Ključna razlika med kontigom in odrom je, da kontig nima vrzeli, medtem ko je oder sestavljen iz kontigov in vrzeli.
Sekvenciranje genoma večceličnih organizmov je zelo težko v primerjavi s sekvenciranjem enoceličnih organizmov. Sekvenciranje celotnega genoma je enostavna in hitra tehnika sekvenciranja genoma za večcelične genome. To je metoda, ki vzporedno sekvencira veliko prekrivajočih se fragmentov DNK. Pri tej metodi se majhni fragmenti z računalnikom sestavijo v večje fragmente in nato v večje kontige. Nato se kontigi sestavijo v ogrodje in končno v kromosom. Zato je kontig neprekinjen odsek nukleotidnih zaporedij, medtem ko je ogrodje del genoma, sestavljen iz kontigov in vrzeli. Tako contig kot scaffold sta rekonstruirana genomska zaporedja.
Kaj je Contig?
Contig je genomsko zaporedje. Je neprekinjen niz zaporedij, sestavljenih iz A, C, G in T baz. Nastane s sestavljanjem več majhnih prekrivajočih se delčkov DNK v daljše zaporedje. Preprosto povedano, contig je skupek niza fragmentov zaporedja. Ustvarjanje contiga vključuje identifikacijo prekrivajočih se fragmentov zaporedja na podlagi lokalnih metod ujemanja in poravnave nizov, ki identificirajo prekrivajoče se konce zaporedij.
Contigs nimajo vrzeli. Je del gradbenega odra. Pri ustvarjanju ogrodja so kontigi verižno povezani. Zahteva dodatne informacije o relativnem položaju in orientaciji kontigov v genomu. Vrzeli ločujejo kontige v odru. V bistvu je sestavljanje kontiga pomemben korak pri sekvenciranju puške celotnega genoma. Kontigi se končno sestavijo v popolno genomsko zaporedje. Sestavljanje Contig običajno zahteva razumevanje algoritmov pri ujemanju nizov in poravnavi zaporedij.
Kaj je oder?
Ogrodje je rekonstruirano genomsko zaporedje iz končno sekvenciranih klonov puške s celim genomom. Strukturno je oder sestavljen iz kontigov in vrzeli. Zato so odri ustvarjeni z veriženjem kontigov skupaj in njihovim ločevanjem z vrzelmi. Za ustvarjanje ogrodja so potrebne informacije o relativnem položaju in orientaciji kontigov v genomu. Sklop puške s celotnim genomom je namenjen predstavitvi vsakega genomskega zaporedja v enem odru. Vendar to ni povsem mogoče. Zato je lahko en kromosom predstavljen z več ogrodji. Včasih se odri lahko prekrivajo. Poleg tega je mogoče med sestavljanjem nekatere ogrodja filtrirati.
Slika 02: Pregled sklopa puške s celotnim genomom
Dolžina vrzeli na odru ne kaže njene prave dolžine. Na splošno so vrzeli poljubno nastavljene na določene fiksne dolžine. Zato te vrzeli in negotovosti v njihovih dolžinah povzročajo težave pri razumevanju resničnih prostorskih odnosov funkcionalnih elementov v genomih in dejanskega obsega manjkajočih informacij. Včasih vrzeli predstavljajo manjkajoče genomske informacije.
Kakšne so podobnosti med Contigom in Scaffoldom?
- Contig in scaffold sta genomska zaporedja, sestavljena iz nukleotidnih zaporedij.
- Odri so sestavljeni iz kontigov in vrzeli.
Kakšna je razlika med Contig in Scaffold?
Contig je neprekinjeno zaporedje, sestavljeno iz niza fragmentov zaporedja. Nasprotno pa je ogrodje del genomskega zaporedja, rekonstruiranega z veriženjem kontigov skupaj. Torej, to je ključna razlika med contigom in odrom. Poleg tega kontigi nimajo vrzeli, medtem ko so kontigi v ogrodju ločeni z vrzelmi.
Spodnja infografika prikazuje več razlik med contig in scaffold.
Povzetek – Contig vs Scaffold
Tako contig kot scaffold sta rekonstruirana nukleotidna zaporedja v projektih sekvenciranja celotnega genoma. Contig je neprekinjen odsek genomskega zaporedja, ki vsebuje baze A, C, G in T brez vrzeli. Ogrodje je genomsko zaporedje, sestavljeno iz kontigov in vrzeli. Zato so najkrajše komponente sklopa kontigi, medtem ko so odri sklopi kontigov. Končno so ograje sestavljene v kromosome v sekvenciranju celotnega genoma. To torej povzema razliko med contig in scaffold.
