Ključna razlika med povezovalnikom in adapterjem je, da povezovalnik nima kohezivnih koncev, medtem ko ima adapter en kohezivni konec.
Ligacija DNK je postopek združevanja dveh molekul DNK, pri čemer nastanejo fosfodiesterske vezi. Encim, imenovan DNA ligaza, katalizira to reakcijo. Je eden ključnih korakov na sodobnih molekularno bioloških področjih, kot sta tehnologija rekombinantne DNK in kloniranje DNK. Učinkovitost ligacije je odvisna od koncev molekul DNA, ki jih je treba povezati. Obstajata dve vrsti koncev DNK, in sicer lepljivi konci in topi konci. Učinkovitost ligacije je visoka pri lepljivih koncih kot pri topih. Če imajo ciljne molekule DNA tope konce, bodo uporabne molekule, imenovane adapterji ali povezovalci. Adapterji in povezovalci so kemično sintetizirane oligonukleotidne molekule, ki pomagajo pri vezavi DNK. Imajo tudi interna mesta za omejitve. Adapter ima en lepljiv in en top konec, medtem ko ima linker dva topa konca.
Kaj je povezovalnik?
Povezovalnik je kemično sintetizirano oligonukleotidno zaporedje, ki je dvoverižno. Linker ima dva topa konca. Linker se uporablja za ligiranje molekul DNA, ki imajo tope konce, na vektorje. Vsebuje eno ali več notranjih omejitvenih mest. Ta restrikcijska mesta delujejo kot mesta za prepoznavanje restrikcijskih encimov.
Slika 01: Povezovalnik
Po ligaciji je DNK ponovno omejena z restrikcijskimi encimi, da nastanejo kohezivni konci. EcoRI-linkerji in sal-I linkerji so običajno uporabljeni linkerji.
Kaj je adapter?
Adapter je dvoverižno oligonukleotidno zaporedje, ki se uporablja za povezovanje dveh molekul DNK. To je kratko zaporedje z enim topim koncem in enim lepljivim ali kohezivnim koncem. Zato je sestavljen iz enoverižnega repa na enem koncu, kar poveča učinkovitost ligacije DNK.
Slika 02: Vezava DNK z adapterjem
Poleg tega ima adapter notranja mesta za omejitve. Zato lahko po ligaciji DNK omejimo z ustreznimi restrikcijskimi encimi, da ustvarimo nov štrleč konec. Ena od pomanjkljivosti adapterjev je, da lahko dva adapterja tvorita zatemnitve tako, da se združita s seboj. Temu se lahko izognemo, če jih zdravimo z encimom, imenovanim alkalna fosfataza.
Kakšne so podobnosti med povezovalcem in adapterjem?
- Povezovalnik in adapter sta dvoverižna kratka oligonukleotidna zaporedja.
- Imajo interna mesta za omejitve.
- Poleg tega so kemično sintetizirane molekule DNK in so sintetične molekule.
- Lahko povežejo dve molekuli DNK.
- Po ligaciji linkerjev in adaptorjev je DNA ponovno omejena z restrikcijskimi encimi, da nastanejo lepljivi konci.
Kakšna je razlika med povezovalcem in adapterjem?
Poveznik je kemično sintetiziran kratek oligonukleotidni dupleks z dvema topima koncema. Adapter je kemično sintetiziran kratek oligonukleotidni dupleks z enim lepljivim in enim topim koncem. To je torej ključna razlika med povezovalnikom in adapterjem. Poleg tega lahko adapterji tvorijo dimerje, medtem ko povezovalci ne tvorijo dimerjev. Torej, to je še ena pomembna razlika med povezovalnikom in adapterjem.
Spodaj je povzetek razlik med povezovalnikom in adapterjem v obliki tabele.
Povzetek – povezovalnik proti adapterju
Povezovalnik in adapter sta dve vrsti kemično sintetiziranih oligonukleotidov, ki sta uporabna pri povezovanju DNA s topim koncem. Linker ima dva topa konca, adapter pa en top in en kohezivni konec. Torej, to je ključna razlika med povezovalnikom in adapterjem. So dvoverižne molekule, ki imajo notranja restrikcijska mesta. Veliko jih uporabljajo v tehnologiji rekombinantne DNK in kloniranju DNK.
