Ključna razlika med tarčno in neciljano proteomiko je v tem, da ciljna proteomika meri številčnost določenega proteina, medtem ko neciljana proteomika ne cilja na specifičen protein.
Proteomika je obsežna študija beljakovin, njihovih struktur in funkcij. Preučuje celoten proteinski komplement v celici, tkivu ali organizmu pod določenimi pogoji. Obstajata dve vrsti proteomike, in sicer ciljna proteomika in neciljana proteomika.
Kaj je ciljna proteomika?
Kot že ime pove, ciljana proteomika cilja na določen protein ali peptid v kompleksni mešanici proteinov za analizo. Nato analizira prisotnost in količino te predhodno izbrane specifične beljakovine. Ta metoda je možna samo za en vzorec ali za več vzorcev. Ta metoda je primerna tudi za določeno skupino beljakovin. Posledica tega so natančnejši, kvantitativni in občutljivi podatki. Poleg tega masna spektrometrija skupaj s ciljno proteomiko daje natančnejše zanesljive meritve. Ta metoda za analizo uporablja trojni kvadrupolni masni spektrometer (QQQ).
Slika 01: Proteomika
Ciljna proteomika je primerna metoda, če želite preveriti, ali je knockdown tarča dejansko podrta, ali ko želite kvantificirati določen protein/peptid v krvnem serumu, možganski tekočini ali celičnem lizatu itd. Lahko tudi uporabite ga, če želite preveriti, ali je določena beljakovina različno izražena v vzorcih ali med poskusom časovnega poteka.
Kaj je neciljana proteomika?
Neciljana proteomika, kot že ime omenja, ne cilja na določen protein ali peptid za analizo. Discovery proteomics je drugo ime za netargetirano proteomiko. Pravzaprav gre za bolj 'globalno' analizo. Na splošno je izvajanje neciljane proteomike odgovor na vprašanje "kateri protein ali proteini so v tem vzorcu ali več vzorcih?". Ta metoda ni občutljiva kot ciljna proteomika. Lahko pa identificira in meri veliko beljakovin, vključno z novimi beljakovinami. Neciljana proteomika lahko proizvede tako kvantitativne kot kvalitativne meritve.
Kakšne so podobnosti med ciljano in neciljno proteomiko?
- Tako ciljana kot neciljana proteomika meri beljakovine v vzorcih.
- Pomembni so pri analizi proteomov.
- Te metode uporabljajo masno spektrometrijo.
Kakšna je razlika med ciljno in neciljno proteomiko?
Prvič, ciljna proteomika je določanje prisotnosti in količine določenega proteina ali peptida v kompleksni mešanici proteinov. V nasprotju s tem je neciljana proteomika kvantitativna in kvalitativna študija beljakovin, prisotnih v vzorcu ali vzorcih, ne da bi ciljali na določeno beljakovino. Ciljna proteomika se izvaja s predhodno izbranimi ali ciljnimi proteini, medtem ko se izvaja neciljna proteomika, da se ugotovijo vrste beljakovin v tem vzorcu. Poleg tega je ciljna proteomika bolj občutljiva od netarčne proteomike.
Povzetek – Ciljna proti neciljni proteomiki
Če povzamem, ciljna in neciljana proteomika sta dve vrsti študij beljakovin. Kot nakazujejo njihova imena, ciljana proteomika cilja na specifično beljakovino, medtem ko neciljana proteomika ne cilja na specifično beljakovino. To je razlika med ciljno in neciljno proteomiko.
