Ključna razlika med ITS1 in ITS2 je v tem, da je ITS1 distančna DNA, ki se nahaja med genoma 18S in 5,8S rRNA pri evkariontih, medtem ko je ITS2 distančna DNA, ki se nahaja med geni 5,8S in 28S rRNA pri evkariontih.
Notranji transkribirani distančnik (ITS) je distančnik DNA, ki se običajno nahaja med geni ribosomske RNA majhne podenote in ribosomske RNA velike podenote v kromosomu ali v ustreznem transkribiranem območju v molekuli transkripta prekurzorja policistronske rRNA. Pri bakterijah in arhejah obstaja le en sam ITS med geni 16S in 23S rRNA. Toda pri evkariontih obstajata dve distančni DNK ITS: ITS1 (med 18S in 5.geni 8S rRNA) in ITS2 (med 5,8S in 28S rRNA). Zato sta ITS1 in ITS2 dve distančni DNK, ki ju najdemo med geni rRNA v evkariontih.
Kaj je ITS1?
ITS1 je distančnik DNA, ki se nahaja med genoma 18S in 5.8S rRNA pri evkariontih. ITS se nanaša na del nefunkcionalne distančne DNK, ki se nahaja med geni rRNA. ITS1 ima večjo variacijo dolžine kot ITS2. Variacija dolžine ITS1 je približno (200-300bp). Označevalci ITS, kot je ITS1, so dokazali svojo učinkovitost pri pojasnjevanju filogenetskih odnosov med različnimi taksoni. Poleg tega je distančna DNA ITS1 manj ohranjena kot distančna DNA ITS2. Strukture ITS1 so ohranjene samo v veliko manjših taksonomskih enotah. Vsak evkariontski ribosomski grozd vsebuje tudi regije, imenovane zunanji transkribirani presledki (5' in 3' ETS).
Slika 01: regija ITS1
DNA presledka ITS1 je zelo blizu 5'zunanjemu transkribiranemu presledku (5' ETS). Poleg tega, če kdo želi razširiti regijo ITS1 za študije filogenetskih odnosov, mora za ta namen uporabiti specifičen par primerjev (obratni in naprej primerji). Za pomnoževanje regije ITS1 se v laboratorijskih protokolih PCR običajno uporabljata dva kompleta primerjev. So ITS1 naprej in ITS2 nazaj ali ITS1 naprej in ITS4 nazaj.
Kaj je ITS2?
ITS2 je distančna DNA, ki se nahaja med genoma 5,8S in 28S rRNA pri evkariontih. Regija ITS2 ima krajšo variacijo dolžine kot regija ITS1. Variacija dolžine ITS2 je približno (180-240bp). Vendar je regija ITS2 v mnogih taksonomskih enotah bolj ohranjena kot regija ITS1. Ugotavlja, da imajo vse sekvence ITS2 skupno jedro sekundarne strukture. Poleg tega je med vsemi kritosemenkami ohranjenih 40 % regije ITS2, medtem ko je možno uskladiti 50 % regije ITS2 med družinsko in višjo raven.
Slika 02: regija ITS2
Ne glede na obseg ohranjanja je zelo priljubljena tudi uporaba regije ITS2, kot je regija ITS1, v študijah filogenetskih odnosov, zlasti pri črtnem kodiranju DNK gliv. Za pomnoževanje regije ITS2 se v protokolih PCR v laboratorijih običajno uporablja specifičen niz primerjev. To je ITS1 naprej in ITS4 vzvratno. Ko pa protokol PCR uporablja ta niz primerjev, pomnoži tudi regijo ITS1 skupaj z regijo ITS2. Poleg tega je DNK distančnika ITS2 zelo blizu 3'zunanjemu transkribiranemu distančniku (3'ETS).
Podobnosti med ITS1 in ITS2
- ITS1 in ITS2 sta dve distančni DNK, ki se nahajata med geni rRNA.
- Prisotni so le pri evkariontih.
- Oboje je mogoče povečati z uporabo specifičnih parov primerkov.
- Oba sta izrezana pri zorenju rRNA kot nefunkcionalni stranski produkt.
- Oboje je zelo pomembno za študije filogenetskih odnosov, zlasti pri črtnem kodiranju DNK gliv.
Razlika med ITS1 in ITS2
ITS1 je distančna DNA, ki je prisotna med geni 18S in 5,8S rRNA pri evkariontih, medtem ko je ITS2 distančna DNA, ki se nahaja med geni 5,8S in 28S rRNA pri evkariontih. Torej, to je ključna razlika med ITS1 in ITS2. Poleg tega ima ITS1 večjo variacijo dolžine v primerjavi z ITS2. Po drugi strani ima ITS2 krajšo variacijo dolžine v primerjavi z ITS1. To je še ena razlika med ITS1 in ITS2.
Spodnja infografika navaja razlike med ITS1 in ITS2 v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – ITS1 proti ITS2
Notranja transkribirana regija (ITS) je nefunkcionalen del distančnika DNA, ki se nahaja med geni rRNA. Pri bakterijah in arhejah obstaja le ena ITS regija. Toda pri evkariontih obstajata dve regiji ITS: ITS1 in ITS2. ITS1 je distančna DNA, ki se nahaja med genoma 18S in 5.8S rRNA pri evkariontih, medtem ko je ITS2 distančna DNA, ki se nahaja med geni 5.8S in 28S rRNA pri evkariontih. To je torej povzetek razlike med ITS1 in ITS2.
