Ključna razlika med obarvanjem s kumasijem in srebrom je v tem, da je barvanje s kumasijem tehnika obarvanja beljakovin, ki uporablja briljantno modro barvanje kumasija, medtem ko je barvanje s komasi tehnika obarvanja beljakovin, ki uporablja srebrno barvanje.
Ločevanje in identifikacija beljakovin sta kritična koraka v analizi proteoma. Po elektroforezi v gelu potrebujejo karakterizacijo beljakovin visoke ločljivosti. Obstajajo številne tehnike barvanja, ki vključujejo različna barvila, kot so anionska barvila (coomassie brilliant blue), kovinski kationi (imidazol-cink), srebrno barvanje in fluorescentna barvila itd. Včasih lahko uporabimo tudi radioaktivne sonde. Izbira tehnike barvanja je odvisna od enostavnosti, razpoložljivosti opreme za slikanje v laboratoriju itd.
Kaj je barvanje s Coomassie?
Coomassie barvanje je tehnika obarvanja beljakovin, ki uporablja coomassie briljantno modro barvanje. Na splošno se imenuje tehnika coomassie blue. Coomassie brilliant blue je najbolj priljubljeno anionsko beljakovinsko barvilo. To barvanje običajno obarva skoraj vse beljakovine z dobro kvantitativno linearnostjo pri srednji občutljivosti. Coomassie briljantno modra barva se nespecifično veže na skoraj vse beljakovine. Obstajata dve različni različici coomassie briljantno modre barve: R-250 in G-250. R-250 nudi krajši čas obarvanja, G-250 pa je na voljo v bolj občutljivih in okolju prijaznejših formulacijah.
Slika 01: Barvanje s Coomassie
Coomassie barvila so zelo priljubljena v študijah masne spektrometrije in študijah identifikacije beljakovin. Poleg tega je biološko varen coomassie madež nenevarna formulacija coomassie blue G-250, ki je trenutno na voljo na trgu. Prednost te formulacije je, da za izpiranje in odstranjevanje madežev potrebuje samo vodo. Biološko varen coomassie barvilo ponuja enako občutljivost kot običajni coomassie modri G-250, vendar boljšo od coomassie coomassie bariva R-250. Poleg tega ima enostavnejši in hitrejši protokol barvanja kot običajni Coomassie blue G-250. Pomanjkljivost barvanja s coomassie blue je, da je manj občutljivo v primerjavi s srebrnim barvanjem. Barvanje s Coomassie modro je približno 50-krat manj občutljivo kot barvanje s srebrom. Vendar pa je zaradi svoje preprostosti pri vezavi prednost v številnih študijah.
Kaj je srebrno barvanje?
Silver obarvanje je tehnika obarvanja beljakovin, ki uporablja srebrno obarvanje. Barvanje s srebrom se uporablja za barvanje tako agaroznih kot poliakrilamidnih gelov. Barvanje beljakovin s srebrom v agaroznih gelih sta leta 1973 prvič razvila Kerenyi in Gallyas. Kasneje je bil prilagojen za beljakovine v poliakrilamidnih gelih, ki se uporabljajo v SDS-PAGE. Trenutno se barvanje s srebrom uporablja tudi za barvanje DNA ali RNA. Za obarvanje gelov se geli pri tej metodi inkubirajo z raztopino srebrovega nitrata. Barvanje s srebrom obarva mesta, kjer so prisotne beljakovine, od rjave do črne.
Slika 02: Srebrno barvanje
Intenzivnost obarvanja s srebrom je odvisna od primarne strukture proteina. Poleg tega lahko čistoča uporabljenih posod in čistost reagentov prav tako vplivata na kakovost barvanja s srebrom. Vendar pa je pomanjkljivost barvanja s srebrom ta, da ne more zaznati vseh beljakovin, zlasti glikoproteinov in beljakovin z velikimi modificiranimi skupinami, pritrjenimi na njihove stranske verige.
Kakšne so podobnosti med barvanjem s kumasijem in srebrom?
- Coomassie in barvanje s srebrom sta dve tehniki, ki se uporabljata pri barvanju beljakovin.
- Lahko obarvajo beljakovine in DNK.
- Obe tehniki barvanja imata pomanjkljivosti.
- Te tehnike imajo podobne korake, kot so fiksiranje, barvanje in razbarvanje.
Kakšna je razlika med barvanjem s kumasijem in srebrom?
Coomassie obarvanje je tehnika obarvanja beljakovin, ki uporablja coomassie briljantno modro barvanje, medtem ko je barvanje z drobci tehnika obarvanja beljakovin, ki uporablja srebrno barvanje. To je torej ključna razlika med Coomassie in barvanjem s srebrom. Poleg tega je barvanje s Coomassie manj občutljivo kot barvanje s srebrom.
Spodnja infografika navaja razlike med Coomassie in barvanjem s srebrom v obliki tabele za vzporedno primerjavo.
Povzetek – Coomassie proti srebrnemu obarvanju
Za vizualizacijo beljakovin je mogoče izvesti kemično reakcijo vezave barvila ali barve, ki je specifična za beljakovine. To se imenuje obarvanje beljakovin. Coomassie in barvanje s srebrom sta dve tehniki, ki se uporabljata pri barvanju beljakovin. Tehnika obarvanja Coomassie uporablja coomassie briljantno modro barvanje, medtem ko barvanje s trakovi uporablja srebrno barvanje. To je torej ključna razlika med Coomassie in srebrnim obarvanjem.
