Ključna razlika med BLAST in FastA je, da je BLAST osnovno orodje za poravnavo, ki je na voljo na spletni strani Nacionalnega centra za biotehnološke informacije, medtem ko je FastA orodje za iskanje podobnosti, ki je na voljo na spletni strani Evropskega inštituta za bioinformatiko.
BLAST in FastA sta dve programski opremi, ki se pogosto uporabljata za primerjavo bioloških zaporedij DNK, aminokislin, proteinov in nukleotidov različnih vrst ter iskanje njihovih podobnosti. Ti algoritmi so bili napisani ob upoštevanju hitrosti. Ker je sredi osemdesetih let prejšnjega stoletja znanstvenikom uspelo izolirati DNK v laboratoriju, se je pojavila potreba po primerjavi in iskanju identičnih genov za nadaljnje raziskave pri veliki hitrosti. Zato sta bili ti dve programski opremi razviti na način, da lahko uporabnik izvede hitro iskanje podobnih zaporedij s svojimi zaporedji poizvedb.
BLAST je akronim za osnovno orodje za iskanje lokalne poravnave in uporablja lokaliziran pristop pri primerjavi obeh zaporedij. FastA je programska oprema, ki se nanaša na Fast A, kjer A pomeni vse. Tukaj programska oprema deluje z abecedami, kot sta Fast A za sekvenciranje DNK in Fast P za beljakovine. Tako BLAST kot FastA zelo hitro primerjata katero koli bazo podatkov o genomih in sta zato zelo izvedljiva denarno in prihranita čas.
Kaj je BLAST?
BLAST je ena najbolj razširjenih programov za bioinformatiko, ki je bila razvita leta 1990. Od takrat je na voljo vsem na spletnem mestu NCBI. Poleg tega lahko katera koli oseba dostopa do te programske opreme in jo uporablja. Poleg tega je BLAST programska oprema, ki potrebuje vhodne podatke ali zaporedja v formatu FastA. Vendar daje izhodne podatke v obliki navadnega besedila, HTML ali XML. BLAST deluje na principu iskanja lokaliziranih podobnosti med dvema zaporedjema in ožjega seznama podobnih zaporedij, nato pa išče soseske podobnosti.
Slika 01: Rezultati BLAST
Tako ta programska oprema išče veliko število podobnih lokalnih regij in daje rezultat, ko doseže vrednost praga. Vendar se ta postopek razlikuje od prejšnje programske opreme, ki najprej preišče celotno zaporedje in nato izvede primerjavo, zato je vzel veliko časa.
Poleg zgornjega preverjanja podobnosti ima BLAST številne druge uporabe, kot je preslikava DNK, primerjava dveh identičnih genov pri različnih vrstah, ustvarjanje filogenetskega drevesa itd.
Kaj je FastA?
FastA je programska oprema za poravnavo beljakovinskih zaporedij. David J. Lipman in William R. Pearson sta to programsko opremo opisala leta 1985. Čeprav je bila prvotna uporaba te programske opreme samo za primerjavo proteinskih zaporedij, je njena spremenjena različica lahko primerjala tudi zaporedja DNK. Tu ta programska oprema uporablja načelo statističnega ugotavljanja podobnosti med dvema zaporedjema. Eno zaporedje DNK ali proteina ujema z drugim zaporedjem z metodo lokalne poravnave zaporedja.
Slika 02: FastA
Vendar išče lokalne regije zaradi podobnosti, vendar ne najboljšega ujemanja med dvema zaporedjema. Ker ta programska oprema včasih primerja lokalizirane podobnosti, lahko odkrije tudi neujemanja. V zaporedju FastA prevzame majhen del, znan kot k-tuples, kjer so lahko tuple od 1 do 6 in se ujemajo s k-tuples drugega zaporedja. Na koncu postopka ujemanja, ko doseže vrednost praga, ustvari rezultat.
Kakšne so podobnosti med BLAST in FastA?
- BLAST in FastA sta bioinformatični orodji, ki se uporabljata za primerjavo zaporedij beljakovin in DNK glede podobnosti.
- Poleg tega oba programa uporabljata strategijo točkovanja za primerjavo med zaporedji.
- Poleg tega dajeta obe orodji zelo natančne rezultate.
Kakšna je razlika med BLAST in FastA?
BLAST je orodje za preverjanje podobnosti med biološkimi sekvencami. Po drugi strani pa je FastA še en program, ki omogoča preverjanje podobnosti zaporedij beljakovin in DNK. Vendar pa je programska oprema BLAST v primerjavi s FastA zelo priljubljena, saj daje natančnejše in hitrejše rezultate. To je torej razlika med BLAST in FastA. Poleg tega je za razliko od FastA program BLAST mogoče spreminjati glede na potrebe uporabnika. Zato je to še ena razlika med BLAST in FastA.
Spodnja infografika o razlikah med BLAST in FastA ponuja več podrobnosti.
Povzetek – BLAST proti FastA
BLAST in FastA sta dva programa, ki uporabniku omogočata primerjavo njegovega zaporedja poizvedb z zaporedji v obstoječih bazah podatkov in preverjanje podobnosti. Prvotni namen FastA je bil primerjati samo proteinske sekvence. Toda spremenjena različica te programske opreme olajša primerjavo zaporedij beljakovin in DNK. Čeprav je FastA dobra programska oprema, večina ljudi uporablja orodje za poravnavo BLAST, saj je bolj priljubljeno in daje natančnejše in hitrejše rezultate kot FastA. Prav tako je orodje BLAST mogoče spreminjati glede na zahteve uporabnika. Na kratko, to povzema razliko med BLAST in FastA.
