavdomere naravno proizvajajo bakterije.
