Ključna razlika med ksilen cianolom in bromofenol modrim je, da v 1% agaroznem gelu ksilen cianol migrira počasneje, medtem ko bromofenol modro migrira hitreje.
Ksilen cianol in bromofenol modro sta pomembna kot barvna označevalca, ki ju je mogoče uporabiti pri spremljanju procesa elektroforeze v agaroznem gelu in elektroforeze v poliakrilamidnem gelu.
Kaj je ksilen cianol?
Ksilen cianol je elektroforetski barvni marker ali sledilno barvilo. Uporaben je pri spremljanju procesa elektroforeze v agaroznem gelu in elektroforeze v poliakrilamidnem gelu. Ko se ta snov zmeša z vzorcem, postane koncentracija te snovi običajno približno 0.005 % do 0,03 %. Nekateri sinonimi, ki jih lahko uporabimo za ksilen cianol, vključujejo Acid Blue 147, ksilen cianol, ksilen cianol FF, ksilen cianol FF itd.
Kemijska formula te spojine je C25H27N2NaO 6S2 Molska masa ksilen cianola je 538,61 g/mol. Ta snov lahko migrira s hitrostjo približno 4–5 kilobaznih parov DNK fragmentov v 1 % agaroznih gelih. Vendar je to odvisno od medpomnilnika, ki ga uporabljamo. Običajno lahko ksilen cianol na 6% poliakrilamidnem gelu migrira s hitrostjo približno 140 baznih parov fragmentov DNA. Po drugi strani pa lahko migrira pri elektroforezi z 20 % denaturirajočim poliakrilamidnim gelom s hitrostjo 25 baz oligonukleotida.
Število donorjev vodikove vezi ksilen cianola je 2m, število akceptorjev vodikove vezi pa 8. Število vrtljivih vezi te spojine je mogoče podati kot 7. Kompleksnost ksilen cianola je mogoče opisati kot 1120 stopinj. Ima definirano število stereocentrov vezi 1.
Kaj je bromofenol modro?
Bromofenol modro je uporaben indikator pH, ki je uporaben kot elektroforetski barvni marker in barvilo. Ima kemijsko ime 3’, 3”, 5’, 5”-tetrabromofenolsulfonftalein, BPB. Kemijska formula te spojine je C19H10Br4O5 S. Molska masa te spojine je 669,96 g/mol. Je brez vonja, njegova gostota pa je 2,2 g/mL. Njegovo tališče je 273 stopinj Celzija, vrelišče pa 279 stopinj Celzija. Pripravimo ga lahko s počasnim dodajanjem odvečnega broma v vročo raztopino fenolsulfonftaleina v ledocetni kislini.
Bromofenol modro je uporabno kot kislinsko-bazični indikator v območju med pH 3,0 do 4,6. Lahko se spremeni iz rumene pri pH 3,0 v pH 4,6. Poleg tega je to reverzibilna reakcija. Strukturno je bromofenol modro podobno fenolftaleinu.
Poleg tega ga lahko uporabimo kot barvni marker za spremljanje procesa elektroforeze v agaroznem gelu in elektroforeze v poliakrilamidnem gelu. Ta snov lahko nosi negativen naboj pri zmernem pH, kjer lahko migrira v isti smeri kot DNK ali beljakovina v gelu. Stopnja migracije se lahko spreminja glede na gostoto gela in sestavo pufra. Vendar pa v tipičnem 1 % agaroznem gelu v 1-kratnem pufru TAE ali pufru TBE ta snov migrira z enako hitrostjo kot fragment DNA s približno 300 baznimi pari.
Kakšna je razlika med ksilen cianolom in bromofenol modrim?
Ksilen cianol in bromofenol modra sta pomembna barvna označevalca. Ključna razlika med ksilen cianolom in bromofenol modrim je ta, da v 1 % agaroznem gelu ksilen cianol migrira počasneje, medtem ko bromofenol modro migrira hitreje.
Spodaj je povzetek razlik med ksilen cianolom in bromofenol modrim v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – ksilen cianol proti bromofenol modremu
Ksilen cianol in bromofenol modro sta pomembna kot barvna označevalca, ki se uporabljata pri spremljanju procesa elektroforeze v agaroznem gelu in elektroforeze v poliakrilamidnem gelu. Ključna razlika med ksilen cianolom in bromofenol modrim je, da v 1 % agaroznem gelu ksilen cianol migrira počasneje, medtem ko bromofenol modro migrira hitreje.
