Ključna razlika med MLVA in MLST je, da MLVA za karakterizacijo mikrobnih vrst uporablja polimorfizem tandemsko ponavljajočih se zaporedij DNK, medtem ko MLST za karakterizacijo mikrobnih vrst uporablja polimorfizem zaporedij DNK notranjih fragmentov več gospodinjskih genov.
Mikrobna tipizacija se običajno uporablja za določanje vira in poti okužb. Potrjuje ali izključuje izbruhe. Tipizacija mikrobov tudi sledi navzkrižnemu prenosu patogenov, povezanih z zdravstveno oskrbo, in prepozna virulentne seve. Poleg tega tipizacija mikrobov ocenjuje učinkovitost nadzornih ukrepov patogenih mikrobnih vrst. MLVA in MLST sta dve molekularni biološki tehniki, ki se uporabljata pri tipizaciji mikrobov.
Kaj je MLVA?
VNTR analiza z več lokusi (MLVA) je molekularna biološka metoda, ki uporablja polimorfizem tandemsko ponavljajočih se sekvenc DNK za karakterizacijo mikrobnih vrst. Je metoda, ki se uporablja za genetsko analizo določenih mikrobnih vrst.
Med prvim korakom MLVA se vsak ciljni lokus VNTR pomnoži s PCR z bočnimi primerji, specifičnimi za regijo. Nato dobljene fragmente velikostno ločimo z elektroforezo na kapilarnem sekvencerju. Genotipizacija vsakega lokusa in rezultati, zbrani iz vsakega vzorca, omogočajo karakterizacijo mikroorganizma, katerega vrsta je znana. Omogoča tudi identifikacijo podvrste s tipizacijo alelov in primerjavo z bazami podatkov MLVA.
Slika 01: MLVA
Ta metoda MLVA je bolj selektivna kot metoda MLST. Poleg tega metoda MLVA ne zahteva koraka sekvenciranja DNK. Tako omogoča razlikovanje bližnjih podvrst ali klonskih vrst.
Kaj je MLST?
Multilocus sequence typing (MLST) je tehnika, ki uporablja polimorfizem zaporedij DNA notranjih fragmentov več hišnih genov za karakterizacijo mikrobnih vrst. MLST je tehnika v genetski analizi za tipizacijo več lokusov.
Slika 02: MLST
Je vrsta tipiziranja zaporedja, ki se uporablja kot referenčna tehnika za razlikovanje različnih sevov mikrobnih vrst. Ta metoda temelji na sekvenciranju gospodinjskih genov. Geni za gospodinjstvo običajno kodirajo bistvene beljakovine mikrobnih povzročiteljev, kot je bakterija. Ta zaporedja gospodinjskih genov imajo posebnost, da skozi čas predstavljajo stabilen polimorfizem. Zato so razlike v zaporedjih gospodinjskih genov dovolj za razlikovanje sevov med seboj. Poleg tega je bila prva shema MLST, ki je bila razvita, Neisseria meningitidis, povzročitelj meningokoknega meningitisa in septikemije. Od svoje uvedbe se MLST uporablja ne samo za človeške patogene, temveč tudi za rastlinske patogene.
Kakšne so podobnosti med MLVA in MLST?
- MLVA in MLST sta dve molekularni biološki tehniki, ki se uporabljata pri mikrobnem tipiziranju.
- Obe tehniki se lahko uporabljata za filogenetsko analizo mikrobov.
- Obe tehniki temeljita na genetskem polimorfizmu.
- Uporabljajo se lahko za odkrivanje človeških bolezni, ki jih povzročajo mikrobni patogeni.
- Obe tehniki naj izvajajo usposobljeni molekularni biologi.
Kakšna je razlika med MLVA in MLST?
MLVA je tehnika, ki uporablja polimorfizem tandemsko ponavljajočih se sekvenc DNK za karakterizacijo mikrobnih vrst. Medtem je MLST tehnika, ki uporablja polimorfizem zaporedij DNK notranjih fragmentov več gospodinjskih genov za karakterizacijo mikrobnih vrst. To je torej ključna razlika med MLVA in MLST. Poleg tega je metoda MLVA bolj selektivna kot metoda MLST.
Spodnja infografika prikazuje razlike med MLVA in MLST v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – MLVA proti MLST
MLVA in MLST sta dve molekularni biološki tehniki, ki se uporabljata pri mikrobnem tipiziranju. MLVA uporablja polimorfizem tandemsko ponavljajočih se zaporedij DNA za karakterizacijo mikrobnih vrst, medtem ko MLST uporablja polimorfizem zaporedij DNA notranjih fragmentov več gospodinjskih genov za karakterizacijo mikrobnih vrst. Torej, to je ključna razlika med MLVA in MLST.
