Ključna razlika med FASTA in FASTQ je v tem, da je FASTA besedilni format, ki shranjuje samo zaporedja nukleotidov ali proteinov, medtem ko je FASTQ besedilni format, ki shranjuje tako zaporedje kot tudi z njim povezane vrednosti kakovosti zaporedja.
Bioinformatika je področje, ki uporablja različno programsko opremo za analizo in razumevanje bioloških podatkov, zlasti kadar je nabor podatkov kompleksen in velik. To področje združuje biologijo, kemijo, fiziko, računalništvo, informacijski inženiring, matematiko in statistiko za analizo in interpretacijo bioloških podatkov. FASTA in FASTQ sta dva formata za predstavitev zaporedja na področju bioinformatike za poravnavo in analizo zaporedij. Pravzaprav je FASTQ format zaporedne datoteke, ki razširja format FASTA z možnostjo shranjevanja kakovosti zaporedja.
Kaj je FASTA?
FASTA je programska oprema za poravnavo DNK in zaporedja beljakovin. Programska oprema FASTA uporablja format FASTA. To je besedilni format, ki predstavlja nukleotidna zaporedja ali zaporedja aminokislin (beljakovin). Tu enočrkovni kodi predstavljata obe zaporedji. FASTA je pomembno orodje na področju bioinformatike in biokemije. Ta oblika omogoča, da so imena zaporedij in komentarji pred zaporedji.
Slika 01: Zaporedje FASTA
Ta oblika izvira iz programske opreme FASTA in sta jo predstavila David J. Lipmann in William R. Pearson leta 1985. Orodje FASTA je sčasoma doživelo veliko sprememb, zadnja različica pa je sestavljena iz programov za beljakovine: beljakovine, DNK:DNA, protein:prevedena DNA (s premiki okvirja) in urejena ali neurejena iskanja peptidov. FASTA prebere dano zaporedje nukleotidov ali aminokislin in poišče ustrezno zbirko podatkov o zaporedju z uporabo lokalne poravnave zaporedja, da najde ujemanja podobnih zaporedij baze podatkov.
Kaj je FASTQ?
FASTQ je programska oprema za poravnavo, ki se uporablja na področju bioinformatike in shranjuje biološko zaporedje (običajno nukleotidno zaporedje) in njegove ustrezne ocene kakovosti. FASTQ je prvotno razvil Wellcome Trust Sanger Institute za združevanje formatiranega zaporedja FASTA in povezanih podatkov o kakovosti. Z razvojem na področju bioinformatike je FASTQ postal de facto standard za shranjevanje izhodnih podatkov številnih visoko zmogljivih instrumentov za sekvenciranje.
Format FASTQ uporablja štiri različne vrstice na zaporedje. 1. vrstica se začne z znakom @ in ji sledi identifikator zaporedja (podobno naslovni vrstici FASTA). Vrstica 2 je sestavljena iz neobdelanih zaporednih črk. V 3. vrstici se zaporedje začne z znakom "+" in mu neobvezno sledi isti identifikator zaporedja. Vrstica 4 kodira vrednosti kakovosti za zaporedje v vrstici 2 in mora biti sestavljena iz enakega števila simbolov kot črk v zaporedju.
Kakšne so podobnosti med FASTA in FASTQ?
- FASTA in FASTQ sta orodji za poravnavo.
- To sta dva formata za predstavitev zaporedja.
- Oba sta povezana s področjem bioinformatike.
- Tako FAST kot FASTQ sta pomembni orodji za namene shranjevanja in zaporedja.
- FASTQ je razširitev formata FASTA z možnostjo shranjevanja kakovosti zaporedja.
Kakšna je razlika med FASTA in FASTQ?
FASTA je besedilni format, ki shranjuje samo zaporedja nukleotidov ali proteinov, medtem ko je FASTQ besedilni format, ki shranjuje vrednosti kakovosti zaporedja in povezanega zaporedja. To je torej ključna razlika med FASTA in FASTQ. Poleg tega FASTA shrani fragmente zaporedja po preslikavi, medtem ko FASTQ shrani fragmente zaporedja pred preslikavo. Poleg tega je druga razlika med FASTA in FASTQ ta, da je FASTA sestavljen iz ene opisne vrstice, FASTAQ pa iz štirih vrstic.
Spodnja infografika predstavlja razlike med FASTA in FASTQ v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – FASTA proti FASTQ
Bioinformatika uporablja različne formate zaporedij, kot sta FASTA in FASTQ itd. FASTA shrani fragmente zaporedja po preslikavi, medtem ko FASTQ shrani fragmente zaporedja pred preslikavo. FASTA je programska oprema za poravnavo zaporedja DNK in beljakovin. Sestavljen je iz programov za protein:protein, DNA:DNA, protein:translated DNA (s premiki okvirja) in urejena ali neurejena iskanja peptidov. FASTQ je programska oprema za poravnavo, ki se uporablja na področju bioinformatike in shranjuje biološko zaporedje (običajno nukleotidno zaporedje) in njegove ustrezne ocene kakovosti. FASTA je sestavljen iz ene opisne vrstice, FASTQ pa iz štirih vrstic. Torej, to povzema razliko med FASTA in FASTQ.
