Ključna razlika – Exome v primerjavi s transkriptomom
Gen vsebuje kodirne in nekodirajoče regije v sebi. Kodirajoča zaporedja so znana kot eksoni, nekodirajoča zaporedja pa kot introni. Nukleotidno zaporedje eksonov gena predstavlja genetsko kodo gena za sintezo določenega proteina. Zato eksoni ostanejo v molekuli mRNA. Celotna eksonska regija genoma je znana kot eksom in je pomemben del genoma. Genska koda genov se pretvori v genetsko kodo molekule mRNA, ki je potrebna za proizvodnjo beljakovin. Celotne molekule mRNA, prepisane v celici ali celični populaciji naenkrat, so znane kot transkriptom. Ključna razlika med eksomom in transkriptomom je v tem, da eksom predstavlja zaporedje eksonskih regij genoma, medtem ko transkriptom predstavlja celotno mRNA celice ali tkiva v danem času.
Kaj je Exome?
Geni so sestavljeni iz eksonov, intronov in regulatornih zaporedij. Eksoni so genske regije, ki se med transkripcijo prepišejo v zaporedje mRNA. Introni in druge nekodirajoče regije se med transkripcijo odstranijo. Nukleotidno zaporedje eksonov določa genetsko kodo gena, ki sintetizira specifično beljakovino, ki jo kodira. V mRNA proteina ostanejo le eksoni. Zbirka eksonov v genomu je znana kot eksom organizma. Predstavlja del genoma, ki se izraža v genih. Pri ljudeh exome predstavlja 1 % genoma. Je del človeškega genoma, ki kodira beljakovine.
Slika 01: Exome
Kaj je transkriptom?
Transkriptom je zbirka vseh proteinsko kodirajočih in nekodirajočih transkriptov (RNA) v danem tkivu. Transkriptom predstavlja zbirko celotnih molekul mRNA, ki jih izražajo geni v celici ali tkivu. Transkriptom celice se lahko spreminja s transkriptomom druge vrste celice. Transkriptom je tudi dinamičen – s časom se spreminja kot odziv na notranje in zunanje dražljaje. Tudi znotraj istega tkiva ali znotraj istega tipa celice se lahko transkriptom spremeni po nekaj minutah.
Transkriptom se razlikuje od eksoma organizma. Transkriptom vključuje samo izražena zaporedja eksomov. Čeprav eksom celice ostaja enak, se transkriptom med celicami razlikuje, saj izražanje genov ni enako za vse celice ali tkiva. Samo esencialni geni se izražajo v različnih celicah in tkivih. Izražanje genov je proces, specifičen za vrsto tkiva ali celice. Uravnavajo ga različni dejavniki, vključno z okoljskimi. Zato se lahko transkriptom spreminja glede na zunanje okoljske pogoje.
Transkriptom se uporablja kot predhodnik za študije proteomike. Vsi proteini izhajajo iz sekvenc mRNA. Translacijske modifikacije lahko povzročijo spremembe v beljakovinah. Vendar pa transkriptom zagotavlja pomembne osnovne informacije za proteomske študije.
Slika 02: Transkriptom embrionalnih izvornih celic
Kakšna je razlika med Exome in Transcriptome?
Exome proti transkriptomu |
|
| Exome je zbirka genov, ki kodirajo beljakovine. | Transkriptom je zbirka vse prepisane RNA, vključno z mRNA. |
| Vzorec | |
| Exome preučujejo z vzorcem DNK. | Transkriptom preučujemo z vzorcem RNA. |
| Študijska metoda | |
| Sekvenciranje celotnega eksoma je metoda proučevanja eksoma. | Sekvenciranje RNK je metoda preučevanja transkriptoma. |
Povzetek – Exome proti transkriptomu
Egzoni so kodirne sekvence genov in določajo sekvence mRNA proteinov. Zbirka teh kodirnih zaporedij (eksonov) je znana kot eksom organizma. Geni se pred izdelavo beljakovin prepišejo v molekule mRNA. Celotne molekule mRNA v celici ali tkivu v danem trenutku so znane kot transkriptom. Transkriptom predstavlja gene, ki se v danem trenutku aktivno izražajo v mRNA. Transkriptom je specifičen za celice in tkiva ter vpliva na okoljske razmere. To je razlika med eksomom in transkriptomom.
