Ključna razlika med Shine Dalgarno in Kozakovim zaporedjem je v tem, da je Shine Dalgarno zaporedje ribosomsko vezavno mesto v bakterijski in arhealni messenger RNA, medtem ko je Kozakovo zaporedje mesto iniciacije translacije beljakovin v večini evkariontskih messenger RNA.
Shine Dalgarno in Kozakovo zaporedje sta dve konsenzni zaporedji, ki sta zelo pomembni za začetek prevoda. V molekularni biologiji je prevajanje proces, s katerim ribosomi v citoplazmi sintetizirajo beljakovine po procesu prepisovanja. V prevodu se mRNA (messenger RNA) dekodira v ribosomu, da proizvede specifično aminokislinsko verigo zunaj jedra. Običajno ribosom inducira proces dekodiranja tako, da olajša vezavo komplementarnih zaporedij antikodonov tRNA na kodone mRNA. Prevajanje poteka v treh fazah: začetek, podaljšanje in zaključek.
Kaj je Shine Dalgarno Sequence?
Shine Dalgarno sekvenca je ribosomsko vezavno mesto v bakterijski in arhealni messenger RNA. Na splošno se nahaja okoli 8 baz navzgor od začetnega kodona AUG. To zaporedje RNA pomaga pri rekrutiranju ribosomov v messenger RNA tako, da poravna ribosom z začetnim kodonom mRNA. Tako sproži sintezo beljakovin. Enkrat po rekrutaciji lahko tRNA doda aminokisline v zaporedju, kot narekujejo kodoni mRNA. To posebno zaporedje je običajno pri bakterijah, redkejše pri arhejah. Poleg tega je prisoten tudi v kloroplastih in mitohondrijskih transkriptih. Zaporedje Shine Dalgarno sta prva predlagala avstralska znanstvenika John Shine in Lynn Dalgarno. Konsenzno zaporedje šestih baz je AGGAGG. Na primer, pri Escherichia coli je zaporedje AGGAGGU.
Slika 01: Zaporedje Shine Dalgarno
Izbira iniciacijskega mesta (AUG) je odvisna od interakcije med podenoto 30S ribosoma in predlogo mRNA. Regija, bogata s pirimidinom, na komponenti 16srRNA podenote 30S se veže na regijo, bogato s purini, znano kot zaporedje Shine Dalgarno pred iniciacijskim kodonom AUG v mRNA. Poleg tega se med tvorbo iniciacijskega kompleksa te komplementarne nukleotidne sekvence sparijo in tvorijo dvoverižno strukturo RNA. To olajša vezavo mRNA na ribosom na tak način, da se iniciacijski kodon namesti na mesto P ribosoma.
Kaj je Kozakova sekvenca?
Kozakova sekvenca je mesto iniciacije translacije beljakovin v večini evkariontskih mRNA. To zaporedje imenujemo tudi Kozakovo soglasno zaporedje. Kozakovo zaporedje je optimalno zaporedje za začetek prevajanja pri evkariontih. To zaporedje je sestavni vidik regulacije beljakovin. Prav tako je zelo pomemben za splošno zdravje celic. Pomaga pri pravilnem prevajanju beljakovin iz genetskih sporočil s posredovanjem sestavljanja ribosomov in iniciacije prevajanja.
Slika 02: Kozakova sekvenca
To zaporedje je dobilo ime po znanstvenici, ki ga je odkrila, Marilyn Kozak. Odkrila jo je s podrobno analizo genomskih sekvenc DNK. Kozakova sekvenca je 5' (gcc) gccRccAUGG-3'. Velike črke označujejo ohranjene baze, medtem ko male črke označujejo običajne spremenljive baze. R označuje purin (adenin ali gvanin), ki je vedno nameščen na tem mestu.
Kakšne so podobnosti med Shine Dalgarno in Kozak Sequence?
- Zaporedje Shine Dalgarno in Kozak sta dve konsenzni zaporedji, ki sta zelo pomembni pri začetku prevajanja.
- Obe sta zaporedji RNA.
- Manjša podenota ribosoma se veže na obe sekvenci.
- Obe sekvenci posredujeta pravilno sestavljanje ribosoma in začetek prevajanja.
- So sestavni vidiki uravnavanja beljakovin in splošnega zdravja celic.
Kakšna je razlika med Shine Dalgarno in Kozak Sequence?
Shine Dalgarnovo zaporedje je ribosomsko vezavno mesto, ki ga najdemo v bakterijski in arhealni messenger RNA, medtem ko je Kozakovo zaporedje mesto iniciacije prevajanja beljakovin, ki ga najdemo v večini evkariontskih messenger RNA. Torej, to je ključna razlika med Shine Dalgarno in Kozak sekvenco. Poleg tega je zaporedje Shine Dalgarno 5'AGGAGGU3', medtem ko je zaporedje Kozak 5' (gcc) gccRccAUGG-3'.
Naslednja infografika navaja razlike med Shine Dalgarno in Kozakovim zaporedjem v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – Zaporedje Shine Dalgarno proti Kozaku
Shine Dalgarno in Kozak sekvenci sta dve konsenzni sekvenci RNA, ki sta zelo pomembni za sestavljanje ribosoma in začetek prevajanja. Zaporedje Shine Dalgarno je ribosomsko vezavno mesto v bakterijski in arhealni messenger RNA, medtem ko je Kozakovo zaporedje iniciacijsko mesto prevajanja beljakovin v večini evkariontskih messenger RNA. To torej povzema razliko med zaporedjem Shine Dalgarno in Kozak.
